View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5813_high_3 (Length: 627)

Name: NF5813_high_3
Description: NF5813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5813_high_3
NF5813_high_3
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (106-550)||(25524764-25525209)
chr6 (106-558)||(25516543-25516992)
chr6 (106-529)||(26047219-26047639)
chr6 (106-529)||(26049244-26049664)
chr6 (106-529)||(26070413-26070833)
chr6 (106-537)||(26085497-26085929)
chr6 (106-354)||(26065528-26065773)
chr6 (470-535)||(29143240-29143305)
chr6 (283-354)||(19696895-19696966)
chr6 (472-535)||(29139859-29139921)
chr6 (482-527)||(26065836-26065881)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (31-77)||(23499443-23499489)
chr4 (407-456)||(9571045-9571094)
chr4 (16-72)||(29391162-29391218)
chr4 (16-77)||(9521884-9521945)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (16-77)||(19267374-19267435)
chr7 (25-77)||(30969761-30969813)
chr7 (16-77)||(38603007-38603068)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (31-77)||(39421528-39421574)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-79)||(35112498-35112560)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (25-77)||(3279409-3279461)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 106 - 550
Target Start/End: Original strand, 25524764 - 25525209
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| || ||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  25524764 ctgctatttttccctctcctgatttcttccttcccctctcatgtctcacatatcgtctccctccacctctttttctgtctgtgattgttcgcataacaat 25524863  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggca--agtataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatg---ttaaggttaccaaacatgtcata 300  Q
    |||| |||| | | |||||||||  |||||||||||||||  |||||||||||||||||||   ||||||||||   |||| ||||||||||||||||||    
T  25524864 gcaacaaaacatgagagttggcaagagtataatccatgcagtcagaatgagatcaatgctg---ctataacatgtacttaaagttaccaaacatgtcata 25524960  T
Q  301 cgaattggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttt-attcaacnnnnnnnnnntgaactctcacatagaaggctgtgtgagc 399  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | |||||| |||||||          ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  25524961 agaattggaaccaataaatgtcatgcttaatgtcactgatagcaatgtgttttaattcaac-aaaaaaaaatgaactctcacatagaagggtgtgtgagc 25525059  T
Q  400 ttgccaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaaataattgtacggcacacattgcccgaagcattacttggaacaa 499  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||| | | ||||||   | |||||||||| ||||||||    
T  25525060 ttgtcaagtccacatgtatgtaacttgtcattgttcaatgaacagaactttgagc-aataattgttcagtacacatcatcagaagcattacgtggaacaa 25525158  T
Q  500 ctagattcatatatgctggatctataatacagaaaaaatgaggcagccttt 550  Q
    ||||  ||||||||  ||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  25525159 ctaggatcatatatattggatctataatacagaaaaaagaaggcagccttt 25525209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 106 - 558
Target Start/End: Original strand, 25516543 - 25516992
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| | |||||||||| ||| |||     
T  25516543 ctgctatttttccctttcctgatttctcccttccactctcatgtctcacttatcatctccctccatctctttttctgtctttgattgttcgcata-caac 25516641  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggcaa--gtataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatgttaaggttaccaaacatgtcatacga 303  Q
    |||| |||| | | ||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||| ||||||| |||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  25516642 gcaacaaaacatgagagttggcaaaagtataatccatgcaggcagaatgagaacaatgcttcta---taacatgttaaagttaccaaacatgtcataaga 25516738  T
Q  304 attggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgttttat--tcaacnnnnnnnnnntgaactctcacatagaaggctgtgtgagctt 401  Q
    |||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||  |||  |||  |||||          ||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  25516739 attggaacgaataattgtcatgcttaatatcattgatagcagcgtgtaatatcttcaacaacaaaaa--tgaactctcacatagaagggtgtgtgagttt 25516836  T
Q  402 gccaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaaataattgtacggcacacattgcccgaagcattacttggaacaact 501  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| | | |||||||| | |||||||||||||||||||||    
T  25516837 gtcaagtcaacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttgagc-aataattgtgcagtacacattgtcagaagcattacttggaacaact 25516935  T
Q  502 agattcatatatgctggatctataatacagaaaaaatgaggcagccttttgggagtg 558  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||| || |||||    
T  25516936 aggatcatatatgttggatctataatacagaaaaaagaaggcagccttctgagagtg 25516992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 106 - 529
Target Start/End: Original strand, 26047219 - 26047639
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||    
T  26047219 ctgctatttttccctctcctgatttctcccttcccctctcatgtctcacatataatcttcctccatctctttttctgtctg--attgttcgcataacaat 26047316  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggcaag--tataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatgttaaggttaccaaacatgtcatacga 303  Q
    |||| |||| | | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26047317 gcaacaaaacatgagagttggcaagagtataatccatgcagccagaatgagaacaatgctgcta---taacatgttaaagttaccaaacatgtcataaga 26047413  T
Q  304 attggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttta-ttcaacnnnnnnnnnntgaactctcacatagaaggctgtgtgagcttg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||          |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  26047414 attggaaccaataaatgtcatgcttaatatcattgatagcagtgtgttttacttcaacaaaaaaaatatgaactctcacatagaaggctgtgtgatattg 26047513  T
