View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5821-Insertion-4 (Length: 460)

Name: NF5821-Insertion-4
Description: NF5821
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5821-Insertion-4
NF5821-Insertion-4
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (7-450)||(10978892-10979335)
chr1 (7-437)||(10903008-10903440)
chr1 (7-434)||(10914171-10914600)
chr1 (11-450)||(11028710-11029145)
chr1 (118-448)||(10932539-10932870)
chr1 (7-428)||(11010490-11010901)
chr1 (7-389)||(11005121-11005503)
chr1 (20-311)||(10993818-10994109)
chr1 (11-284)||(11032915-11033188)
chr1 (11-266)||(11007480-11007735)
chr1 (108-321)||(10901350-10901563)
chr1 (9-122)||(10974142-10974255)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 436; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 436; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 10979335 - 10978892
Alignment:
7 caagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
10979335 caagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtaac 10979236  T
107 gattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10979235 gattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatg 10979136  T
207 gataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
10979135 gataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtttacaagatccaccagtagaggatgttggag 10979036  T
307 atgattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatc 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10979035 atgattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatc 10978936  T
407 atattgttggtaccaagcattaatataagtagcagtttttatct 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10978935 atattgttggtaccaagcattaatataagtagcagtttttatct 10978892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 7 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 10903440 - 10903008
Alignment:
7 caagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgac 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
10903440 caagtagaaggaagaacttgaatgcattggccgaacaatctagccaaatttatttccctttttggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtaac 10903341  T
107 gattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatg 206  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||    
10903340 tattgaaaatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgaccgtggctttgtggtgtatacaaacaaaacccgaggatcgtccttcaatg 10903241  T
207 gataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggag 306  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||  || |||||||    
10903240 gataaagttttggagatgcttgaaaaagaagatggggacttacaaattcctaataagccttacttttgtccacaagatccaccaacagcagacgttggag 10903141  T
307 atgattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatc 406  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
10903140 atgataataatagcaactcatggacttcctatggtacatcaattagtgatcccaagggaccaacctaatctctttttggttcttggctgaattacatatc 10903041  T
407 atattgttggta--ccaagcattaatataagta 437  Q
    |||||||| |||  |||||||||||||||||||    
10903040 atattgttcgtaccccaagcattaatataagta 10903008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 7 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 10914600 - 10914171
Alignment:
7 caagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgac 106  Q
    |||| ||||||| ||| ||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
10914600 caagcagaaggaagaatttgaatgcattggctgatcaatctagtgaaatttatttccctttttggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtaac 10914501  T
107 gattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatg 206  Q
     |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||    
10914500 tattgaaaatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtagctttgtggtgtatacaaacaaaaccagaggatcgtccttcaatg 10914401  T
207 gataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggag 306  Q
    || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||  ||  ||||||||||    
10914400 gaaaaagttttggagatgcttgaagaagaagatggagacttgcaaattcctaataagccttatttttgtccacaagatccaccaacagcagatgttggag 10914301  T
307 atgattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatat- 405  Q
    ||||| ||  ||| || ||||||| ||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |     
10914300 atgataattgtagcaattcatggacttcttatggtacatcagttagttatcccaagggaccaacctgatctctttctggttcttggttgaattacatttt 10914201  T
406 -catattgttggtaccaagcattaatataa 434  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||    
10914200 agatattattggtaccaagcattaatataa 10914171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 242; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 11 - 450
Target Start/End: Original strand, 11028710 - 11029145
Alignment:
11 tagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtga--cga 108  Q
