View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5809-Insertion-1 (Length: 532)

Name: NF5809-Insertion-1
Description: NF5809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5809-Insertion-1
NF5809-Insertion-1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-532)||(13448067-13448590)
chr2 (23-532)||(13454552-13455061)
chr2 (24-532)||(13439919-13440427)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (33-532)||(12540413-12540912)
chr5 (25-532)||(28385054-28385561)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (36-528)||(3417483-3417975)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (26-531)||(48965050-48965555)
chr4 (37-532)||(48957876-48958374)
chr4 (25-532)||(48961011-48961523)
chr4 (83-507)||(48912319-48912746)
chr4 (25-199)||(48967178-48967352)
chr4 (290-532)||(48974103-48974336)
[»] scaffold0536 (4 HSPs)
scaffold0536 (143-532)||(6460-6852)
scaffold0536 (290-532)||(10442-10687)
scaffold0536 (299-357)||(1580-1638)
scaffold0536 (146-198)||(1739-1791)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (24-532)||(12641430-12641941)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (235-532)||(12483413-12483716)
chr6 (59-460)||(12590196-12590594)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 492; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 492; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 532
Target Start/End: Original strand, 13448067 - 13448590
Alignment:
Q  9 ctctcaatcttttaaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagcttt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  13448067 ctctcaatcttttaaggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagccaccttcttgaatagcttgtatagcttt 13448166  T
Q  109 ttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaac 208  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448167 ttctccaaactctcgagcacgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaac 13448266  T
Q  209 ttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgat 308  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  13448267 ttctttctctccgcgacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttatcagtttctcattgtagaattgat 13448366  T
Q  309 ctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtg 408  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448367 ctccatgaaccggccacgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtg 13448466  T
Q  409 gctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctct 508  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13448467 gctcaatatcttaacctgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctct 13448566  T
Q  509 gctttgctctcatcttctttccct 532  Q
     ||| |||||||||||||||||||    
T  13448567 tcttcgctctcatcttctttccct 13448590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 532
Target Start/End: Original strand, 13454552 - 13455061
Alignment:
Q  23 aggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctc 122  Q
    |||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  13454552 aggtttctcaatcttttaagttcatcaatcaaagccaacaaattattataagatgagccacctttttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactctc 13454651  T
Q  123 gagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgc 222  Q
    ||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||||    
T  13454652 gagcacgtaccctgatatttttagcttcatcaccaccgcccatcaatctcctcacagccttctctatgctatctttgctcaccaacttctctctctccgc 13454751  T
Q  223 aacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggc 322  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||    
T  13454752 aacaccacttgtacaccattctgttgcaccgacttcaattccaattcctcgaacttgtgttattagtttctcgttgtagaattgatctccatggactggc 13454851  T
Q  323 catgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaa 422  Q
    || ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13454852 cacgttatcattggaactcccatgctaacagcctctacgattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtgactcaatatcttaa 13454951  T
Q  423 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatc 522  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||  ||| |||||||||    
T  13454952 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaaccctttttctcgatgtttttctcttcaaatcccttcggcaaccacttttgtttctcctcttcgctctcatc 13455051  T
Q  523 ttctttccct 532  Q
    ||||||||||    
T  13455052 ttctttccct 13455061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 333; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 24 - 532
Target Start/End: Original strand, 13439919 - 13440427
Alignment:
Q  24 ggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcg 123  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |    
