View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5814_high_4 (Length: 665)

Name: NF5814_high_4
Description: NF5814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5814_high_4
NF5814_high_4
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (21-657)||(31640997-31641633)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 625; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 625; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 657
Target Start/End: Original strand, 31640997 - 31641633
Alignment:
Q  21 atacatgaaattgaaacggggtaaaatttaaaatacaagtacttgatgacatttttgtctaaataaaaacaaaaacagtactccatgatccatgacaaga 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31640997 atacatgaaattgaaacggggtaaaatttaaaatacaagtacttgatgacatttttgtctaaataaaaacaaaaacagtactccatgatccatgacaaga 31641096  T
Q  121 aggtatataagagaaacaatgctaaagatgaattgaatggccaaatatacccatggtaattttggtctctaacagttcccccacgactcaggaacagttg 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641097 aggtatataagagaaacaatgctaaagatgaattgaatggccaaatatacccatggtaattttggtgtctaacagttcccccacgactcaggaacagttg 31641196  T
Q  221 ttgtcccaagaaaaccaaaacctgcttgttgtgactgtgacttgagcatcatcatgttttgatgaggttggtgttggtggtattctacaccccccgtgaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641197 ttgtcccaagaaaaccaaaacctgcttgttgtgactgtgacttgagcatcatcatgttttgatgaggttggtgttggtggtattctacaccccccgtgaa 31641296  T
Q  321 tgttagcatatcctttacatccaaggagtcaccaccatttcctccaccgttggtaaggccaagaaagtccctagtgagaccatcgtcgttctttccggtg 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641297 tgttagcatatcctttacatccaaggagtcaccaccatttcctccaccgttggtaaggccaagaaagtccctagtgagaccatcgtcgttctttccggtg 31641396  T
Q  421 agacagcctctcatgttgttaatgtagtgatcaactgagtctagctgagtcactgatccaaactggccaatgctgagctgagaagtttgatggtgactca 520  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  31641397 agacagcctctcatgttgttaatgtagtgatcaactgagtctagctgagtcactgatccaaactggccaatgctgagctgagaggtttgatggtgactca 31641496  T
Q  521 ttgttggttggcttcctgtgatggcggccgcaccgacggttgctgctttttggagaagtgcagttgctgagaggtgtggtgacatggcagcactggaaga 620  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  31641497 ttgttggttggcttcctgtgatggcggccgcaccgacggttgctgctttttggagaagtgcagttgctgagaggtgtggtgacatggcagcagtggaaga 31641596  T
Q  621 aggttgttgtgtgctgacgtggaagggtgatgatgtc 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31641597 aggttgttgtgtgctgacgtggaagggtgatgatgtc 31641633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University