Q  403 ccaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaaataattgtacggcacacattgcccgaagcattacttggaacaacta 502  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  |||||| |   | |||||||| |  |||||||||||||||||| |     
T  26047514 taaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacagagctttgagc-gataattatgtagtacacattgtcacaagcattacttggaacaattg 26047612  T
Q  503 gattcatatatgctggatctataatac 529  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||    
T  26047613 ggatcatatatgttggatctataatac 26047639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 106 - 529
Target Start/End: Original strand, 26049244 - 26049664
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||    
T  26049244 ctgctatttttccctctcctgatttctcccttcccctctcatgtctcacatataatcttcctccatctctttttctgtctg--attgttcgcataacaat 26049341  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggcaag--tataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatgttaaggttaccaaacatgtcatacga 303  Q
    |||| |||| | | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26049342 gcaacaaaacatgagagttggcaagagtataatccatgcagccagaatgagaacaatgctgcta---taacatgttaaagttaccaaacatgtcataaga 26049438  T
Q  304 attggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttta-ttcaacnnnnnnnnnntgaactctcacatagaaggctgtgtgagcttg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||          |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  26049439 attggaaccaataaatgtcatgcttaatatcattgatagcagtgtgttttacttcaacaaaaaaaatatgaactctcacatagaaggctgtgtgatattg 26049538  T
Q  403 ccaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaaataattgtacggcacacattgcccgaagcattacttggaacaacta 502  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  |||||| |   | |||||||| |  |||||||||||||||||| |     
T  26049539 taaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacagagctttgagc-gataattatgtagtacacattgtcacaagcattacttggaacaattg 26049637  T
Q  503 gattcatatatgctggatctataatac 529  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||    
T  26049638 ggatcatatatgttggatctataatac 26049664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 106 - 529
Target Start/End: Original strand, 26070413 - 26070833
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||    
T  26070413 ctgctatttttccctctcctgatttctcccttcccctctcatgtctcacatataatcttcctccatctctttttctgtctg--attgttcgcataacaat 26070510  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggcaag--tataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatgttaaggttaccaaacatgtcatacga 303  Q
    |||| |||| | | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26070511 gcaacaaaacatgagagttggcaagagtataatccatgcagccagaatgagaacaatgctgcta---taacatgttaaagttaccaaacatgtcataaga 26070607  T
Q  304 attggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttta-ttcaacnnnnnnnnnntgaactctcacatagaaggctgtgtgagcttg 402  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||          |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  26070608 attggaaccaataaatgtcatgcttaatatcattgatagcagtgtgttttacttcaacaaaaaaaatatgaactctcacatagaaggctgtgtgatattg 26070707  T
Q  403 ccaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaaataattgtacggcacacattgcccgaagcattacttggaacaacta 502  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  |||||| |   | |||||||| |  |||||||||||||||||| |     
T  26070708 taaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacagagctttgagc-gataattatgtagtacacattgtcacaagcattacttggaacaattg 26070806  T
Q  503 gattcatatatgctggatctataatac 529  Q
    |  ||||||||| ||||||||||||||    
T  26070807 ggatcatatatgttggatctataatac 26070833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 3e-99
Query Start/End: Original strand, 106 - 537
Target Start/End: Original strand, 26085497 - 26085929
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||    
T  26085497 ctgctatttttccctctcctgatttctcccttcccctctcatgtctcacatataatcttcctccatctctttttctgtctg--attgttcgcataacaat 26085594  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggcaag--tataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatgttaaggttaccaaacatgtcatacga 303  Q
    |||| |||| | | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26085595 gcaacaaaacatgagagttggcaagagtataatccatgcagccagaatgagaacaatgctgcta---taacatgttaaagttaccaaacatgtcataaga 26085691  T
Q  304 attggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttta-ttcaac----nnnnnnnnnntgaactctcacatagaaggctgtgtgag 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||  |||||              |||||||||||||||||||||||||||     
T  26085692 attggaaccaataaatgtcatgcttaatatcattgatagcagtgtgttttacatcaacaaaaaaaaaaaaaatgaactctcacatagaaggctgtgtgat 26085791  T
Q  399 cttgccaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaaataattgtacggcacacattgcccgaagcattacttggaaca 498  Q
     |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||  ||||||||   | |||||||| |  |||||||||||||||||    
T  26085792 attgtgaagtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacagagctttgagc-gataattgtgtagtacacattgtcacaagcattacttggaaca 26085890  T
Q  499 actagattcatatatgctggatctataatacagaaaaaa 537  Q
    | |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  26085891 attaggatcatatatgttggatctataatacagaaaaaa 26085929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 106 - 354
Target Start/End: Original strand, 26065528 - 26065773
Alignment:
Q  106 ctgctatttttccctctcctgaattctcccttcccctctaatgtctcacatatcatctccgtccatctatttttctgtttgtgattgttcgtataacaat 205  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| ||||||||| ||  |||||||| ||||||||    
T  26065528 ctgctatttttccctctcctgatttctcccttcccctctcatgtctcacatataatcttcctccatctctttttctgtctg--attgttcgcataacaat 26065625  T
Q  206 gcaataaaaaacgggagttggcaag--tataatccatgcaaccagaatgagatcaatgctgctactataacatgttaaggttaccaaacatgtcatacga 303  Q
    |||| |||| | | |||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  26065626 gcaacaaaacatgagagttggcaagagtataatccatgcagccagaatgagaacaatgctgcta---taacatgttaaagttaccaaacatgtcataaga 26065722  T
Q  304 attggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttta 354  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||    
T  26065723 attggaaccaataaatgtcatgcttaatatcattgatagcagtgtgtttta 26065773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 470 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 29143305 - 29143240
Alignment:
Q  470 acacattgcccgaagcattacttggaacaactagattcatatatgctggatctataatacagaaaa 535  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  29143305 acacattgtcagaagcattacttagaacaactaggatcatataggttggatctataatacagaaaa 29143240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 354
Target Start/End: Original strand, 19696895 - 19696966
Alignment:
Q  283 gttaccaaacatgtcatacgaattggaaccaataaatgtcatgcttaatgtaattgatagcagtttgtttta 354  Q
    ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |||| |||||||| | |||||| ||| |||||||    
T  19696895 gttaccaaacaagtcatatgaattggaaccaacaaatttcattcttaatgtcactgataggagtgtgtttta 19696966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 472 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 29139921 - 29139859
Alignment:
Q  472 acattgcccgaagcattacttggaacaactagattcatatatgctggatctataatacagaaaa 535  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  29139921 acattgtcagaagcgttacttggaacaactaggatcatatatgttggat-tataatacagaaaa 29139859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 482 - 527
Target Start/End: Original strand, 26065836 - 26065881
Alignment:
Q  482 aagcattacttggaacaactagattcatatatgctggatctataat 527  Q
    |||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||    
T  26065836 aagcattacttggaacaattaggatcatatatgttggatctataat 26065881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 23499489 - 23499443
Alignment:
Q  31 gtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23499489 gtaaagtgagaaaattaagggttgttattttaacaaactcatgattt 23499443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 407 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 9571094 - 9571045
Alignment:
Q  407 gtccacttgtatgtaacttgtcattgctcaatgaacataactttaagcaa 456  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||    
T  9571094 gtccacttgtatgtaacctgtcattgctccatgaacagaactttgagcaa 9571045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 16 - 72
Target Start/End: Original strand, 29391162 - 29391218
Alignment:
Q  16 taaattgagtaaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcat 72  Q
    |||| ||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||    
T  29391162 taaagtgagtaaagtgtaaagtaagaaaattgagggttgttattgtaacaaactcat 29391218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 9521945 - 9521884
Alignment:
Q  16 taaattgagtaaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    |||| ||| ||||| ||||||||||||||  || |||||| | |||||||||||||||||||    
T  9521945 taaagtgactaaagtgtaaagtgagaaaatcaaaggttgtcaatttaacaaactcatgattt 9521884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 16 - 77
Target Start/End: Complemental strand, 19267435 - 19267374
Alignment:
Q  16 taaattgagtaaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19267435 taaagtgagtaaagtgtaaattgagaaaatcaagggttgttattttaacaaactcatgattt 19267374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Original strand, 30969761 - 30969813
Alignment:
Q  25 taaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    ||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30969761 taaagtgtaaagtgagaaaatcaagggttgttattgtaacaaactcatgattt 30969813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 16 - 77
Target Start/End: Original strand, 38603007 - 38603068
Alignment:
Q  16 taaattgagtaaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    |||| ||||| ||| ||||||  ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38603007 taaagtgagtgaagtgtaaagcaagaaaatcaagggttgttattttaacaaactcatgattt 38603068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 77
Target Start/End: Original strand, 39421528 - 39421574
Alignment:
Q  31 gtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    ||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39421528 gtaaagtgagaaaatcaaaggttgttattttaacaaactcatgattt 39421574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 79
Target Start/End: Original strand, 35112498 - 35112560
Alignment:
Q  16 taaattgagtaaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattttt 79  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  35112498 taaattggttaaagtgtaaagtgagaaaa-taagggttgttattataacaagctcataattttt 35112560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 25 - 77
Target Start/End: Original strand, 3279409 - 3279461
Alignment:
Q  25 taaagggtaaagtgagaaaactaagggttgttattttaacaaactcatgattt 77  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||||||    
T  3279409 taaagtgtaaagtgagaaaatgaagggttgttttttaaacaaacttatgattt 3279461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University