T  13439919 ggtctctcaatcttttaagttcttcaattaaagccaacaaattattataagacgagccaccttcttgaatagcttgtgtagccttttctccaaactcttg 13440018  T
Q  124 agcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgca 223  Q
    |||| ||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  13440019 agcaagtagcctcatatttttagcttcatcaccattctccatcaatctcctcacagccttctctatgttatccctgctcaccaacttctctctctccgca 13440118  T
Q  224 acaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcc 323  Q
    |||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13440119 acaccattcttacaccattccgttgcaccgacttccactccaattcctcgaaattgtgttaccagtttctcgttgtagaattgatctccatgaaccggcc 13440218  T
Q  324 atgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaac 423  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13440219 acgttatcattggaactcccgcactaacagactctacaattgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaac 13440318  T
Q  424 ttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatct 523  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| || |||  || ||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| | |  |||||||||    
T  13440319 ttgtggggcccaacccttaatgatcaaacccatcctcctaatgtttctctcttcgaatccctttggcaaccacttttctttctcttcctcactctcatct 13440418  T
Q  524 tctttccct 532  Q
    |||||||||    
T  13440419 tctttccct 13440427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 252; Significance: 1e-140; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 33 - 532
Target Start/End: Original strand, 12540413 - 12540912
Alignment:
Q  33 atcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtag 132  Q
    ||||||||| |||||| |||||||  ||||||||||||| ||| || || |||||||||| |||| || |||| || ||||||| |||||| ||| ||||    
T  12540413 atcttttaatttcgtcgatcaaagataacaaattattatgagaggaaccaccttcttgaacagctcgtctagccttctctccaatctctcgtgcacgtag 12540512  T
Q  133 cctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactc 232  Q
     || |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||  || ||||||||||||||| ||  |||| |     
T  12540513 tctcatattttcagcttcataaccaccatccatcaatctcctcatagccttctctatgccatctctgccaaccaacttctttctctccccattaccattt 12540612  T
Q  233 gtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatca 332  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||| | || ||||||||||||  |||||| |||||||    
T  12540613 gtacaccattctgttgcacctacttctactccaattcctcggacctgtgttattagtttctcgttgaataagtgatctccatgacacggccacgttatca 12540712  T
Q  333 ttggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggc 432  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12540713 ttggaactcccgcaccaacagcctctacaattgagtttcccccacaatgtgtcataaatccccccaccgcagggtggctcaatatcttaacctgtggggc 12540812  T
Q  433 ccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccct 532  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||    
T  12540813 ccaacccctaatgatcaaacccttttttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcatccacttttctttctcttcttcagtctcatcttctttccct 12540912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 25 - 532
Target Start/End: Original strand, 28385054 - 28385561
Alignment:
Q  25 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 124  Q
    ||||||| |||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||| || |||| || |||| || ||||| |||||||||    
T  28385054 gtctctcaatcttttaagttcgtcgattaaagctaacaaattattataagaggaaccaccttctttaacagctcgtgtagccttctctcctaactctcga 28385153  T
Q  125 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaa 224  Q
    ||| || | || ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||     
T  28385154 gcacgttgtctcatattttcagcttcatcgccaccgtccatcaatttcctcatagccttctctatgttatctctgctcaccaacttctttctctccccat 28385253  T
Q  225 caccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcca 324  Q
     |||| | ||||||||||| ||| |||| ||||| |||||||||| ||||| |  |||||| | ||||||||||  ||| |||||| |||||   |||||    
T  28385254 taccatttgtacaccattccgttacacctacttccactccaattcttcggactgttgttatcaatttctcattgctgaagtgatctgcatgacaaggcca 28385353  T
Q  325 tgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaact 424  Q
     |||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||    
T  28385354 cgttatcattggaactcccgcgccaacagcctctacaattgagttccctccgcaatgtgtcagaaatccccccaccgcagggttgctcaatatcagaact 28385453  T
Q  425 tgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatctt 524  Q
    ||||||||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| || | |||||||||||||||| ||| | |||||||||    
T  28385454 tgtggggcccaacccctgattatgaaacccttctttccaatgtttctctcctcaaatccctttggcagccacttttctttctcttcttcgatctcatctt 28385553  T
Q  525 ctttccct 532  Q
    ||||||||    
