View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5811_low_21 (Length: 416)

Name: NF5811_low_21
Description: NF5811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5811_low_21
NF5811_low_21
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (18-410)||(11132896-11133288)
chr6 (18-348)||(11156234-11156564)
chr6 (18-409)||(11196626-11197017)
chr6 (18-409)||(11199791-11200182)
chr6 (42-409)||(11161040-11161407)
chr6 (20-384)||(11275882-11276246)
chr6 (18-336)||(11170546-11170864)
chr6 (18-348)||(11209356-11209686)
chr6 (233-409)||(11241511-11241688)
chr6 (194-336)||(11314783-11314925)
chr6 (30-159)||(11241332-11241461)
[»] scaffold1207 (1 HSPs)
scaffold1207 (30-384)||(816-1167)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (188-378)||(7877777-7877967)
chr7 (182-238)||(8654524-8654580)
chr7 (181-235)||(8628609-8628663)
chr7 (185-238)||(8576400-8576453)
chr7 (182-258)||(8590692-8590768)
chr7 (26-82)||(39985876-39985932)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (181-255)||(16662029-16662103)
chr2 (188-241)||(14703479-14703532)
chr2 (181-237)||(12234764-12234820)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (182-241)||(4678596-4678655)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 377; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 377; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 11133288 - 11132896
Alignment:
Q  18 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11133288 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 11133189  T
Q  118 tgatttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 217  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11133188 tgatttaggaggtggtacattggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 11133089  T
Q  218 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  11133088 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttcttgaggaagcataaaattgacattagtggagatcgaaaagcccttagacggttgaagt 11132989  T
Q  318 ctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaagggatagatttcttctcac 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11132988 ctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaagggatagatttcttctcac 11132896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 11156564 - 11156234
Alignment:
Q  18 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 117  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    ||||||||||||  ||||    
T  11156564 tcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtaaacatgttttcatttt 11156465  T
Q  118 tgatttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||   ||  ||||    ||| || | ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  11156464 tgatttaggaggtggtactttggacgtgtccattctcacatttgagaaaggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgggggacaa 11156365  T
Q  218 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagt 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  11156364 gactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaatgagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggttgaagt 11156265  T
Q  318 ctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttc 348  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  11156264 ctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttc 11156234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 18 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 11197017 - 11196626
Alignment:
Q  18 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 117  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    || |||||||||  ||||    
T  11197017 tcaatgttatgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtagacatgttttcatttt 11196918  T
Q  118 tgatttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 217  Q
    ||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| || ||   ||  ||||    ||| || | ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  11196917 tgatttaggtggtggtactctggacgtgtccattctcacatttgagaacggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgggggacaa 11196818  T
Q  218 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagt 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  11196817 gactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggttgaagt 11196718  T
Q  318 ctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaagggatagatttcttctca 409  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||    ||||||  |||||| ||||||||||   ||||  ||||||| |||||||||| ||||    
T  11196717 ctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttcttccaatactacgaccaccattgagatagggagtttaaatcaaggtatagatttctactca 11196626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 11200182 - 11199791
Alignment:
Q  18 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 117  Q
    |||| ||| ||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    || | |||||||  ||||    
T  11200182 tcaatgttttgcgaataatcaatgagccttctgcagctgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtagaaatgttttcatttt 11200083  T
Q  118 tgatttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 217  Q
    | ||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||| || ||   ||  ||||    ||| || | ||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  11200082 ttatttaggtggtggtactctggatgtgtccattctcacatttgagaatggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttgggggacaa 11199983  T
Q  218 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagt 317  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||    
T  11199982 gactttgataatacaatggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggtagaagt 11199883  T
Q  318 ctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaagggatagatttcttctca 409  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||    ||||||  |||||| |||||||||||  ||||  |||||||  ||||||||| ||||    
T  11199882 ctgcttgcgagaaagcaaaaaggatactttcttccaatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggtttagatttctactca 11199791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 42 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 11161407 - 11161040
Alignment:
Q  42 agcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttttgatttaggaggtggtactttgga 141  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    || |||||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  11161407 agcctactgcagatgcaattgcatatggtcttgacatgaaaccttttaatcatggatgtatacatgttttcattttttatttaggtggtggtactttgga 11161308  T
