View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5822-Insertion-2 (Length: 1053)

Name: NF5822-Insertion-2
Description: NF5822
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5822-Insertion-2
NF5822-Insertion-2
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (8-939)||(47581319-47582254)
chr1 (23-618)||(47571946-47572541)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 839; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 839; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 939
Target Start/End: Complemental strand, 47582254 - 47581319
Alignment:
Q  8 aggcaccaagcaccgccatatactttttggttttctgtgaggttcactgacttgacagcaaattttgcagaagcatttccagtctcccttctcaaatcgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47582254 aggcaccaagcaccgccatatactttttggttttctgtgaggttcactgacttgacagcaaattttgcagaagcatttccagtctcccttctcaaatcgt 47582155  T
Q  108 ttaacatatcccaaagaatgttgttgaagcgcccaacgtcacccacataatccttttcgttcatgaaattgatttctggacttttctccacagtggtaaa 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47582154 ttaacatatcccaaagaatgttgttgaagcgcccaacgtcacccacataatccttttcgttcatgaaattgatttctggacttttctccacagtggtaaa 47582055  T
Q  208 gaagcgacgatcagaacagtgcacatagcatgcgctgtaccaaaccaaggcttcttttgctgtggtgcacagtgatgatatgagtttggctgcttctatc 307  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47582054 gaagcgacgatcagaatagtgcacatagcatgcgctgtaccaaaccaaggcttcttttgctgtggtgcacagtgaagatatgagtttggctgcttctatc 47581955  T
Q  308 acacacaaccggcagatttttgggtcaatgtctcttacacagaggaagagaccgtagacagtgtccagagtgttatcacttgcaactgtggcgttgtagt 407  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47581954 acacacaaccggcagattttggggtcaatgtctcttacacagaggaagagaccgtagacagtgtccagagtgttatcacttgcaactgtggcgttgtagt 47581855  T
Q  408 atctggcattgttactactattggatgagagccaatctaggagtgttttgatgttggaacggtaagagttattggtattagaagtgttgttccgtgtgca 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47581854 atctggcattgttactactattggatgagagccaatctaggagtgttttgatgttggaacggtaagagttattggtattagaagtgttgttccgtgtgca 47581755  T
Q  508 gttatagaaagcatgtgtgccattatcaatagcagcttgtatgatgggagaaggagagcaattaacaaagagggaaaagaaagttgcaagtaaaaacagc 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47581754 gttatagaaagcatgtgtgccattatcaatagcagcttgtatgatgggagaaggagagcaatgaacaaagagggaaaagaaagttgcaagtaaaaacagc 47581655  T
Q  608 aaatggaaggaagccattcttcacaaggggggctaggaactcataatatgatatgacaagcatagtgagttagtgacgttggtagtcgttgatatatatg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47581654 aaatggaaggaagccattcttcacaaggggggctaggaactcataatatgatatgacaagcatagtgagttagtgacgttggtagtcgttgatatatatg 47581555  T
Q  708 ttttcttttgtgaactttaaagatttagtttaatgatcctatgacaaagatttggttaaatgataattaatgtaatagttatgattatatagcccaaccc 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47581554 ttttcttttgtgaactttaaagatttagtttaatgatcctatgacaaagatttggttaaataataattaatgtaatagttatgattatatagcccaaccc 47581455  T
Q  808 actaagt-atttattcatttcatttcccctgattcagtctttatcgcaaacttttatattctataacatgttgctatct-cactca--tattttatactc 903  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||   |||||||||||    
T  47581454 actaagtaatttattcatttca-ttcccttgattcagtctttatcgaaaacttttatattcta-cacatgttgctatctccactcaataattttatactc 47581357  T
Q  904 tgcaccaca-tccaaaagctttgtg-aaacatcatgta 939  Q
    ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||    
T  47581356 tgcaccacattcaaaaagctttgtgaaaacatcatgta 47581319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 23 - 618
Target Start/End: Complemental strand, 47572541 - 47571946
Alignment:
Q  23 ccatatactttttggttttctgtgaggttcactgacttgacagcaaattttgcagaagcatttccagtctcccttctcaaatcgtttaacatatcccaaa 122  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||  |||||||||||  |||| |||||| ||||||||||| | | |||  ||||||||||||| ||||||||||| |    
T  47572541 ccatatagtttttggttgtctgtgatattcactgacttatcagccaattttccagaagcatttgctgcctcgtttctcaaatcgttcaacatatcccaga 47572442  T
Q  123 gaatgttgttgaagcgcccaacgtcacccacataatccttttcgttcatgaaattgatttctggacttttctccacagtggtaaagaagcgacgatcaga 222  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||| |||  | ||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||    
T  47572441 gaatgttgttgaagcgtccaacttcacccacataatctttttcgctcatgtaataaagttctggacttttctccacaatggaaaagattcgacgatcaga 47572342  T
Q  223 acagtgcacatagcatgcgctgtaccaaaccaaggcttcttttgctgtggtgcacagtgatgatatgagtttggctgcttctatcacacacaaccggcag 322  Q
    | || ||||| |||| ||  ||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||| | |||    
T  47572341 atagcgcacaaagcacgctgtgtgccaaactatggcttcttttgctgtggtgcacagtgatgatatgagtttggtttcttctttcacacacaactgacag 47572242  T
Q  323 atttttgggtcaatgtctcttacacagaggaagagaccgtagacagtgtccagagtgttatcacttgcaactgtggcgttgtagtatctggcattgttac 422  Q
    | ||| |||||||||||||| |  || |||||||||||||| || | ||||| | |||| |  || | |||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  47572241 agtttggggtcaatgtctctaatgcaaaggaagagaccgtaaactgcgtccatattgttttggctagaaactttggcattgtagtatctggcattgttac 47572142  T
Q  423 tactattggatgagagccaatctaggagtgttttgatgttggaacggtaagagttattggtattagaagtgttgttccgtgtgcagttatagaaagcatg 522  Q
    | |||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||  | |  || |  ||||||  |||||| ||||||||||||| ||| |||    
T  47572141 tgctattggaggagagccagtctaggagtgttttgacgttggaacggtaagcataaccggaagcagaagtaatgttccttgtgcagttatagtaaggatg 47572042  T
Q  523 tgtgccattatcaatagcagcttgtatgatgggagaaggagagcaattaacaaagagggaaaagaaagttgcaagtaaaaacagcaaatggaagga 618  Q
    |||  ||| || |  || |||||||||||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||| ||||  ||  ||||||||||||||    
T  47572041 tgttgcatcattagcaggagcttgtatgatgggagaaggaaagcagtgaaaaaagagggaaaagaaagttggaagtgtaagtagcaaatggaagga 47571946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University