T  28385554 ctttccct 28385561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 237; Significance: 1e-131; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 36 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 3417975 - 3417483
Alignment:
Q  36 ttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcct 135  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  || || || ||||||||||||||| || |||| || ||||||| |||||||||| |||| ||    
T  3417975 ttttaagttcgtcgatcaaagttaacaaattatgatgtgaggaaccaccttcttgaatagctcgtttagccttctctccaagctctcgagcacgtagtct 3417876  T
Q  136 gatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgta 235  Q
     |||  |||||| ||||||| || ||||||||||||||| |  ||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||||   | |    
T  3417875 cataccttcagcctcatcactactgtccatcaatctcctcattgccttctctatgtcatctctgctcaccaacttctttctctccccaataccatgtgca 3417776  T
Q  236 caccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattg 335  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  3417775 cgccattctgttgcacctacttccactccaattcctcggacttgtgttattagtttctcattgaacaattgatctccatgacccggccacgttatcattg 3417676  T
Q  336 gaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggccca 435  Q
    ||||||| |||| ||||||||| ||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  3417675 gaactcctgcaccaacagcctcaacaaatgagttccccccacaatgtgtcataaatccccctaccgcagggtggctcaatatctgaacctgtggggccca 3417576  T
Q  436 acccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttcttt 528  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||    
T  3417575 acccctaacgatcaaacccttctttccaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcttcttcgttctcatcttcttt 3417483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 26 - 531
Target Start/End: Original strand, 48965050 - 48965555
Alignment:
Q  26 tctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgag 125  Q
    |||||| ||||||| || || |||||||| || |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||| |||    
T  48965050 tctctcaatcttttgagatcatcaatcaaggctaacaaattcttatgagacgagccaccttcttgaatggctcgtctagccttttctccaaactcttgag 48965149  T
Q  126 catgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaac 225  Q
    || |    || || || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| | ||||| ||| ||  |||     
T  48965150 cacgacttctaattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatctcctcacagccttctctatgctatcactactcaccagcttctctctttcttcaaa 48965249  T
Q  226 accactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccat 325  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| | || |||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  48965250 accagtcaaacaccattctgttgcaccaacttccactccaatccctcgcacttctgttatcagtttttcgttgtagaattgttctccatgtgaaggccat 48965349  T
Q  326 gttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaactt 425  Q
    || ||||| ||||| ||||||| ||||||||| || || |||||||  || ||||| ||||||||  | ||||| || ||||||||||  |||  ||| |    
T  48965350 gtaatcatcggaacccccgcaccaacagcctccactgtggagttccaaccacaatgagtcataaaggcacccacagcggggtggctcagaatcagaacct 48965449  T
Q  426 gtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttc 525  Q
    | || |||||||||||||| |||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||  |||  |||||||| ||    
T  48965450 gcggagcccaacccctaataatcaaacccttctttccaatgtttctctcttcgaatccctttggtaaccacttttgcttctcctcttcactctcatcctc 48965549  T
Q  526 tttccc 531  Q
    ||||||    
T  48965550 tttccc 48965555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 4e-76
Query Start/End: Original strand, 37 - 532
Target Start/End: Original strand, 48957876 - 48958374
Alignment:
Q  37 tttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctg 136  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||||| |||| ||| || || |||||||||| |||| || |||| |||||||| |||||| ||||| |  |  ||    
T  48957876 tttaagatcatcaatcaaagacaacaaattgttatgagatgatccaccttcttgaacagctcgtgtagccttttctccgaactcttgagcacgctgtttg 48957975  T
Q  137 atattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtac 236  Q
    || |  |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||| | ||||| | ||||| | ||||| ||| |||  |   ||    
T  48957976 atttcctcagcttcatcaccaccgtccatcaatctcttcacagccttttctatactatctttactcacaatcttctgtttctcctcaaaaccgtttacac 48958075  T
Q  237 accattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattgg 336  Q
    |||| ||||||||||| || || || ||||||||||| |  |  ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    
T  48958076 accactctgttgcaccaacctccaccccaattcctcgcacattagttatcaacttctcattgtagaattgttctccatgcaccggccacgtgatcattgg 48958175  T
Q  337 aactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaa 436  Q