Q  142 tgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaac 241  Q
     ||||||||||||||||| || |    ||  ||||    ||| || | ||| ||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11161307 cgtgtctattctcacatttgagattggtgctatcaatgttaaggcgattgcaggagacactcaccttaggggacaagactttgataatacaatggtgaac 11161208  T
Q  242 catttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagtctgcatgtgagaaagcaaagagga 341  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  11161207 cattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagcccttaggaggttgaactctgcttgcgagaaagcaaaaagga 11161108  T
Q  342 tactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaagggatagatttcttctca 409  Q
    |||||||    ||||||  |||||| |||||||||||  ||||  ||||||| |||||||||| ||||    
T  11161107 tactttcttccaatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggaatagatttctactca 11161040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 20 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 11276246 - 11275882
Alignment:
Q  20 aacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttttg 119  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||  || ||| |||||| ||||||||||    || | |||||||  | ||||    
T  11276246 aacgttatgcgaataataaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttaacacgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatatttg 11276147  T
Q  120 atttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaaga 219  Q
    | ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| || || ||   ||  ||||    ||| |||| ||  ||||| ||||||||||||||||||||    
T  11276146 acttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacttttgagaatggtgatatcaatgttaaggccattggaggagacactcacctcgggggacaaga 11276047  T
Q  220 ctttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagtct 319  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| ||    
T  11276046 ctttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaagcataaaaatgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaagact 11275947  T
Q  320 gcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgttt 384  Q
    || || |||| || ||| |||||||||||    |||| |||||| || |||||||||||||||||    
T  11275946 gcttgcgagagagtaaaaaggatactttctgtcaatagtgagactaccattgagatagaatgttt 11275882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 11170864 - 11170546
Alignment:
Q  18 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 117  Q
    |||| ||| |||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||||||||    || | |||||||  ||||    
T  11170864 tcaatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggccttgacttgaaaccatttaatcatggatgtagaaatgttttcatttt 11170765  T
Q  118 tgatttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 217  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||   ||  ||||    ||| |||||||  ||||| ||||||||||||||||||    
T  11170764 tgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgagaatggtgatatcaatgttaaggccactggaggagacactcacctcgggggacaa 11170665  T
Q  218 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagt 317  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||| | ||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||     
T  11170664 gactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgagaaaacataaactcgacattagtggagatccaagagccattaggaggctgaaga 11170565  T
Q  318 ctgcatgtgagaaagcaaa 336  Q
    |||| || |||| ||||||    
T  11170564 ctgcttgcgagagagcaaa 11170546  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 111; E-Value: 7e-56
Query Start/End: Original strand, 18 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 11209686 - 11209356
Alignment:
Q  18 tcaacgttatgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttt 117  Q
    |||| ||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||| || |||||| ||||||||||  | || | |||||||  | ||    
T  11209686 tcaatgttttgcgaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttggcatgaaaccatttaatcatggacgtagaaatgttttcatatt 11209587  T
Q  118 tgatttaggaggtggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaa 217  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||| ||  |   ||  ||||    ||| || | ||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  11209586 tgacttaggtggtggtactttggacgtgtctgttctcacatttgaggatggtgatatcaatgttaaggctattgcaggagacactcacctcgggggacaa 11209487  T
Q  218 gactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagt 317  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||     
T  11209486 gactttgataatgcaatggtgaaccattttgtgaaagagttcttgaggaaggaaaaaatggacattagtggaaatccaagagcccttaggaggctgaaga 11209387  T
Q  318 ctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttc 348  Q
    |||| || |||| |||||| |||||||||||    
T  11209386 ctgcttgcgagagagcaaaaaggatactttc 11209356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 233 - 409
Target Start/End: Original strand, 11241511 - 11241688
Alignment:
Q  233 atggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagtctgcatgtgagaaag 332  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| || |||||||    
T  11241511 atggtgaaccattttgtgaaagagttctcgaggaagtataaaatcgacattagtagagatccaagagcccttaggaggttgaagtctgcttgcgagaaag 11241610  T
Q  333 c-aaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgtttgcatcaagggatagatttcttctca 409  Q
    | ||| ||||||||||     ||||||  |||||| |||||||||||  ||||  ||||||| |||||||||| ||||    
T  11241611 caaaaaaggatactttattccaatactacgaccaccattgagatagagagtttaaatcaaggtatagatttctactca 11241688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 194 - 336
Target Start/End: Original strand, 11314783 - 11314925
Alignment:
Q  194 ggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatc 293  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||  |||| ||| ||| ||||  || || | ||||||| |||||||||||||||     
T  11314783 ggagacactcaccttgggggacaagacttcaataatacaatggtgaaatattttgtggaagtgttccggaagaggtataaaatagacattagtggagatt 11314882  T
Q  294 caaaagcccttaggcggttgaagtctgcatgtgagaaagcaaa 336  Q
     || | |||||||| |||||||||| || || |||||||||||    
T  11314883 taacatcccttaggaggttgaagtcagcttgcgagaaagcaaa 11314925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 159
Target Start/End: Original strand, 11241332 - 11241461
Alignment:
Q  30 gaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttttgatttaggagg 129  Q
