View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5823-Insertion-5 (Length: 681)

Name: NF5823-Insertion-5
Description: NF5823
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5823-Insertion-5
NF5823-Insertion-5
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-681)||(52330773-52331445)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 607; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 607; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 681
Target Start/End: Original strand, 52330773 - 52331445
Alignment:
Q  9 gtacccacatctagcaaaaagtaatttgtaatgggaaccacagaatgtcacnnnnnnngtacttgnnnnnnnggacaggcaagacatggaaagaacagaa 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||       ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52330773 gtacccacatctagcaaaaagtaatttgtaatgggaaccacagaatgtcactttttttgtacttgaaaaaaaggacaggcaagacatggaaagaacagaa 52330872  T
Q  109 acatgtacgtgtggtagtcgtggactacattattacctagcctttcattaaggccaataagctggatacgatttaagtatctctcaagcgttggttgtgt 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52330873 acatgtacgtgtggtagtcgtggactacattgttacctagcctttcattaaggccaataagctggatacgatttaagtatctctcaagcgttggttgtgt 52330972  T
Q  209 gtggttctctttccttatcccaaccccaaacctctttaaactcttctatatataaataaaattcattatcctcttcacaaacctcttaatcccttatttt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52330973 gtggttctctttccttatcccaaccccaaacctctttaaactcttctatatataaataacatgcattatcctcttcacaaacctcttaatcccttatttt 52331072  T
Q  309 gtgtaacacacaatcatgtctgatctagtaaatggcttgcaagacaaccaagcatggccagagctaaaccttccagacttgttacatactgaccctgttc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52331073 gtgtaacacacaatcatgtctgatcaagtaaatggcttgcaagacaaccaagcatggccagagctaaaccttccagacttgttacatactgaccctgttc 52331172  T
Q  409 gacaagtccacgcaacaattgaaaaggaatgggatttccttcaaaggtcagcttgccaaacggctgcaggaagggctatgtggaagcatgtgatccatga 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52331173 gacaagtccacgcaacaattgaaaaggaatgggatttccttcaaaggtcagcttgccaaacggctgcaggaagggctatgtggaagcatgtgatccatga 52331272  T
Q  509 tccacttgctgctttgctggcaggggagacttatttgagaaaccttcatgaaaagatgagaaaagactatctcaacaatgctcgtgaaacttctggagtg 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52331273 tccacttgctgctttgctggcaggggagacttatttgagaaacctacatgaaaagatgagaaaagactatctcaacaatgctcgtgaaacttctggagtg 52331372  T
Q  609 atccttgcagttagaaccctttggtttgattctagactggaagatgttctcagttccccgaatggctgagaag 681  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  52331373 atccttgcagttagaaccctttggtttgattctagactggaagatgttctcagttccccgaatggcagagaag 52331445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University