    ||| ||||| ||||||||||| || || ||||||| ||||||||| ||||||||| | ||||| |||  ||||||||  |||  |||||||||||||||     
T  48958176 aacccccgcgctaacagcctccacagtggagttccacccgcaatgtgtcataaatgcacccacggcaatgtggctcagaatcaaaacttgtggggcccac 48958275  T
Q  437 cccctaatgatcaaacc---cttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccct 532  Q
    |||||||||||||||||   |||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||  |||  ||||| ||||||||||||    
T  48958276 cccctaatgatcaaacctttcttctttccaatgtttctctcttcgaatcctttcggcaaccactttcctttctcctcttcactctcgtcttctttccct 48958374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 25 - 532
Target Start/End: Original strand, 48961011 - 48961523
Alignment:
Q  25 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 124  Q
    ||||||| |||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| ||| |||||| ||||  |||||| || || ||||||||||||    
T  48961011 gtctctcaatcttttaagatcatcaattaaagccaacaaattattatgagatgagccgcctacttgaacagctcatatagccttatccccaaactctcga 48961110  T
Q  125 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaa 224  Q
    ||| |  | || |||| ||| |||||||||||||||||||| ||| | || || |||||||||||  ||||| || | |  | ||| ||||||||  |||    
T  48961111 gcacgccgtcttatatcttcggcttcatcaccaccgtccattaattttctcactgccttctctatattatctttgttgatcaccttatttctctcttcaa 48961210  T
Q  225 caccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcca 324  Q
     ||||  |  |||||||||||||||||| ||||||| |||||| || || |  |  ||||| |  ||||| ||||||||||| |||||||| || |||||    
T  48961211 taccatccacacaccattctgttgcaccaacttcaattccaataccccgcacatcagttatcaacttctcgttgtagaattgttctccatgtacgggcca 48961310  T
Q  325 tgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgag--ttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaa 422  Q
    |||||||||||| |  || |||||| ||||||| | ||| |||  |||| ||||||||||||||||||  | ||||| || | ||||| ||  ||| |||    
T  48961311 tgttatcattgggatccctgcactaccagcctcaatggtggagagttccacccgcaatgcgtcataaacacacccaccgctgtgtggcccaggatcataa 48961410  T
Q  423 cttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcc---cgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctc 519  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||    | || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||  ||| ||||||    
T  48961411 cttgtggggcccaccccttaatgatcaaacccttcttcttttcaatgtttctctcttcaaatcctttcggcaaccacttgtctttctcctcttcgctctc 48961510  T
Q  520 atcttctttccct 532  Q
    |||  ||||||||    
T  48961511 atccactttccct 48961523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 83 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 48912746 - 48912319
Alignment:
Q  83 ccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagcct 182  Q
    ||||||| ||| || ||| ||||||| || |||||||||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||| ||||||||||| | | ||| |||    
T  48912746 ccttctttaattgcatgtttagctttctccccaaactctcgagcatgttgtctgattttctcagcttcatcaccactgtccatcaatcgcttcacaacct 48912647  T
Q  183 tctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgt 282  Q
    |||| ||  |||| || |  || | ||||| ||| ||| ||| |||| | || | |||||| ||||||||||| || || ||||| ||  | |  |||||    
T  48912646 tctcaatattatccctccaaaccaccttctctctttccccaataccagttgtgctccattccgttgcaccgacctccaccccaatcccatgcacctgtgt 48912547  T
Q  283 tataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgc 382  Q
    ||| |  ||||||||||| || || |||||||| | |||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| || || || |||| ||| |||||     
T  48912546 tatcaacttctcattgtaaaactgttctccatgcatcggccacgtgatcattggaacccctgcactaactgcctcaacagtggaattccacccacaatgt 48912447  T
Q  383 gtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaa 479  Q
    ||||||||| | ||||| || | ||||||||  ||| |||| ||||| ||||||||| |||| |||| | ||||||||   |||||| ||||||||||||    
T  48912446 gtcataaatgcacccacggctgtgtggctcagaatcataacctgtggagcccaacccttaataatcatagccttcttctttccgataattctctcttcaa 48912347  T
Q  480 atcccttcggtaaccacttttctttctc 507  Q
    | ||||| || ||||| |||||||||||    
T  48912346 acccctttggcaaccatttttctttctc 48912319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 25 - 199
Target Start/End: Original strand, 48967178 - 48967352
Alignment:
Q  25 gtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcga 124  Q
    |||||||  ||||||||| || ||||||||||| |  ||||||||||||||| |||| ||||||||||  ||| || |||| ||||||||||| ||||||    
T  48967178 gtctctcattcttttaagatcatcaatcaaagcaagtaaattattataagacaagccaccttcttgaagtgctcgtgtagccttttctccaaagtctcga 48967277  T
Q  125 gcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctg 199  Q