    |||||||||  |||||||| |||| ||||||||||||||| ||| ||| |||| |  |||||||||    || ||||||| |  |||| |||||||| ||    
T  11241332 gaataatcactgagcctactgcagttgcaattgcatatggccttaacatgaaaactcttaatcatggatgtagacatgttctaattttcgatttaggtgg 11241431  T
Q  130 tggtactttggatgtgtctattctcacatt 159  Q
    ||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  11241432 tggtactctggacgtgtccattctcacatt 11241461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1207 (Bit Score: 85; Significance: 2e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold1207
Description:

Target: scaffold1207; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 384
Target Start/End: Complemental strand, 1167 - 816
Alignment:
Q  30 gaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaaccgtttaatcatgaccataaacatgtttttgtttttgatttaggagg 129  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||  ||||| |     ||||  |||| | |||||||  ||||||| ||||| ||    
T  1167 gaatactcaatgagcctactgcagctgcaattgcatatggctttgacacaaaaccatca---catggacatagaaatgttttcatttttgacttaggtgg 1071  T
Q  130 tggtactttggatgtgtctattctcacattcgataagaatggaatcaccactaaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataac 229  Q
    |||||||||||| |||||| |||||| ||| || ||   ||  ||||    ||| || | ||  ||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  1070 tggtactttggacgtgtctgttctcaaatttgagaatggtgatatcaatgttaaggctattgtaggagacactcacctcagggggcaagactttgataac 971  T
Q  230 acaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtggagatccaaaagcccttaggcggttgaagtctgcatgtgaga 329  Q
     |||||||||||||||| ||||||| |||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||| |||| |||||||    
T  970 gcaatggtgaaccattttgtgaaagtgttcttaaggaagtataaaatcgacattagtggagatccaagagccgttaggaggctgaagactgcttgtgaga 871  T
Q  330 aagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagatagaatgttt 384  Q
     | |||| |||||||||||    |||||| |||| || ||||||||||| |||||    
T  870 gatcaaaaaggatactttctgtcaatacttagactaccattgagatagagtgttt 816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000006; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 188 - 378
Target Start/End: Original strand, 7877777 - 7877967
Alignment:
Q  188 actgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagttctcgaggaagcataaaattgacattagtg 287  Q
    ||||| |||||||||||||| || ||| | ||||||||||||| |||| |||||||||| ||||  |||||   ||||||| ||||| | |||||| |||    
T  7877777 actgccggagatactcacctaggtggagaggactttgataacagaatgttgaaccatttagtgatggagtttaagaggaagaataaagtggacattggtg 7877876  T
Q  288 gagatccaaaagcccttaggcggttgaagtctgcatgtgagaaagcaaagaggatactttccagtaatactgagaccacaattgagataga 378  Q
    || | || |  ||||||||| ||||||   ||||||||||||  || || |||| ||| ||   | |||||||||| |||||||| |||||    
T  7877877 gaaacccgagggcccttaggaggttgagaactgcatgtgagagggctaaaaggacactgtcatttgatactgagactacaattgacataga 7877967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 182 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8654580 - 8654524
Alignment:
Q  182 aaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtg 238  Q
    ||||||||||||||| | || ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  8654580 aaagccactgctggaaacacgcacctagggggagaagactttgataacagaatggtg 8654524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 181 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 8628663 - 8628609
Alignment:
Q  181 taaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatg 235  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| || ||| | ||||||||||||| ||||    
T  8628663 taaagccactgctggaaatactcaccttggtggagaggactttgataacagaatg 8628609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 185 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 8576453 - 8576400
Alignment:
Q  185 gccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtg 238  Q
    |||||||| ||||| |||||||| || || |||||||||||||||| |||||||    
T  8576453 gccactgccggagacactcacctaggaggccaagactttgataacataatggtg 8576400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 182 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 8590768 - 8590692
Alignment:
Q  182 aaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaagagtt 258  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||| || ||| | ||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |||||    
T  8590768 aaagccacttccggagatacccacctaggaggagaggactttgataacagaatggttcaccatttggtgaaggagtt 8590692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 26 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 39985932 - 39985876
Alignment:
Q  26 atgcgaataatcaacgagcctacagcagctgcaattgcatatggtcttgacaagaaa 82  Q
    |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  39985932 atgcgaattatcaatgagcccactgctgctgccattgcttatggtcttgacaagaaa 39985876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 255
Target Start/End: Original strand, 16662029 - 16662103
Alignment:
Q  181 taaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaaccatttcgtgaaaga 255  Q
    |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||| |||| ||||| | || ||||||||    
T  16662029 taaagccacttctggaaacactcacctcgggggagaggactttgataacagaatgttgaactactttgtgaaaga 16662103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 188 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 14703532 - 14703479
Alignment:
Q  188 actgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaac 241  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| | ||||| ||||||| ||||||||||    
T  14703532 actgctggaaacactcacctcgggggagaggacttcgataacagaatggtgaac 14703479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 181 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 12234820 - 12234764
Alignment:
Q  181 taaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggt 237  Q
    ||||||||| || ||| | ||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  12234820 taaagccacagccggaaacactcacctcgggggagaggactttgataacagaatggt 12234764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 182 - 241
Target Start/End: Original strand, 4678596 - 4678655
Alignment:
Q  182 aaagccactgctggagatactcacctcgggggacaagactttgataacacaatggtgaac 241  Q
    ||||||||||||||| | |||||||| || ||| | ||||||||||||| ||||||||||    
T  4678596 aaagccactgctggaaacactcacctaggtggagaggactttgataacagaatggtgaac 4678655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University