View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5816-Insertion-1 (Length: 1045)

Name: NF5816-Insertion-1
Description: NF5816
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5816-Insertion-1
NF5816-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-1035)||(47127144-47128166)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (575-646)||(6262887-6262958)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 888; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 888; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1035
Target Start/End: Complemental strand, 47128166 - 47127144
Alignment:
Q  9 catccaagcaaagcacatagaaaatagtttagatgggcttacaatagatgaggtactaatagagatcaaaattcacttattcattgactaaaagttgtat 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47128166 catccaagcaaagcacatagaaaatagtttagatgggcttacaatagatgaggtactaatagagatcaaaattcacttattcattgactaaaagttgtat 47128067  T
Q  109 gaaaatgaagtcaaattcatgttgaatgttataaactctacatatatcgctaacaagaatcaaacttctttatgttgcaggctcttgaaagtgataagct 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47128066 gaaaatgaagtcaaattcatgttgaatgttataatca------atatcgctaacaagaatcaaacttctttatgttgcaggctcttgaaagtgataagct 47127973  T
Q  209 ctatatattagatcatcatgatgctttgatgccatacctaagtagaataaactctaccaacaccaagacttatgccactagaacactcctatttctacaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  47127972 ctatatattagatcatcatgatgctttgatgccatacctaagtagaataaactctaccaacaccaagacttatgccaccagaacactcctatttctacaa 47127873  T
Q  309 gatgatggcacattgaagccactggctattgaattaagcttacctcatccacaaggtgaacaacatggagctgtcagtaaagttttcactccatcacatg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47127872 gatgatggcacattgaagccactggctattgaattaagcttacctcatccacaaggtgaacaacatggagctgtcagtaaagttttcactccatcacatg 47127773  T
Q  409 aaggagtagcagccactgtatggcagttggctaaagcatatgctgctgtgaatgattcaggatatcatcaactagttagccattggtatgtcattcaaaa 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47127772 aaggagtagcagccactgtatggcagttggctaaagcatatgctgctgtgaatgattcaggatatcatcaactagttagccattggtatgtcattcaaaa 47127673  T
Q  509 aatcacaaagctcaataataccagtgtttgaaactttaataaactatgattcctgtgcaggctgtttactcatgcagtgattgaaccatttataatagct 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47127672 aatcacaaagctcaataataccagtgtttgaaactttaataaactatgattcctgtgcaggctgtttactcatgcagtgattgaaccatttataatagct 47127573  T
Q  609 acaaacagacaactgagtcttcttcatccaattcataagctcttgaagccacatttcaaggatacaatgcatataaatgccttagctaggcatacactta 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47127572 acaaacagacaactgagtcttcttcatccaattcataagctcttgaagccacatttcaaggatacaatgcatataaatgccttagctaggcatacactta 47127473  T
Q  709 tcaacgctggaggggtactagagaaaacagttttccctggtaaatttgcattggaaatgtcagctgttgtatataaaaattgggtattcagtgaacaagc 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  47127472 tcaacgctggaggggtactagagaaaacagttttccctggtaaatttgcattggaaatgtcagctgttgtatataaaaattgggtattcactgaacaagc 47127373  T
Q  809 actaccggctaatctgctcaagaggtaagttcaaaatccgaaacttctaacagtgcgaataggatttcctcatgtaggggggaaccatgaaagnnnnnnn 908  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||            
T  47127372 actacctgctaatctgctcaagaggtaagttcaaaatccgaaacttctaacagtgcgaataggatttcctcatgtagggggaaaccatgaaa---aaaaa 47127276  T
Q  909 nnnncgctcttattgatttagt-caatttatctaaacaaatggt-attatatttcatttg-aactttcagaggcatagcaggt-ctggatcaaatagccc 1004  Q
        |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||    
T  47127275 aaaacgctcttattgatttagtccaatttatctaaacaaatggtaattatatttcatttgaaactttcagaggcatagcagttcctgattcaaatagccc 47127176  T
Q  1005 tcat-gactaaaccttctgatagaagactacc 1035  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  47127175 tcatggactaaaacttctgatagaagactacc 47127144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 575 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 6262958 - 6262887
Alignment:
Q  575 tactcatgcagtgattgaaccatttataatagctacaaacagacaactgagtcttcttcatccaattcataa 646  Q
    ||||||||||||  ||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||| | |||||||| ||| ||||    
T  6262958 tactcatgcagttgttgaaccatttgttatagcaacaaacagacaacttagtgtgcttcatcctatttataa 6262887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University