    ||| || | ||||| || |||||||||||  ||  |||||||||||| |||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  48967278 gcacgttgtctgatcttctcagcttcatcgtcattgtccatcaatcttcttatagctttctctatgttatctctg 48967352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 290 - 532
Target Start/End: Original strand, 48974103 - 48974336
Alignment:
Q  290 ttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataa 389  Q
    ||||| ||||||||||| ||  |||| || ||||| || ||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||| ||||||||| ||||  |    
T  48974103 ttctcgttgtagaattgttcgtcatgcactggccacgtgatcattggaacccctgcactaacggcttccacggtggagttccacccgcaatgtgtcaaga 48974202  T
Q  390 atccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcgg 489  Q
    || | || |  ||||||||||  || |||   |||||||||||||| ||||| |||||||         |||| ||||| ||||||||||||||||| ||    
T  48974203 atgcaccgatagcagggtggcctaaaatcaccacttgtggggcccacccccttatgatca---------tcccaatattcctctcttcaaatccctttgg 48974293  T
Q  490 taaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccct 532  Q
     | ||||||||| |||||  | ||||||||||| |||||||||    
T  48974294 catccacttttcgttctcgtcattgctctcatcctctttccct 48974336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 4)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 143 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 6852 - 6460
Alignment:
Q  143 tcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccatt 242  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || ||||| || | ||| | ||||| ||||||| ||| |||| | | || ||| |    
T  6852 tcagcttcgtcaccaccatccatcaatctcctcacagccttctcaatactatccctccccaccaccttctctctctccccaataccagttgaactccact 6753  T
Q  243 ctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcc 342  Q
    | | ||| || ||  | || ||||||| ||| |  |||||||| |  || |||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||||| ||    
T  6752 cagctgcccccaccaccaccccaattcgtcgcacctgtgttatcaacttttcattgtaaaattgttctccatgcaccggccacgtgatcatcggaacccc 6653  T
Q  343 cgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaaccccta 442  Q
     |||||||||||||| || || || |||| ||| ||||||||||||||  | ||||  ||   ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||    
T  6652 tgcactaacagcctcaacagtggaattccacccacaatgcgtcataaacgcacccagagctttgtggctcaaaatcataacttgtggagcccaaccccta 6553  T
Q  443 atgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccct 532  Q
    || |||||||||||||||   ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||| |||||||  |||  ||||||||||||||||||    
T  6552 ataatcaaacccttcttctttccgatatttctctcttcgaatccctttggcaaccattttcctttctcctcttcactctcatcttctttccct 6460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 290 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 10687 - 10442
Alignment:
Q  290 ttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataa 389  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||| || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || |||| ||| ||||| |||||||    
T  10687 ttctcattgtaaaattgttctccatgcattggccacgtgatcattggaacccctgcactaaccgcctccacggtggaattccacccacaatgtgtcataa 10588  T
Q  390 atccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttcttc---ccgatatttctctcttcaaatccctt 486  Q
    |  | |||||  ||| |||||| |  ||| |||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||    | |||  ||| ||||||||||| ||    
T  10587 acgcacccacaacagtgtggcttagaatcataacctgaggggcccaacccttaataatcaaacccttcttctttgcaataactctttcttcaaatccttt 10488  T
Q  487 cggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttctttccct 532  Q
    ||||| ||| |||||||||||  |||  |||||||  |||||||||    
T  10487 cggtagccatttttctttctcctcttgactctcattctctttccct 10442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 299 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 1638 - 1580
Alignment:
Q  299 tagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctc 357  Q
    ||||||||||| | ||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  1638 tagaattgatcactatgtactggccatgtgatcattggaattcctgcactaacagcctc 1580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 146 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 1791 - 1739
Alignment:
Q  146 gcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctct 198  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||| | ||||||    
T  1791 gcttcatcaccactgtccatcaacctccttaaagccttctttatacgatctct 1739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 7e-41; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 24 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 12641941 - 12641430
Alignment:
Q  24 ggtctctcgatcttttaagttcgtcaatcaaagccaacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcg 123  Q
    ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||||| || ||||||| || ||| ||| |||| ||||  ||||||||| |    
T  12641941 ggtctctcgatcttttaagatcgttaatcaaagccaacaaattgttatgagacgacccgccttcttcaacagcatgtgtagcctttttcccaaactcttg 12641842  T
Q  124 agcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccaccgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgca 223  Q
    |||| || | ||||| |  | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| ||||| |  |||| | |  |   |    
T  12641841 agcacgttgtctgatttccttagcttcatcaccatcgtccatcaatctcctcacagctttctctatactatgtctactcaccactttctcttttccttta 12641742  T
Q  224 acaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggcc 323  Q
      ||||     | |||| ||||||||||| || || || ||||| | ||| |     ||||| || |||||||| ||||| || ||||| || || ||||    
T  12641741 taaccatgtacagaccactctgttgcacccacctccaccccaatccttcgcacaacagttatcagcttctcattatagaactgttctccttgcactggcc 12641642  T
Q  324 atgttatcattggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaac 423  Q
    | || ||||||||||  || |||||||||||||||||    ||||||  ||||||||||||||| ||| | ||||| |||| |||||| || ||| | ||    
T  12641641 acgtgatcattggaatccctgcactaacagcctctaccaaggagttcgacccgcaatgcgtcatgaatgcacccacagcagcgtggcttaaaatcattac 12641542  T
Q  424 ttgtggggcccaacccctaatgatcaaacc---cttcttcccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctca 520  Q
    ||||||||||||  |||||||||| |||||   ||| ||  | | |||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||  |||  ||||||    
T  12641541 ttgtggggcccactccctaatgataaaacctttcttattttcaacatttctctcttcgaatcctttaggcaaccacttttctttctcctcttcactctca 12641442  T
Q  521 tcttctttccct 532  Q
    |||| |||||||    
T  12641441 tcttttttccct 12641430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 235 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 12483716 - 12483413
Alignment:
Q  235 acaccattctgttgcaccgacttcaactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcatt 334  Q
    |||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| |  |  ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||||||| || ||||||    
T  12483716 acaccactctgttgcaccgacttccacaccaatccctcgcacattagttatgagtttctcattgtaaaaatgttcaccgtgaaccggccacgtgatcatt 12483617  T
Q  335 ggaactcccgcactaacagcctctacggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggccc 434  Q
    ||||  || |||||||| || || ||    || ||||  || || || ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||   || ||||| ||||    
T  12483616 ggaatccctgcactaaccgcttccacaacagaattccatccacagtgagtcataaatgcacccactgcagggtggctcaaaatcagtacctgtggtgccc 12483517  T
Q  435 aacccctaatgatcaaacccttcttc------ccgatatttctctcttcaaatcccttcggtaaccacttttctttctctgctttgctctcatcttcttt 528  Q
    | ||||| ||||| |||||| ||||       |  || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  | | |||||||||||| ||    
T  12483516 accccctgatgattaaacccatcttattccttctaatgtttctctcctcaaatcccttcggcaaccacttttctttctcctcatcgctctcatcttcctt 12483417  T
Q  529 ccct 532  Q
    ||||    
T  12483416 ccct 12483413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 59 - 460
Target Start/End: Complemental strand, 12590594 - 12590196
Alignment:
Q  59 aacaaattattataagacgagcccccttcttgaatagcttgtatagctttttctccaaactctcgagcatgtagcctgatattttcagcttcatcaccac 158  Q
    ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||| |||| || |||||||||| || |||||| ||  | || | ||||| |  |||||||||   ||||    
T  12590594 aacaaattattattagaggagccaccttgttgaacagctagtctagctttttcccctaactcttgactacgtcgtctgatttcctcagcttcaatgccac 12590495  T
Q  159 cgtccatcaatctccttacagccttctctatgctatctctgctcactaacttctttctctccgcaacaccactcgtacaccattctgttgcaccgacttc 258  Q
    | ||||||||||| || ||||| |||| |||||||||||| ||||| | ||| ||   |||  ||| | |   | || |||| ||||||||||| |||||    
T  12590494 catccatcaatcttctcacagcattctttatgctatctctactcaccaccttttt---ctcgtcaataacgtacatagaccaatctgttgcaccaacttc 12590398  T
Q  259 aactccaattcctcggaattgtgttataagtttctcattgtagaattgatctccatgaaccggccatgttatcattggaactcccgcactaacagcctct 358  Q
     |||||||||||  | |  |  ||||| |  ||||||||||| || || || ||||  |  |||||||| ||||| |||| ||| |||||||| |||||     
T  12590397 cactccaattccatgcacatcagttatcaacttctcattgtaaaaatgttcaccattcaatggccatgtgatcatcggaattccagcactaaccgcctcc 12590298  T
Q  359 acggttgagttccccccgcaatgcgtcataaatccccccactgcagggtggctcaatatcttaacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttct 458  Q
    |||   || ||||  || ||||| ||||||||  | |||||||||  ||||||||  ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12590297 acgacggaattccatccacaatgtgtcataaacgcgcccactgcattgtggctcataatcattacttgtggggcccaacccctaatgatcaaacccttct 12590198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University