View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5804-Insertion-3 (Length: 881)

Name: NF5804-Insertion-3
Description: NF5804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5804-Insertion-3
NF5804-Insertion-3
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-876)||(45314981-45315850)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 830; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 830; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 876
Target Start/End: Original strand, 45314981 - 45315850
Alignment:
Q  9 gataataccttctctgttgttttcttagcttgatgatattaaaatatgagcagaatgagagtttcaaagcttcatggatttctccaaaacctcttcgttc 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45314981 gataataccttctctgttgttttcttagcttgatgatattaaaatatgagcagaatgagagtttcaaagcttcatggatttctccaaaacctcttcgttc 45315080  T
Q  109 cttcaaaaaacattcattcccagagagtacccagcagcagagagtacatgaggaacgtaattgggaatatttacagaaccctaaagtattcatcttggga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45315081 cttcaaaaaacattcattcccagagagtacccagcagcagagagtacatgaggaacgtaattgggaatatttacagaaccctaaagtattcatcttggga 45315180  T
Q  209 ttccgctcaacaacagcttcaaaatctccctttgaaatgggactcatacactgtcaatcaggttctcaaatcacaccctccaatggagaaagcgtggttg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45315181 ttccgctcaacaacagcttcaaaatctccctttgaaatgggactcatacactgtcaatcaggttctcaaatcacaccctccaatggagaaagcgtggttg 45315280  T
Q  309 ttcttcaactgggcttctcgtctcaaagggtttaagcacgaccaattcacttacacaaccatgctagatattttcggtgaagcagggagaatttcatcaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45315281 ttcttcaactgggcttctcgtctcaaagggtttaagcacgaccaattcacttacacaaccatgctagatattttcggtgaagcagggagaatttcatcaa 45315380  T
Q  409 tgaaacacgttttcaatcaaatgcatgagaaagggataaagattgattctgttacttacacttcaattatgcattggctttcgacttctgggaatgtgga 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45315381 tgaaacacgttttcaatcaaatgcatgagaaagggataaagattgattctgttacttacacttcaatgatgcattggctttcgacttctgggaatgtgga 45315480  T
Q  509 tgaagcaattgcattgtgggctgaaatgaaatcaaagggatgctgctatccaactgttgtttcttatactgcttttataaagattctgtttgataatcac 608  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  45315481 tgaagcaattgcattgtgggatgaaatgaaatcaaagggatgctgctatcctactgttgtttcttatactgcttttataaagattctttttgataatcac 45315580  T
Q  609 agagtgaaggaagctactgctatttacaaggagatgcttcacaatggctgcgttccaaattgccacacttatactgttctaatggaccatcttattgcct 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  45315581 agagtgaaggaagctactgctatttacaaggagatgcttcacaatggctgcgttccaaattgctacacttatacagttctaatggaccatcttattgcct 45315680  T
Q  709 ctggttagtgttgccttcaacctgtttgttatattgtctaaatgaactaataagacaaataacgtactgctttggtttttaaaattcagcagatcacaat 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45315681 ctggttagtgttgccttcaacctgtttgttatattgtctaaatgaactaataagacaaataacgtactgctttggtttttaaaattcagcagatcacaat 45315780  T
Q  809 gatagcttttatgcagtgcactttttgcttggtt-aattg-aaaaaattctaactgctacgccttatcac 876  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45315781 gatagcttttatgcagtgcactttttgcttggttaaattgaaaaaaattctaactgctacgccttatcac 45315850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University