View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5813_high_17 (Length: 385)

Name: NF5813_high_17
Description: NF5813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5813_high_17
NF5813_high_17
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-374)||(3954617-3954991)
chr4 (1-374)||(47249870-47250244)
chr4 (226-341)||(55156945-55157060)
chr4 (229-284)||(8345582-8345637)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (1-374)||(10533778-10534152)
chr3 (1-226)||(4784397-4784623)
chr3 (297-381)||(4784316-4784400)
chr3 (270-343)||(25745345-25745418)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-374)||(25624218-25624592)
chr1 (213-322)||(52054479-52054588)
chr1 (210-362)||(30331948-30332101)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (1-374)||(91234-91608)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (210-362)||(33362792-33362944)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (210-362)||(32307560-32307712)
chr8 (231-320)||(38614665-38614754)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (213-283)||(8383287-8383357)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (228-341)||(32447222-32447335)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 3954617 - 3954991
Alignment:
Q  1 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3954617 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 3954716  T
Q  101 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3954717 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 3954816  T
Q  201 ttct-ggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 299  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3954817 ttctgggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcatgagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 3954916  T
Q  300 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcattcggtatattcat 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3954917 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacacaacatatgtcagcactgaagcgtatcattcggtatattcat 3954991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 351; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 47250244 - 47249870
Alignment:
Q  1 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47250244 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 47250145  T
Q  101 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47250144 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 47250045  T
Q  201 ttct-ggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47250044 ttctgggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactataatatttaactttcacaagacccgatatctcttatgcagtacaa 47249945  T
Q  300 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcattcggtatattcat 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47249944 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgttagcactgaagcgtatcattcggtatattcat 47249870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 226 - 341
Target Start/End: Original strand, 55156945 - 55157060
Alignment:
Q  226 ctgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcctattcatgcatgaccc 325  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  || ||||| || || ||||| |||||||| ||    
T  55156945 ctgaatatcgaagtcttacaggtgcattgcaatatttaactttcacacgacctgatatcgcatatgtcgtccaacaagtgtgtctatttatgcatgatcc 55157044  T
Q  326 taaaacgcaacatatg 341  Q
    | | || |||||||||    
T  55157045 tcacacacaacatatg 55157060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 229 - 284
Target Start/End: Original strand, 8345582 - 8345637
Alignment:
Q  229 aatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatc 284  Q
    |||||||||||||||||   | | |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  8345582 aatatcggagtcttgcatatgtattacaatatttaactttcacacgacctgatatc 8345637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 10534152 - 10533778
Alignment:
Q  1 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10534152 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaagtggtcttttcttgt 10534053  T
Q  101 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10534052 ctcaaagaaaatatgcagaggagattataaaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 10533953  T
Q  201 ttct-ggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10533952 ttctgggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggaacactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 10533853  T
Q  300 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcattcggtatattcat 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10533852 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcagcactgaagtgtatcattcggtatattcat 10533778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 1 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4784623 - 4784397
Alignment:
Q  1 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4784623 atgtctaaacttagttctaaattcaccatgaaggacttgggtcctctaagttactttctgggaatatctgtcactaaacacacatgtggtcttttcttgt 4784524  T
Q  101 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 200  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  4784523 ctcaaagaaaatatgcaaaggaaattaaagaacgagcagacatgtcatcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaacgcaaaacacagtggctc 4784424  T
Q  201 ttct-ggaatccatatcatgacccaac 226  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||    
T  4784423 ttctgggaatccatatcatgactcaac 4784397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 297 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 4784400 - 4784316
Alignment:
Q  297 caacaggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcattcggtatattcatctcactc 381  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4784400 caacaagtatgcctattcatgcatgaccataaaatgcaacatatgtcagcactaaagcgtatcattcggtatattcatgtcactc 4784316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 270 - 343
Target Start/End: Original strand, 25745345 - 25745418
Alignment:
Q  270 acaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtc 343  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||||| | || |||||||| || |||||  ||||||||||    
T  25745345 acaagaccagatatctcttatgtagttcaacatgtatgcttgtttatgcatgatccaaaaacataacatatgtc 25745418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 25624592 - 25624218
