View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5814-Insertion-5 (Length: 603)

Name: NF5814-Insertion-5
Description: NF5814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5814-Insertion-5
NF5814-Insertion-5
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-281)||(20597615-20597889)
chr3 (291-595)||(20597210-20597514)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (291-595)||(8698209-8698514)
chr6 (11-279)||(8698618-8698886)
chr6 (327-444)||(19836044-19836161)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (325-460)||(37101837-37101972)
chr4 (335-582)||(20623216-20623463)
chr4 (332-450)||(38696725-38696843)
chr4 (515-595)||(37102027-37102107)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (335-595)||(23331586-23331846)
chr5 (488-591)||(24506273-24506376)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (332-459)||(20067397-20067524)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 271; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 271; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 7 - 281
Target Start/End: Complemental strand, 20597889 - 20597615
Alignment:
Q  7 agctggataaatggaactactgtaacatgctacatatttgtccttcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacat 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597889 agctggataaatggaactactgtaacatgctacatatttgtccttcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacat 20597790  T
Q  107 gaaatagcatgacagcagggcaatcctattagtagccatttcctgcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtcaccacttaaagaaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597789 gaaatagcatgacagcagggcaatcctgttagtagccatttcctgcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtcaccacttaaagaaa 20597690  T
Q  207 catgcctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaatataacatttcataaaattaatatcactactaa 281  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597689 catgcctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaatataacatttcataaaattaatatcactactaa 20597615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 291 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 20597514 - 20597210
Alignment:
Q  291 tgttgggtaacacaccatccttcaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccac 390  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597514 tgttgggtaacacaccatcctccaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaggtacactctgatgtcctcacacatggtcaccac 20597415  T
Q  391 tggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgctc 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20597414 tggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccagagtgtcacatttttgatcaccagtgaatttgtgtttgctc 20597315  T
Q  491 caatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcct 590  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  20597314 caatgcttggcatgaatgtttttgagatactcatatgctccttcccttatatccttgatctctttcatggcatcaatgaatgcattttcataagttgctt 20597215  T
Q  591 ttgct 595  Q
    |||||    
T  20597214 ttgct 20597210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 291 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 8698514 - 8698209
Alignment:
Q  291 tgttgggtaacacaccatccttcaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatg-tcctcacacatggtcacca 389  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8698514 tgttgggtaacacaccatcctccaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaggtacactctgatggtcctcacacatggtcacca 8698415  T
Q  390 ctggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgct 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  8698414 ctggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccagagtgtcacattttggatcaccagtgaatttgtgtttgct 8698315  T
Q  490 ccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcc 589  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  8698314 ccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatatctttcatggcatcattgaatgcattttcatatgttgct 8698215  T
Q  590 tttgct 595  Q
    ||||||    
T  8698214 tttgct 8698209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 11 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 8698886 - 8698618
Alignment:
Q  11 ggataaatggaactactgtaacatgctacatatttgtccttcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacatgaaa 110  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8698886 ggataaatggaactagagtaacatgctacatatttgtccttcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacatgaaa 8698787  T
Q  111 tagcatgacagcagggcaatcctattagtagccatttcctgcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtcaccacttaaagaaacatg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  8698786 tagcatgacagcagggcaatcctgttagtaaccatttcctgcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtgaccagttaaagaaacatg 8698687  T
Q  211 cctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaatataacatttcataaaattaatatcactact 279  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  8698686 tctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaatataacatttcataaaattagtatcgctact 8698618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 327 - 444
Target Start/End: Complemental strand, 19836161 - 19836044
Alignment:
