View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5822-Insertion-1 (Length: 1074)

Name: NF5822-Insertion-1
Description: NF5822
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5822-Insertion-1
NF5822-Insertion-1
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (9-913)||(2832538-2833448)
chr8 (391-829)||(2840324-2840762)
chr8 (391-829)||(2845011-2845449)
chr8 (414-654)||(2790541-2790778)
chr8 (194-380)||(2790875-2791060)
chr8 (96-144)||(2487968-2488016)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (391-712)||(405652-405962)
chr3 (391-712)||(420116-420426)
chr3 (248-386)||(405436-405574)
chr3 (248-386)||(420504-420642)
chr3 (36-76)||(237397-237437)
chr3 (38-76)||(30322050-30322088)
chr3 (96-133)||(11492525-11492562)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (391-712)||(24182147-24182457)
chr6 (248-386)||(24181931-24182069)
chr6 (99-172)||(27857423-27857496)
chr6 (32-71)||(2117399-2117438)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (391-712)||(24359843-24360151)
chr1 (248-386)||(24360229-24360367)
chr1 (95-173)||(4757399-4757477)
chr1 (99-145)||(38578593-38578639)
chr1 (97-154)||(29929571-29929628)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (17-54)||(43299454-43299491)
chr2 (96-135)||(579417-579456)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (97-174)||(11700513-11700590)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (104-171)||(18628486-18628553)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 773; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 2833448 - 2832538
Alignment:
Q  9 atttcaataactgtttttgtataaatctataagttgttttcataagttaccctaaagagcttacggaataaggtgaaagagctcataaacatgtgataag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2833448 atttcaataactgtttttgtataaatctataagttgttttcataagttaccctaaagagcttacggaataaggtgaaagagctcataaacatgtgataag 2833349  T
Q  109 ttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtcagtggataagctctaataagcgaatttatgg-------------ttgctgacatt 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||    
T  2833348 ttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtcagtggataagctctaataagcgaatttatggaggcctttaatggttgctgacatt 2833249  T
Q  196 tttactattataaatatactttggtgtgctgtttattatgttgactctatgttagatcagttatatcagttagtagttagttgctagcaatctgttacag 295  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||    
T  2833248 tttactattataaatatactttggtgtgctgtttattatgttgactctatgttagatcagtta---------gtagttagttgctagcaatctgttacag 2833158  T
Q  296 ttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttctccttttgatcttttaaataagacgtgtttcactcaatattcaataactccgtcgataagga 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2833157 ttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttctccttttgatcttgtaaataagacgtgtttcactcaatattcaataactccgtcgataagga 2833058  T
Q  396 catgtgagttatactagcttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgtcattg 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2833057 catgtgagttatactagcttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgtcattg 2832958  T
Q  496 tggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttgattcg 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2832957 tggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatttggaagtccatacataatccatcccaatagttttgattcg 2832858  T
Q  596 gggagtttgtaaatcagttgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgatacttagggat 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2832857 gggagtttgtaaatcagttgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtcgcgcttgatacttagggat 2832758  T
Q  696 cttgagaaagccaaggcactgtttggtgaacaagatgaagaaaaactgcaggtatatcacaacatctacactttagttagcagacaaagtgaaaaatcta 795  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2832757 cttgagaaagccaaggcactgtttggtgaacaagatgaagaaaaactgcaggtatatcacgacatctacactttagttagcagacaaagtgaaaaatcta 2832658  T
Q  796 ggacttgatcggtttagggaaaaaatttatgtttctgtttcg-nnnnnnncacctataaatacaaaaatcagatgacagtttttgtgattc--agtatga 892  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  2832657 ggacttgatcggtttagggaaaaaatttatgtttctgtttcgttttttttcacctataaatacaaaaatcagatgacag-ttttgtgattccaagtatga 2832559  T
Q  893 acattaacaaaaacgccctta 913  Q
    ||||||||||||| |||||||    
T  2832558 acattaacaaaaatgccctta 2832538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 391 - 829
Target Start/End: Original strand, 2840324 - 2840762
Alignment:
Q  391 aaggacatgtgagttatactagct--tatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatatt 488  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  2840324 aaggacatgtgaattatactagctattatgtgacatagagtcaacctaatattgttgatgaatagtattaacaacctt---gttggtaatatgtcaaatt 2840420  T
Q  489 gtcattgtggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttt 588  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2840421 gtcattgtggaataaggaattcctttgtaaagttattttatgcattcagaaaacaactgtaaaa-tgtagaagtgcatacataatccatgccaatagttt 2840519  T
Q  589 tgattcggggagtttgtaaatcagttgacttaacttgata---ttcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgat 685  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||    
T  2840520 tgatttggggagtttgtaaattaattgacttgacttaataatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagtgcaatattaagtcgcatttgat 2840619  T