Alignment:
Q  1 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25624592 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 25624493  T
Q  101 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  25624492 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaacttagtggctc 25624393  T
Q  201 ttct-ggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 299  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25624392 ttctgggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactataatatttaactttcacaagacccgatatctcttatgcagtacaa 25624293  T
Q  300 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcattcggtatattcat 374  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25624292 caggtatgcctattcatacatgaccctaaaacgcaacatatgtcagcactgaagcgtatcattcggtatattcat 25624218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 213 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 52054588 - 52054479
Alignment:
Q  213 tatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcctat 312  Q
    |||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  || ||||| || || ||||    
T  52054588 tatcataatccatctgaatatcggagtcttgcaggtgcattgcaatatttaactttcacacgacctgatatcgcatatgtcgtccaacaagtgtgtctat 52054489  T
Q  313 tcatgcatga 322  Q
    | ||||||||    
T  52054488 ttatgcatga 52054479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000009
Query Start/End: Original strand, 210 - 362
Target Start/End: Original strand, 30331948 - 30332101
Alignment:
Q  210 ccatatcatgacccaactgaatatcggagtctt-gcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgc 308  Q
    ||||||||||| ||  |||||||| | |||||| || || ||||| |||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
T  30331948 ccatatcatgatccctctgaatatagaagtctttgctggtgcactgcaatatcttaccttcacacgacctgacatctcttatgccgttcaacaggtatgc 30332047  T
Q  309 ctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcatt 362  Q
    || || |||||||| || ||||| ||||| ||| | ||  ||||||| ||||||    
T  30332048 ctttttatgcatgatccaaaaacacaacacatgactgctttgaagcgaatcatt 30332101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 374
Target Start/End: Original strand, 91234 - 91608
Alignment:
Q  1 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatctgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91234 atgtctaaacttagttctgaattcgccatgaaggatttgggtcctctaagttattttctaggaatatatgtcactaaacacacaggtggtcttttcttgt 91333  T
Q  101 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcaggcatgtcctcttgcaaaccatcacccactccagtcgacaccaaggcaaaactcagtggctc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  91334 ctcaaagaaaatatgcagaggagattatagaacgagcatgcatgtcctcttgcaaaccgtcacccactccagtcgacaccaaggaaaaaatcagtggctc 91433  T
Q  201 ttct-ggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaa 299  Q
    || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  91434 ttatgggaatccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcagaagcactacaatatttaactttcacaagaaccgatatctcttatgtagtacaa 91533  T
Q  300 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcattcggtatattcat 374  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  91534 caggtatgcctattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcagcactgaagcgtatcattcggtatattcat 91608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 6e-19; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 6e-19
Query Start/End: Original strand, 210 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 33362944 - 33362792
Alignment:
Q  210 ccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcc 309  Q
    ||||||||||| ||  |||||||| | |||||||| || ||||| |||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||||||||    
T  33362944 ccatatcatgatccctctgaatatagaagtcttgctggtgcactgcaatatcttaccttcacacgacctgacatctcttatgccgttcaacaggtatgcc 33362845  T
Q  310 tattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcatt 362  Q
    | || |||||||| || ||||| ||||| ||| | ||  ||||||| ||||||    
T  33362844 tttttatgcatgatccaaaaacacaacacatgactgctttgaagcgaatcatt 33362792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 210 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 32307712 - 32307560
Alignment:
Q  210 ccatatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcc 309  Q
    ||||||||||| ||  |||||||| | |||||||| || ||||| |||||| | || |||||| ||||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  32307712 ccatatcatgatccctctgaatatagaagtcttgctggtgcactgcaatatctcaccttcacacgacctgacatctcttatgccgttcagcaggtatgcc 32307613  T
Q  310 tattcatgcatgaccctaaaacgcaacatatgtcggcactgaagcgtatcatt 362  Q
    | || |||||||| || ||||| ||||| ||| | ||  ||||||| ||||||    
T  32307612 tttttatgcatgatccaaaaacacaacacatgactgctttgaagcgaatcatt 32307560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 231 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 38614754 - 38614665
Alignment:
Q  231 tatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcctattcatgcat 320  Q
    ||||| ||||| |||||||| || |||||| | || |||||  | ||||||||||| ||||||||||||||| |||| || || ||||||    
T  38614754 tatcgtagtctggcaggagctcttcaatatctcaccttcactcgtcctgatatctcctatgcagtacaacagatatgtctctttatgcat 38614665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 213 - 283
Target Start/End: Original strand, 8383287 - 8383357
Alignment:
Q  213 tatcatgacccaactgaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatat 283  Q
    |||||| | ||| |||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||   ||||||||||    
T  8383287 tatcataatccatctgaatatcgaagtcttgcaggtgcattgcaatatttaactttcatctgacctgatat 8383357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 228 - 341
Target Start/End: Original strand, 32447222 - 32447335
Alignment:
Q  228 gaatatcggagtcttgcaggagcactacaatatttaactttcacaagacctgatatctcttatgcagtacaacaggtatgcctattcatgcatgacccta 327  Q
    ||||||| || ||||||||| | | | |||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||  || ||| | || || ||||| |||||||| |||     
T  32447222 gaatatcagactcttgcaggtgaattgcaatatttaactttcacacgacctgatatcgcatatgtcgtccaataagtgtgtctatttatgcatgatcctc 32447321  T
Q  328 aaacgcaacatatg 341  Q
    | || |||||||||    
T  32447322 acacacaacatatg 32447335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University