View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5812-Insertion-3 (Length: 873)
Name: NF5812-Insertion-3
Description: NF5812
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5812-Insertion-3 |
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| [»] scaffold0027 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 665; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 665; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 857
Target Start/End: Original strand, 21324505 - 21325344
Alignment:
| Q |
9 |
ataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaatgtttcagcctctatggcactgtttttagc |
108 |
Q |
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| T |
21324505 |
ataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaatgtttcagcctctatggcactgtttttagc |
21324604 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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| T |
21324605 |
catacacttgtatgtgtttatataagttgatacgatatatgtatggaccccagcttgatgttaaaccaatttttgagatttgcatatgatagtttcaaat |
21324704 |
T |
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| Q |
209 |
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308 |
Q |
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| T |
21324705 |
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21324794 |
T |
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| Q |
309 |
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408 |
Q |
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| T |
21324795 |
aattattacttggttcatattgtaataacaattttaatatagtgagtcattaagctacaattaaatctaagatagactaaagtggattataatattgtca |
21324894 |
T |
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| Q |
409 |
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507 |
Q |
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| T |
21324895 |
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21324994 |
T |
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| Q |
508 |
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607 |
Q |
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| T |
21324995 |
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21325091 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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21325092 |
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21325190 |
T |
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| Q |
708 |
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804 |
Q |
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| T |
21325191 |
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21325289 |
T |
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| Q |
805 |
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857 |
Q |
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| T |
21325290 |
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21325344 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0027 (Bit Score: 517; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0027
Description:
Target: scaffold0027; HSP #1
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 66328 - 65744
Alignment:
| Q |
9 |
ataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaatgtttcagcctctatggcactgtttttagc |
108 |
Q |
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| T |
66328 |
ataacatgatcaagtggttgatgttaataagataaataaatatcacttaaaaatttaattaatgttttaatgtttcagcctctatggcactgtttttagc |
66229 |
T |
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| Q |
109 |
catacacttgtatgtgtttatataagttgatacgatatatgtatggaccccagcttgatgttaaaccaatttttgagatttgcatatgatagtttcaaat |
208 |
Q |
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| T |
66228 |
catacacttgtatgtgtttatataagttgatacgatatatgtatggaccccagcttgatgttaaaccaaattttgagatttgcatatgatagtttcaaat |
66129 |
T |
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| Q |
209 |
caagatgaagatttaagtataagtttgtgtggattcaaggaagatatttgaagcataatgctctaatctagtggttcttagtgtggaagtttacattttc |
308 |
Q |
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| T |
66128 |
caagatgaagatttaagtataagtttgtgtggattcaaggaagatatttgaagcataatgctctaatctagtggttcttagtgtggaagtttatattttc |
66029 |
T |
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| Q |
309 |
aattattacttggttcattttgtaataacaattttaatatagtgagtcattaagctacaattaaatctaagatagactaaagtggattacaatattgtca |
408 |
Q |
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aattattacttggttcatattgtaataacaattttaatatactgagtcattaagctacgattaaatctaagatagactaaagtggattacaatattgtca |
65929 |
T |
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| Q |
409 |
aagataatggaagcatgtgaggtctcaaaagtgttttagaggatttctcaaaaataatagtgtgcatgg-ttttgtagtgagtcgctctattgatatatt |
507 |
Q |
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aagataatggaagtatgtga--tctcaaaagtgttttagaggatttctcaaaaatgatagcgtgcatggtttttgtagtgagtcgctctattgatatatt |
65831 |
T |
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| Q |
508 |
ctcaagaggaacattaacatacatactttgacagttgtacccttgtggtacaaaggtcaggtgaccacttgattattgcttaaagggttc |
597 |
Q |
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65830 |
ctcaagagaaacataaacatacatactttgacagttgtacccttgtggtacaaaggtcaggtgaccacttg---attgcttaaagggttc |
65744 |
T |
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