Q  327 tctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaa 426  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||| || || | |||||| |||||||  |||| ||| |||||||||||    
T  19836161 tctgcctatttgcttcccacctttccatcatgtaaattctgatgtcctcacacatagtgacaattggctttcctctagggatgacaattgttgagttaaa 19836062  T
Q  427 tgtctctgacatgttatt 444  Q
     | |||||||||||||||    
T  19836061 agcctctgacatgttatt 19836044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 325 - 460
Target Start/End: Original strand, 37101837 - 37101972
Alignment:
Q  325 tttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagtta 424  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | | |||| || |||| ||| || |||||||| |||||||| || || ||     
T  37101837 tttctgcctatttgcttcccatctctccatcaggtacactctaatttctttaaacatagtgaccattggttttcctctagcaatgataatggtggaattg 37101936  T
Q  425 aatgtctctgacatgttattcaccaaagtgtcacat 460  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  37101937 aatgtctcagacatgttgttcaccagagtgtcacat 37101972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 335 - 582
Target Start/End: Complemental strand, 20623463 - 20623216
Alignment:
Q  335 tttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctg 434  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||||| || || |||||||| | ||| || || || || |  ||||    
T  20623463 tttgtttcccacctctccatcaagtatactctaatttcctcaaacattgtcaccactggttttcccctagctataacaatggtagaattgaaggcttctg 20623364  T
Q  435 acatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgctccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttc 534  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |    ||| |||||| ||    |||||||||||  | ||||| || ||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  20623363 acatgttattcaccagagtgtcacatagtggtccactagtgaacttagacttgctccaatgtcttgcagggattttcataagatattcataagctccttc 20623264  T
Q  535 acttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcata 582  Q
    |||||| || || ||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  20623263 acttatctcttttatctctgccattgcatcattgaatgcattatcata 20623216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 332 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 38696843 - 38696725
Alignment:
Q  332 ctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtct 431  Q
    |||||||| |||||||| |||||||  ||||| || ||||| | |||||| | ||||||||| ||   ||| |  ||||| ||||||||||| ||||  |    
T  38696843 ctgtttgcctcccatctttccatcatatacaccctaatgtctttacacatagacaccactggttttgatcttggaatgatgatagttgagttgaatgctt 38696744  T
Q  432 ctgacatgttattcaccaa 450  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  38696743 ctgacatattattcaccaa 38696725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 515 - 595
Target Start/End: Original strand, 37102027 - 37102107
Alignment:
Q  515 agatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcctttgct 595  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||  | ||||||||||    
T  37102027 agatactcatacgctccttcacttatggctttaatctcattcataacatcattaaatgcattgtcatgtgatgcctttgct 37102107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 335 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 23331846 - 23331586
Alignment:
Q  335 tttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctg 434  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||||| || || |||||||| | ||| || || || || |  |||     
T  23331846 tttgtttcccacctctccatcaagtatactctaatttcctcaaacattgtcaccactggttttcccctagctataacaatggtagaattgaaggcttcta 23331747  T
Q  435 acatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgctccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttc 534  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |    ||| |||||| ||    |||||||||||  | ||||| || ||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  23331746 acatgttattcaccagagtgtcacatagtggtccactagtgaacttagacttgctccaatgtcttgcagggattttcataagatattcataagctccttc 23331647  T
Q  535 acttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcctttgct 595  Q
    |||||| |  || ||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  23331646 acttatctgttttatctctgccattgcatcattgaatgcattatcataactggcctttgct 23331586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 488 - 591
Target Start/End: Complemental strand, 24506376 - 24506273
Alignment:
Q  488 ctccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttg 587  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||| || ||||||||   || || ||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||     
T  24506376 ctccaatgcttagcaggaatcaatttgaggtaatcatatgcaggttgacatatgtcctttatctctttcattgcatcatcaaatgcattttcataagtta 24506277  T
Q  588 cctt 591  Q
    ||||    
T  24506276 cctt 24506273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 332 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 20067524 - 20067397
Alignment:
Q  332 ctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtct 431  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||   ||| |  ||||| || |||||||||||||  |    
T  20067524 ctgtttgcctcccatttttccatcaaatacactctaatgtcttcacacatcgtcaccactggttttgatcttggaatgatgatggttgagttaaatgctt 20067425  T
Q  432 ctgacatgttattcaccaaagtgtcaca 459  Q
    | ||||||||||| ||||| || |||||    
T  20067424 cggacatgttattaaccaatgtatcaca 20067397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University