    |||||||| ||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    | |    
11028710 tagaaggaagaattagaatgcattggctgaacaatctagccaaatttatttccctttctggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtatatcta 11028809  T
109 ttgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatgga 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||    
11028810 ttgaaaatgacacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgactgcggctttgtggtgtatacaaacaaaaccagaggatcgtccttcaatgga 11028909  T
209 taaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggagat 308  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||      
11028910 taaagttttggagatgcttgaagaagaagatggagacttgcaaattcctaataagccttacttttgtccgcaagatccactagtagaggatgttggagtc 11029009  T
309 gattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatcat 408  Q
    ||| ||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||       ||  || | ||  |||||| ||||||||||||    
11029010 gataatagtagcaactcatggacttcctatggtacatcagttagcgatcccaagtgaccaa-------tcagttagctttgtggttgtattacatatcat 11029102  T
409 attgttggtaccaagcattaatataagta-gcagtttttatct 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
11029103 attgttggtaccaagcattaatataagtatgcagtttttatct 11029145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 240; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 118 - 448
Target Start/End: Complemental strand, 10932870 - 10932539
Alignment:
118 acacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggataaagtgtt 217  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||    
10932870 acacagatcaggaaatgaaattggcaaagaaaatgatgatcgtggctttgtggtgtatacaaacaaatcccgaggatcgtccttcaatggaaaaagtttt 10932771  T
218 -ggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggagatgattataa 316  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||     
10932770 aggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtccacaagatccaccagtagaggatgttggagataatagtag 10932671  T
317 tagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatcatattgttgg 416  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
10932670 tagcaactcatggacttcctatggtacatcagttagtgatcccaagggaccaacctaatctctttttggttcttggttgaagtacatttaatattgttgg 10932571  T
417 taccaagcattaatataagtagcagtttttat 448  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
10932570 taccaagcattaatataagtagcagtttttat 10932539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 218; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 7 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 11010901 - 11010490
Alignment:
7 caagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgac 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| ||||||||||| ||||| ||    
11010901 caagtagaaggaagaacttgaatgcattggctgagcaatccagccaaatttattttcctttttggatttatgataaatttcatgatggaagtgaagtaac 11010802  T
107 gattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatg 206  Q
     ||||| || ||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||    
11010801 aattgagaacgacacagatcaggaaatgaagctagcaaagaaaatgatgattgtggcgttatggtgtatacagacaaaacctgatgatcgtccttcaatg 11010702  T
207 gataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggag 306  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||||||         
11010701 gataaagttttggagatgcttgaagaagaagatggagacttgcagattcctaataagccttacttttgtccacaagattcaccaatagcggatgt----- 11010607  T
307 atgattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttcttggttgaattacatatc 406  Q
        ||| | ||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||||||||||||    
11010606 ----ttacagtagcaactcatggacttccgatggtacatcagttagtggttccaagggaccaaactgatctc-ttttggttctcgtttgaattacatatc 11010512  T
407 atattgttggtaccaagcatta 428  Q
    |||||||||  |||||||||||    
11010511 atattgttgtcaccaagcatta 11010490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 7 - 389
Target Start/End: Original strand, 11005121 - 11005503
Alignment:
7 caagtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgac 106  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||  |||||||||||||| ||||| ||    
11005121 caagtagaaggaagaacttgaatccattggctgagcaatcttgccaaatttatttccctttttggatttatggtcagttacatgatggaagtgaagtaac 11005220  T
107 gattgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatg 206  Q
     ||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||    
11005221 aattgagaatgacacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttatggtgtatacagacaaaaccaggtgatcgtccttcaatg 11005320  T
207 gataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggag 306  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||| |||||  |||||| || |||    
11005321 gataaagtgattgagatgcttgaagaagaagatggggatttgcaaatgcctaataagccttacctttatccacaagatctaccagctgaggattttagag 11005420  T
307 atgattataatagaaactcatggagttcgtatggtacatcagttagtgattccaagggaccaacctgatctctttttggttct 389  Q
