View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5823-Insertion-3 (Length: 818)

Name: NF5823-Insertion-3
Description: NF5823
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5823-Insertion-3
NF5823-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-795)||(41821186-41821992)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 795
Target Start/End: Original strand, 41821186 - 41821992
Alignment:
Q  9 cttgcttcaatgcaatccttgattttttttggggtaccctctatgannnnnnnnnnnggatggctagtggttcacttatgcccaaaaatagctccgaaac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41821186 cttgcttcaatgcaatccttgatttttttaggg-taccctctatgatttttttt---ggatggctagtggttcacttatgcccagaaatagctccgaaac 41821281  T
Q  109 tagctttggttgacctttgaatggtctgattaggcagttcacaacccacctagataattgcctcgtttagtataatactataagccaattgcagaattga 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |    
T  41821282 tagctttggttgacctttgaatggtctgattaggcagttcacaacccacctagataattgcctcgtttagtataata---taagccaattgcagaattta 41821378  T
Q  209 tattaaaaagcttagtctattttctttttgaataattatggattgacaaccttttt-cctcatatcactcatatatcattctatgtggcannnnnnnnnn 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||              
T  41821379 tattaaaaagcttagtctattttctttttggataattatgggttgacaaccttttttcctcacgtcactcatatatcattctatgtggcattttttattt 41821478  T
Q  308 nnnacttctcttcccttttatcctctctccacatgagggtgcagaatagagagtttgccatataaagtgatcaatgtatcgttactctttctttttcatg 407  Q
       |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821479 tttacttctcttcccttttatcctctctccacatgggggtgcagaatggagagtgtgccatatagggtgatcaatgtatcgttactctttctttttcatg 41821578  T
Q  408 taagtgacgacttttgaagaataagcttctcttttctaaaaaatagtagataataaataagttctatttttgatgggatatagtgaataagttaaatgat 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41821579 taagtgacgacttttgaagaataagcttctcttttctaaaaaatagtagataatgaataagttatatttttgatgggatatagtgaataagttaaatgat 41821678  T
Q  508 ataaattggataaattaatagcatataagacaaggtaatttatagtcgatagcgaataaactaacaaataattgatagcaaatagacatattataagatt 607  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41821679 ataaattggatgaattaatagcagataagacaaggtaatttatagtcgatagcgaataaactaacaaataattgatagcaaatagacagattataagatt 41821778  T
Q  608 ggttagatagttgaatgaagagcttcat------agtgatgagaaggttgacccacatcctggtggtttta-ggggcggtggc----------tacctta 690  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||          |||||||    
T  41821779 ggttagatagttgaatgaagaggttcataagttgagtgattagaaggttgacccacatcctggtggttttagggggcggtggctggaaatggttacctta 41821878  T
Q  691 aggtgaagaaaggtt------------tgaaggaacaatgannnnnnnnnngaaggaacaatgatatcaccaatgtttctcaccgcattcaaacataata 778  Q
    |||||||||||||||            ||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41821879 aggtgaagaaaggtttgaagaaattggtgaaggaacaatgatttttttt---aaggaacaatgatatcaccaatgtttctcaccacattcaaacataata 41821975  T
Q  779 ttaacaacaccgatata 795  Q
    |||||||||||||||||    
T  41821976 ttaacaacaccgatata 41821992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University