View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5803_high_1 (Length: 1344)

Name: NF5803_high_1
Description: NF5803
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5803_high_1
NF5803_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-1334)||(43365300-43366633)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 1255; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 1255; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1334
Target Start/End: Complemental strand, 43366633 - 43365300
Alignment:
Q  1 ttttgtttcttcgaatttgaagacaagtgaaggtacttacaagcatgatctatggaattcgaggaactcgcagcttttctctgcctgcagtaatgccggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  43366633 ttttgtttcttcgaatttgaagacaagtgaaggtacttacaagcatgatctatggaattcgaggaactcgcagcttttctctgcctgcagttatgccggt 43366534  T
Q  101 gtcaactttgcaagtaaacttcatcctagactcctagctagtccttttttcatctcatcaatttaattttgattgagtgtatttatttatatttctaatt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366533 gtcaactttgcaagtaaacttcatcctagactcctag----tccttttttcatctcatcaatttaattttgattgagtgtatttatttatatttctaatt 43366438  T
Q  201 gttgcagaggctaatagcaaaactcatccggaccgatacttgttaatcgcaaccagtggaggcttaaatcaacagagaacaggggtaagctaagcttctt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366437 gttgcagaggctaatagcaaaactcatccggaccgatacttgttaatcgcaaccagtggaggcttaaatcaacagagaacaggggtaagctaagcttctt 43366338  T
Q  301 tattaatgaactgtggcatttgtttgtttttgcaatccttttgatcaaataaata----taaaggaaggagttcagtgaggttaaagtattacttggaat 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366337 tattaatgaactgtggcatttgtttgtttttgcaatccttttgatcaaataaataaatataaaggaaggagttcagtgaggttaaagtattacttggaat 43366238  T
Q  397 atgtatatctttctttatgtaaccaaattgttttatttaagcatgaatagttcttccatttcattagtagacataattgcattctgagtactaatataac 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366237 atgtatatctttctttatgtaaccaattttttttatttaagcatgaatagttcttccatttcattagtagacataattgcattctgagtactaatataac 43366138  T
Q  497 tatgctgcaatctaaaacatgtaatatgtaatatgctataactttatttcatagagtgggaccgtggtcatttgcaaaaaagtataggatgaaatttcta 596  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366137 tatgctgcaatctaaaacatgtaatatgtaatatgctataactttatttcatagagtgggaccctggtcatttgcaaaaaagtataggatgaaatttcta 43366038  T
Q  597 cccaataattataggtctgcacaaattggtgattgatatacagattttgtatgtgccgttcggctnnnnnnnctcaattaggattttctcaatcgaattt 696  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43366037 cccaataattataggtctgcacaaattggtgatcgatatacagattttgtatgtgccgttcggctaaaaaaactcaattaggattttctcaatcgaattt 43365938  T
Q  697 gatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataa 796  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365937 gatgaatgattggtgatacaaatatgaatgataaataatgttatgtggatgcaatatttctggtattgaaaaaatacagattgtttgtgggtgcagataa 43365838  T
Q  797 ttgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaat 896  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365837 ttgatgctgttgtggctgcctatcttttgaatgctactcttgttattccagcattggatcatacatctttctggaaagacaacaggtctgtgtttacaat 43365738  T
Q  897 ttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacattttcattgtaccccttaatttgtaagtaat 996  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365737 ttacttctatcatatcaggaagaatgtctcttaaatcacatataatattttctttggtagcagaacacattttcattgtaccccttaatttgtaagtaat 43365638  T
Q  997 atttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccggaatgacataagagttgtaaagcaactac 1096  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365637 atttgattattattttcttgcagcaatttttctcaattatttgatgccgattggtttataacatccctccggaatgacataagagttgtaaagcaactac 43365538  T
Q  1097 caaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaa 1196  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365537 caaatatgggagagaaatttgcgactccatatacagtgcgtgttccaaggaaatgcacccccaaatgctacgagggtcgtgttttaccagtgctgatcaa 43365438  T
Q  1197 gaaacgtgtaagtgtttcattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttattaataaaatttgtggttccaacattgtaa 1296  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43365437 gaaacgtgtaagtgtttaattaaaggtccctaattggaagctttcatcaaaattgtgtgcctcaattttattaataaaatttgtggttccaacattgtaa 43365338  T
Q  1297 gttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgatgatg 1334  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  43365337 gttaggtgtccaacatgctagttattgttgtgttgatg 43365300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University