Q  686 acttagggatcttgagaaagccaaggcactgtttggtgaacaagatgaagaaaaactgcaggtatatcacaacatctacactttagttagcagacaaagt 785  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2840620 acttagggatctcgagaaagccaaggcactgtttgatgaacaagatgaagagaaactgcaggtatatcatgacatctactctttagttagcagacaaagt 2840719  T
Q  786 gaaaaatctaggacttgatcggtttagggaaaaaatttatgttt 829  Q
    | ||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  2840720 g-aaaatctcggagttgttcggtttaaggaaaaaaattctgttt 2840762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 391 - 829
Target Start/End: Original strand, 2845011 - 2845449
Alignment:
Q  391 aaggacatgtgagttatactagct--tatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatatt 488  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||| |||    
T  2845011 aaggacatgtgaattatactagctattatgtgacatagagtcaacctaatattgttgatgaatagtattaacaacctt---gttggtaatatgtcaaatt 2845107  T
Q  489 gtcattgtggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttt 588  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2845108 gtcattgtggaataaggaattcctttgtaaagttattttatgcattcagaaaacaactgtaaaa-tgtagaagtgcatacataatccatgccaatagttt 2845206  T
Q  589 tgattcggggagtttgtaaatcagttgacttaacttgata---ttcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgat 685  Q
    ||||| ||||||||||||||| | ||||||| |||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||    
T  2845207 tgatttggggagtttgtaaattaattgacttgacttaataatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagtgcaatattaagtcgcatttgat 2845306  T
Q  686 acttagggatcttgagaaagccaaggcactgtttggtgaacaagatgaagaaaaactgcaggtatatcacaacatctacactttagttagcagacaaagt 785  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2845307 acttagggatctcgagaaagccaaggcactgtttgatgaacaagatgaagagaaactgcaggtatatcatgacatctactctttagttagcagacaaagt 2845406  T
Q  786 gaaaaatctaggacttgatcggtttagggaaaaaatttatgttt 829  Q
    | ||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  2845407 g-aaaatctcggagttgttcggtttaaggaaaaaaattctgttt 2845449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 7e-89
Query Start/End: Original strand, 414 - 654
Target Start/End: Complemental strand, 2790778 - 2790541
Alignment:
Q  414 ttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgtcattgtggaatgaggaattcctt 513  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||     
T  2790778 ttatgtgacatagagtcaacctaatattgttgatgaatagtattaacaacctt---gttggtaatatgtcatattgtcagtatggaataaggaattcctc 2790682  T
Q  514 tgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttgattcggggagtttgtaaatcagt 613  Q
    ||  ||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  2790681 tgcaatgttattttacgcattcagaaaacaatcgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttgattcgtggagtttgtaaatcaat 2790582  T
Q  614 tgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcac 654  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2790581 tgacttgacttgatattcagggcagctagttgtagcatcac 2790541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 194 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 2791060 - 2790875
Alignment:
Q  194 tttttactattataaatatactttggtgtgctgtttattatgttgactctatgttagatcagttatatcagttagtagttagttgctagcaatctgttac 293  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2791060 tttttactattataaaaatactttggtggg-tgtttattatgttgtctttatgttaggtcagttatatcagttagtagttagttgctggcaatctgttac 2790962  T
Q  294 agttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttc-tccttttgatcttttaaataagacgtgtttcactcaatattcaataa 380  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||  | |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2790961 agttggttagatttctgtttcagttt-tttgttttagttcaactttttgatcttgtaaataagacgtgtttcactcattattcaataa 2790875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 96 - 144
Target Start/End: Complemental strand, 2488016 - 2487968
Alignment:
Q  96 aacatgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagt 144  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||    
T  2488016 aacatgttataagttgttttcataagttctcccaaacagtctcacaagt 2487968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 177; Significance: 7e-95; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 391 - 712
Target Start/End: Original strand, 405652 - 405962
Alignment:
Q  391 aaggacatgtgagttatactagcttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgt 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||         
T  405652 aaggacatgtgagttatactagcttatgtgacatagagtcaaccta-tattgttgatgaatagtattaacaaccttgttgttggtaatatgtaat----- 405745  T
Q  491 cattgtggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttg 590  Q
       |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  405746 ---tgtggaataaggaattcctttgcaatgttattttacgcattcagaaaacaaccgtaaaa-tgtagaagtgcatat-taatccatgccaatagttttg 405840  T
Q  591 attcggggagtttgtaaatcagttgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgatactta 690  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  405841 attcggggagtttgtaaattaattgacttgacttaatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagttgtgcttgatactta 405940  T
Q  691 gggatcttgagaaagccaaggc 712  Q
    |||||||  |||||| ||||||    
T  405941 gggatctcaagaaagtcaaggc 405962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 177; E-Value: 7e-95
