View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5814_low_2 (Length: 688)

Name: NF5814_low_2
Description: NF5814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5814_low_2
NF5814_low_2
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (36-366)||(20597615-20597945)
chr3 (376-680)||(20597210-20597514)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (36-364)||(8698618-8698946)
chr6 (376-680)||(8698209-8698514)
chr6 (412-529)||(19836044-19836161)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (410-545)||(37101837-37101972)
chr4 (420-667)||(20623216-20623463)
chr4 (417-535)||(38696725-38696843)
chr4 (600-680)||(37102027-37102107)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (420-680)||(23331586-23331846)
chr5 (573-676)||(24506273-24506376)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (417-544)||(20067397-20067524)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 366
Target Start/End: Complemental strand, 20597945 - 20597615
Alignment:
Q  36 atgggtggtggctgaagattagtgtactcagtcctttgccataaactttgaccattagctggataaatggaactactgtaacatgctacatatttgtcct 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597945 atgggtggtggctgaagatcagtgtactcagtcctttgccataaactttgaccattagctggataaatggaactactgtaacatgctacatatttgtcct 20597846  T
Q  136 tcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacatgaaatagcatgacagcagggcaatcctattagtagccatttcct 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20597845 tcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacatgaaatagcatgacagcagggcaatcctgttagtagccatttcct 20597746  T
Q  236 gcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtcaccacttaaagaaacatgcctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaata 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597745 gcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtcaccacttaaagaaacatgcctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaata 20597646  T
Q  336 taacatttcataaaattaatatcactactaa 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597645 taacatttcataaaattaatatcactactaa 20597615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 376 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 20597514 - 20597210
Alignment:
Q  376 tgttgggtaacacaccatccttcaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccac 475  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20597514 tgttgggtaacacaccatcctccaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaggtacactctgatgtcctcacacatggtcaccac 20597415  T
Q  476 tggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgctc 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20597414 tggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccagagtgtcacatttttgatcaccagtgaatttgtgtttgctc 20597315  T
Q  576 caatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcct 675  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |    
T  20597314 caatgcttggcatgaatgtttttgagatactcatatgctccttcccttatatccttgatctctttcatggcatcaatgaatgcattttcataagttgctt 20597215  T
Q  676 ttgct 680  Q
    |||||    
T  20597214 ttgct 20597210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 285; Significance: 1e-159; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 36 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 8698946 - 8698618
Alignment:
Q  36 atgggtggtggctgaagattagtgtactcagtcctttgccataaactttgaccattagctggataaatggaactactgtaacatgctacatatttgtcct 135  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  8698946 atgggtggtggctgaagatcagtgtactcagtcctttgccataaactttgaccattagccggataaatggaactagagtaacatgctacatatttgtcct 8698847  T
Q  136 tcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacatgaaatagcatgacagcagggcaatcctattagtagccatttcct 235  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  8698846 tcatgaagatatctggaacaaagtcaaatatgttcatgtcgaacttcttcatacatgaaatagcatgacagcagggcaatcctgttagtaaccatttcct 8698747  T
Q  236 gcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtcaccacttaaagaaacatgcctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaata 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8698746 gcagtcacaagaccatctttgcaggttgacatgaaacttgtgaccagttaaagaaacatgtctaacttcataatcaaactcatttgcacgcctacaaata 8698647  T
Q  336 taacatttcataaaattaatatcactact 364  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||||    
T  8698646 taacatttcataaaattagtatcgctact 8698618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 376 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 8698514 - 8698209
Alignment:
Q  376 tgttgggtaacacaccatccttcaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatg-tcctcacacatggtcacca 474  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8698514 tgttgggtaacacaccatcctccaacattgcagctttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaggtacactctgatggtcctcacacatggtcacca 8698415  T
Q  475 ctggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgct 574  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  8698414 ctggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctgacatgttattcaccagagtgtcacattttggatcaccagtgaatttgtgtttgct 8698315  T
Q  575 ccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcc 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  8698314 ccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatatctttcatggcatcattgaatgcattttcatatgttgct 8698215  T
Q  675 tttgct 680  Q
    ||||||    
T  8698214 tttgct 8698209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 412 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 19836161 - 19836044
Alignment:
Q  412 tctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaa 511  Q