    ||| | ||| |||||  || |||  ||| | || ||||||| | | ||||| || || |||||||||||||| | ||||||||    
11005421 atggtaatactagaagttcttggtcttcctctgatacatcaataaatgatttcatggaaccaacctgatctcgtgttggttct 11005503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 20 - 311
Target Start/End: Original strand, 10993818 - 10994109
Alignment:
20 gaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgacgattgaaaatgac 119  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||    
10993818 gaacttgaatgcattagctgagcaatctagccaaatttattttcctttttggatttatgatcagttacatgatggaagtgaagtaacaattgagaatgac 10993917  T
120 acagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggataaagtgttgg 219  Q
    |||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||    || ||||||||||||||||||||| | |    
10993918 acagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaatgatgattgtggcattatggtgtattcagacaaaacctagtgatcgtccttcaatggataaagtgattg 10994017  T
220 agatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggagatgat 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||| || |||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||    
10994018 agatgcttgaagaagaagatggggatttgcaaatgcctaataagccttacctttatccacaagatataccagcagacgatgttagagatgat 10994109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 11 - 284
Target Start/End: Complemental strand, 11033188 - 11032915
Alignment:
11 tagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgacgatt 110  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | |||||||  ||||| |||||||||||| |||| |||    
11033188 tagaaggaagaacttgaatgcattggctgatcaatcaagccagatttatttccctttttgggtttatgatcagttacaagatggaagggaaatgacaatt 11033089  T
111 gaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggata 210  Q
       ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||    || |||||| |||||||||    
11033088 ctgaatgatacaaatcatgaaatgaaattggcaaagaaaatgatgatagtggctttgtggtgtattcaggcgaaacctagtgatcgtcctccaatggata 11032989  T
211 aagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagat 284  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||||||||| ||| || | ||||||||    
11032988 aagtgttggagatgcttgaagaagaagatgaagatttgcaaatgcctaataagcctgactattatgtacaagat 11032915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 11 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11007735 - 11007480
Alignment:
11 tagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgacgatt 110  Q
    |||||||| ||||||| ||| | ||||||  |||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||  ||||| |||||||| ||| | || |||    
11007735 tagaaggaagaacttggatgtattggctggtcaatctagccaggtttatttccctttttgggtttatgatcagttacaagatggaagagaaataacaatt 11007636  T
111 gaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatggata 210  Q
    || ||||  ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||  | |||||    || |||||| |||||||||    
11007635 gagaatgctacaaatcatgagatgaaattggcaaagaaaatgatgatagtggctttgtggtgtattcaagcgaaacctagtgatcgtcctccaatggata 11007536  T
211 aagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagcct 266  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||||| |||||    
11007535 aagtgttggagatgcttgaagaagaagatgaagatttgcaaatgcctaatcagcct 11007480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 108 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 10901563 - 10901350
Alignment:
108 attgaaaatgacacagatcaggaaataaaattggcaaagaaaatgatgattgtggctttgtggtgtatacagacaaaacccgacgaccgtccttcaatgg 207  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||  |||||||||||    || |||||||||||||    
10901563 attgagaatgacacagatgaagaaatgaaattggcaaagaaaacgatgattgtggcattatggtgtactcagacaaaacctagtgatcgtccttcaatgg 10901464  T
208 ataaagtgttggagatgcttgaagaagaagatggggacttgcaaattcctaataagccttacttttgtctacaagatccaccagtagaggatgttggaga 307  Q
    |||||||| | |||||||||| | ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||||| |||||  |||||| || ||||    
10901463 ataaagtgattgagatgcttgcataagaagatggggatttgcaaatgcctaagaagccttacctttatccacaagatctaccagctgaggatttttgaga 10901364  T
308 tgattataatagaa 321  Q
    |||| ||| |||||    
10901363 tgataatactagaa 10901350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 9e-34
Query Start/End: Original strand, 9 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 10974255 - 10974142
Alignment:
9 agtagaaggaggaacttgaatgcaatggctgagcaatctagccaaatttatttccctttttggatatatgatcgattacatgatggaagggaagtgacga 108  Q
    |||||||||| ||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | |    
10974255 agtagaaggaagaatttgaatgcattggccgatcaatctagccaaatttatttccctttctggatttatgatcgattacatgatggaagggaagtatcta 10974156  T
109 ttgaaaatgacaca 122  Q
    ||||||||||||||    
10974155 ttgaaaatgacaca 10974142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University