Query Start/End: Original strand, 391 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 420426 - 420116
Alignment:
Q  391 aaggacatgtgagttatactagcttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgt 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||         
T  420426 aaggacatgtgagttatactagcttatgtgacatagagtcaaccta-tattgttgatgaatagtattaacaaccttgttgttggtaatatgtaat----- 420333  T
Q  491 cattgtggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttg 590  Q
       |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  420332 ---tgtggaataaggaattcctttgcaatgttattttacgcattcagaaaacaaccgtaaaa-tgtagaagtgcatat-taatccatgccaatagttttg 420238  T
Q  591 attcggggagtttgtaaatcagttgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgatactta 690  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  420237 attcggggagtttgtaaattaattgacttgacttaatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagttgtgcttgatactta 420138  T
Q  691 gggatcttgagaaagccaaggc 712  Q
    |||||||  |||||| ||||||    
T  420137 gggatctcaagaaagtcaaggc 420116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 248 - 386
Target Start/End: Original strand, 405436 - 405574
Alignment:
Q  248 tagatcagttatatcagttagtagttagttgctagcaatctgttacagttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttc-tccttttgatctt 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||  | |||| |||||    
T  405436 tagatcagttata-cagttagtagttactggctagcaatctgtcacagttggttagatttctgttacggtttgtttgttttggttcaacttttttatctt 405534  T
Q  347 ttaaataagacgtgtttcactcaatattcaataactccgt 386  Q
     |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  405535 gtaaataagacatgtttgactcaatattcaataattccgt 405574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 248 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 420642 - 420504
Alignment:
Q  248 tagatcagttatatcagttagtagttagttgctagcaatctgttacagttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttc-tccttttgatctt 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||  | |||| |||||    
T  420642 tagatcagttata-cagttagtagttactggctagcaatctgtcacagttggttagatttctgttacggtttgtttgttttggttcaacttttttatctt 420544  T
Q  347 ttaaataagacgtgtttcactcaatattcaataactccgt 386  Q
     |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  420543 gtaaataagacatgtttgactcaatattcaataattccgt 420504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 36 - 76
Target Start/End: Original strand, 237397 - 237437
Alignment:
Q  36 tataagttgttttcataagttaccctaaagagcttacggaa 76  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  237397 tataagttgttttcataagttatcctatagagcttacggaa 237437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 38 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 30322088 - 30322050
Alignment:
Q  38 taagttgttttcataagttaccctaaagagcttacggaa 76  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  30322088 taagttgttttcataagttatcctaaagagcttatggaa 30322050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 96 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 11492562 - 11492525
Alignment:
Q  96 aacatgtgataagttgttttcataagttatgccaaaca 133  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11492562 aacatgtcataagttgttttcataaattatgccaaaca 11492525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 391 - 712
Target Start/End: Original strand, 24182147 - 24182457
Alignment:
Q  391 aaggacatgtgagttatactagcttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgt 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||         
T  24182147 aaggacatgtgagttatactagcttatgtgacatagagtcaaccta-tattgttgatgaatagtattaacaaccttgttgttgctaatatgtaat----- 24182240  T
Q  491 cattgtggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttg 590  Q
       |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||    
T  24182241 ---tgtggaataaggaattcctttgcaatgttattttacgcattcagaaaacaaccgtaaaa-tgtagaagtgcatat-taatccatgccaatagttttg 24182335  T
Q  591 attcggggagtttgtaaatcagttgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgatactta 690  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||    
T  24182336 attcggggagtttgtaaattaattgacttgacttaatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagttgtgcttgatactta 24182435  T
Q  691 gggatcttgagaaagccaaggc 712  Q
    |||||||  |||||| ||||||    
T  24182436 gggatctcaagaaagtcaaggc 24182457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 8e-30
Query Start/End: Original strand, 248 - 386
Target Start/End: Original strand, 24181931 - 24182069
Alignment:
Q  248 tagatcagttatatcagttagtagttagttgctagcaatctgttacagttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttc-tccttttgatctt 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||| |||| ||||  | ||||||||||    
T  24181931 tagatcagttata-cagttagtagttactggctagcaatctgtcacagttggttagatttctgttacggtttgtttgttttggttcaactttttgatctt 24182029  T
Q  347 ttaaataagacgtgtttcactcaatattcaataactccgt 386  Q
     |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24182030 gtaaataagacatgtttgactcaatattcaataattccgt 24182069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 99 - 172
Target Start/End: Original strand, 27857423 - 27857496
Alignment:
Q  99 atgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtcagtggataagctctaataa 172  Q