    ||||||| ||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||||||||||||| || || | |||||| |||||||  |||| ||| |||||||||||    
T  19836161 tctgcctatttgcttcccacctttccatcatgtaaattctgatgtcctcacacatagtgacaattggctttcctctagggatgacaattgttgagttaaa 19836062  T
Q  512 tgtctctgacatgttatt 529  Q
     | |||||||||||||||    
T  19836061 agcctctgacatgttatt 19836044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 56; Significance: 7e-23; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 410 - 545
Target Start/End: Original strand, 37101837 - 37101972
Alignment:
Q  410 tttctgcctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagtta 509  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || | | |||| || |||| ||| || |||||||| |||||||| || || ||     
T  37101837 tttctgcctatttgcttcccatctctccatcaggtacactctaatttctttaaacatagtgaccattggttttcctctagcaatgataatggtggaattg 37101936  T
Q  510 aatgtctctgacatgttattcaccaaagtgtcacat 545  Q
    |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||    
T  37101937 aatgtctcagacatgttgttcaccagagtgtcacat 37101972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 420 - 667
Target Start/End: Complemental strand, 20623463 - 20623216
Alignment:
Q  420 tttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctg 519  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||||| || || |||||||| | ||| || || || || |  ||||    
T  20623463 tttgtttcccacctctccatcaagtatactctaatttcctcaaacattgtcaccactggttttcccctagctataacaatggtagaattgaaggcttctg 20623364  T
Q  520 acatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgctccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttc 619  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |    ||| |||||| ||    |||||||||||  | ||||| || ||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  20623363 acatgttattcaccagagtgtcacatagtggtccactagtgaacttagacttgctccaatgtcttgcagggattttcataagatattcataagctccttc 20623264  T
Q  620 acttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcata 667  Q
    |||||| || || ||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  20623263 acttatctcttttatctctgccattgcatcattgaatgcattatcata 20623216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 417 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 38696843 - 38696725
Alignment:
Q  417 ctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtct 516  Q
    |||||||| |||||||| |||||||  ||||| || ||||| | |||||| | ||||||||| ||   ||| |  ||||| ||||||||||| ||||  |    
T  38696843 ctgtttgcctcccatctttccatcatatacaccctaatgtctttacacatagacaccactggttttgatcttggaatgatgatagttgagttgaatgctt 38696744  T
Q  517 ctgacatgttattcaccaa 535  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  38696743 ctgacatattattcaccaa 38696725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 600 - 680
Target Start/End: Original strand, 37102027 - 37102107
Alignment:
Q  600 agatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcctttgct 680  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||  ||||||| |||||||| ||||  | ||||||||||    
T  37102027 agatactcatacgctccttcacttatggctttaatctcattcataacatcattaaatgcattgtcatgtgatgcctttgct 37102107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 3e-16; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 420 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 23331846 - 23331586
Alignment:
Q  420 tttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtctctg 519  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| |||| ||||||||||| || || |||||||| | ||| || || || || |  |||     
T  23331846 tttgtttcccacctctccatcaagtatactctaatttcctcaaacattgtcaccactggttttcccctagctataacaatggtagaattgaaggcttcta 23331747  T
Q  520 acatgttattcaccaaagtgtcacattttttatcaccagtgaatttgtgtttgctccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttc 619  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||  |    ||| |||||| ||    |||||||||||  | ||||| || ||  | ||||| ||||| ||||||||    
T  23331746 acatgttattcaccagagtgtcacatagtggtccactagtgaacttagacttgctccaatgtcttgcagggattttcataagatattcataagctccttc 23331647  T
Q  620 acttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttgcctttgct 680  Q
    |||||| |  || ||||||  ||| ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||    
T  23331646 acttatctgttttatctctgccattgcatcattgaatgcattatcataactggcctttgct 23331586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 573 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 24506376 - 24506273
Alignment:
Q  573 ctccaatgcttggcaggaatatttttgagatactcatatgctccttcacttatatccttgatctctttcatggcatcattgaatgcattttcataggttg 672  Q
    ||||||||||| ||||||||   |||||| || ||||||||   || || ||| ||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| |||     
T  24506376 ctccaatgcttagcaggaatcaatttgaggtaatcatatgcaggttgacatatgtcctttatctctttcattgcatcatcaaatgcattttcataagtta 24506277  T
Q  673 cctt 676  Q
    ||||    
T  24506276 cctt 24506273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 417 - 544
Target Start/End: Complemental strand, 20067524 - 20067397
Alignment:
Q  417 ctgtttgcttcccatctctccatcaagtacactctgatgtcctcacacatggtcaccactggcttacctctagctatgataatagttgagttaaatgtct 516  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||   ||| |  ||||| || |||||||||||||  |    
T  20067524 ctgtttgcctcccatttttccatcaaatacactctaatgtcttcacacatcgtcaccactggttttgatcttggaatgatgatggttgagttaaatgctt 20067425  T
Q  517 ctgacatgttattcaccaaagtgtcaca 544  Q
    | ||||||||||| ||||| || |||||    
T  20067424 cggacatgttattaaccaatgtatcaca 20067397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University