    |||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||| ||| |||||    
T  27857423 atgtcataagttgttttcataagctctcccaaacagtttcacaagtgtctatgtcagtagataaactcaaataa 27857496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 32 - 71
Target Start/End: Original strand, 2117399 - 2117438
Alignment:
Q  32 aatctataagttgttttcataagttaccctaaagagctta 71  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||    
T  2117399 aatctataagttgttttcataagttatcctagagagctta 2117438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 158; Significance: 2e-83; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 158; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 391 - 712
Target Start/End: Complemental strand, 24360151 - 24359843
Alignment:
Q  391 aaggacatgtgagttatactagcttatgcgacatagagtcaacctaatattgttgataaatagtattaacaaccttcttgttggtaatatgtcatattgt 490  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||         
T  24360151 aaggacatgtgagttatactagcttatgtgaca--gagtcaaccta-tattgttgatgaatagtattaacaaccttgttgttgataatatgtaat----- 24360060  T
Q  491 cattgtggaatgaggaattcctttgtgatgttattttatgtattcagaaaacaactgtaaaaatgtggaagtgcatacataatccatcccaatagttttg 590  Q
       |||||||| |||||||||||||  ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||  |||||||| |||||| |||||    
T  24360059 ---tgtggaataaggaattcctttgcaatgttattttacgcattcagaaaacaaccgtaaaa-tgtagaagtgcatat-taatccatgccaataattttg 24359965  T
Q  591 attcggggagtttgtaaatcagttgacttaacttgatattcagggcagctagttgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtctcgcttgatactta 690  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  24359964 attcggggagtttgtaaattaattgacttgacttaatattcagggcagctaattgtagcatcactgcttcagcggaatattaagtcgtgcttgatactta 24359865  T
Q  691 gggatcttgagaaagccaaggc 712  Q
    |||||||  |||||| ||||||    
T  24359864 gggatctcaagaaagacaaggc 24359843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 248 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 24360367 - 24360229
Alignment:
Q  248 tagatcagttatatcagttagtagttagttgctagcaatctgttacagttggttagaattctgtttcagtttgtttattttagttc-tccttttgatctt 346  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||| ||||  | ||||||||||    
T  24360367 tagatcagttata-cagttagtagttagtggctagcaatctgtcacagttggttagttttctgtttcggtttgtttgttttggttcaactttttgatctt 24360269  T
Q  347 ttaaataagacgtgtttcactcaatattcaataactccgt 386  Q
     |||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  24360268 gtaaataagacatgtttgactcaatattcaataattccgt 24360229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 173
Target Start/End: Original strand, 4757399 - 4757477
Alignment:
Q  95 aaacatgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtcagtggataagctctaataag 173  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  || |||||||| | | ||||| | ||||||||| ||||||    
T  4757399 aaacatgtcataagttgttttcataagttctgccaaatggtctcacaagtgtttatgtcaatagataagctcaaataag 4757477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 145
Target Start/End: Original strand, 38578593 - 38578639
Alignment:
Q  99 atgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagta 145  Q
    |||| |||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||    
T  38578593 atgttataagttgttttcataagttagtccaaacagtctcacaagta 38578639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 154
Target Start/End: Complemental strand, 29929628 - 29929571
Alignment:
Q  97 acatgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtca 154  Q
    |||||| || ||||||||||||||| | | | |||||||||||||||||||| |||||    
T  29929628 acatgtcatgagttgttttcataagctctccaaaacagtatcacaagtatctatgtca 29929571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000006; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 17 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 43299491 - 43299454
Alignment:
Q  17 aactgtttttgtataaatctataagttgttttcataag 54  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43299491 aactgtttttgtataaatctataagttgttttcataag 43299454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 96 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 579456 - 579417
Alignment:
Q  96 aacatgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagt 135  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  579456 aacatgtgagaagttgttttcataagttattccaaacagt 579417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 97 - 174
Target Start/End: Original strand, 11700513 - 11700590
Alignment:
Q  97 acatgtgataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtcagtggataagctctaataagc 174  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |  |||| ||| ||||||| ||   ||||||||||||| |||||||||||    
T  11700513 acatgtgataagttgttttcataatttttcacaaatagtttcacaagcattaatgtcagtggataaactctaataagc 11700590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 104 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 18628553 - 18628486
Alignment:
Q  104 ataagttgttttcataagttatgccaaacagtatcacaagtatctgtgtcagtggataagctctaata 171  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||| | | ||||||| ||||||||| ||||    
T  18628553 ataagttgttttcataagctctcccaaacagtctcacaagtgtttatgtcagtagataagctcaaata 18628486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University