View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5823-Insertion-6 (Length: 680)

Name: NF5823-Insertion-6
Description: NF5823
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5823-Insertion-6
NF5823-Insertion-6
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (9-348)||(7971572-7971911)
chr6 (9-348)||(8041777-8042116)
chr6 (409-680)||(7971240-7971511)
chr6 (437-680)||(8042230-8042473)
chr6 (9-348)||(8031898-8032237)
chr6 (474-680)||(8032363-8032569)
chr6 (559-679)||(7978174-7978294)
chr6 (9-132)||(7979356-7979479)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (9-330)||(41381989-41382310)
chr2 (469-680)||(41381677-41381888)
chr2 (597-680)||(43854448-43854531)
[»] scaffold0531 (2 HSPs)
scaffold0531 (9-342)||(3101-3434)
scaffold0531 (474-680)||(2538-2744)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (9-311)||(14198574-14198876)
chr7 (547-680)||(14198124-14198257)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 320; Significance: 1e-180; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 9 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 7971911 - 7971572
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7971911 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccaggaaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 7971812  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcggctcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattacaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
7971811 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcgggtcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 7971712  T
209 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcactttgtattgtctcatctaccgaacttgaactccatttccggtgtatc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
7971711 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcattttgtattgtctcatctaccaaacttgaactccatttccggtgtatc 7971612  T
309 tttggtggcagccgtcatgtccatgaggtatatcgacatc 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7971611 tttggtggcagccgtcatgtccatgaggtatatcgacatc 7971572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 9 - 348
Target Start/End: Original strand, 8041777 - 8042116
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8041777 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccaggaaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 8041876  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcggctcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattacaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
8041877 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcgggtcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 8041976  T
209 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcactttgtattgtctcatctaccgaacttgaactccatttccggtgtatc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
8041977 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcattttgtattgtctcatctaccaaacttgaactccatttccggtgtatc 8042076  T
309 tttggtggcagccgtcatgtccatgaggtatatcgacatc 348  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8042077 tttggtggcagccgtcatgtccatgaggtatatcgacatc 8042116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 409 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 7971511 - 7971240
Alignment:
409 catcactctttataagtaacttgtggattgaaacaagctaatttaaatcttttatgtttgtgtttcagttactctacaattgcttgggctggtagtatac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7971511 catcactctttataagtaacttgtggaatgaaacaagctaatttaaatcttttatgtttgtgtttcagttactctacaattgcttgggctggtagtatac 7971412  T
509 acaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaactactgcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
7971411 acaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaagctacaactactgcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgc 7971312  T
609 ctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccatctaaggg 680  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
7971311 ctttgccggacacaacgtggtgctggagatccaagcaacaattccgtctacacctgagaaaccatctaaggg 7971240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 437 - 680
Target Start/End: Original strand, 8042230 - 8042473
Alignment:
437 tgaaacaagctaatttaaatcttttatgtttgtgtttcagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaata 536  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8042230 tgaaacaagctaatttaaatcttttatgtttgtgtttcagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaata 8042329  T
537 tagtagcaaggctacaactactgcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgag 636  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| |||    
8042330 tagtagcaaagctacaactactgcaggatctgtcttttatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgctggacacattgtggtgctggag 8042429  T
637 atccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccatctaaggg 680  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
8042430 atccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccatctaaggg 8042473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 9 - 348
Target Start/End: Original strand, 8031898 - 8032237
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||| || |||||| |||||| |||  |||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||  | |  |||    
8031898 gcaaatggttgagatgcatgaaatgattccgggaaaacgttttgatagataccatgaattaggtcaacatgcgtttggcgaaaagttaggcctttatatt 8031997  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcggctcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattacaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 208  Q
    ||| | |||||||||||| | ||| | || ||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || || ||||||||||| ||| |||    
8031998 gtggttcctcaacaacttatagtagaagttgggggcgacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattgcggaagttccacaatacagtgtgttcaa 8032097  T
209 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcactttgtattgtctcatctaccgaacttgaactccatttccggtgtatc 308  Q
    ||||||||   |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
8032098 gttgcaaaaatatcaaattgacctatttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatctaccaaacttgaactccatttccggtgtatc 8032197  T
309 tttggtggcagccgtcatgtccatgaggtatatcgacatc 348  Q
     ||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||||||    
8032198 cttggttgcagcagtcatgtccatttggtatatcgacatc 8032237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 474 - 680
Target Start/End: Original strand, 8032363 - 8032569
Alignment:
474 cagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaactactgcaggatctgtcttt 573  Q
    |||||| ||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
8032363 cagttattctacaattgcttggactactagtgtacacaagggagtacaagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaaatactgcagaatcagtcttt 8032462  T
574 aatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccat 673  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
8032463 aatttctttaatgcactcggctctgttgcatttgcctatgctggacataatgtggtgctcgagatccaagcaacaattccatctacacctgagaaaccat 8032562  T
674 ctaaggg 680  Q
    |||||||    
8032563 ctaaggg 8032569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 559 - 679
Target Start/End: Complemental strand, 7978294 - 7978174
Alignment:
559 gcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaacaattccgtcta 658  Q
    |||||| | |||||| | |||||||||||||||||| || |||| ||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||| |    
7978294 gcaggaacagtctttgacttctttaatgcacttggcactattgcttttgcctatgctggacacaatgtggtgttagagatccaagcaacaattccgtcga 7978195  T
659 caccggagaaaccatctaagg 679  Q
    |||||||||||||||| ||||    
7978194 caccggagaaaccatccaagg 7978174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 9 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 7979479 - 7979356
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||  |||||| |||  |||||||||| ||||||||||||||  |||| |||||  | |  |||    
7979479 gcaaatggttgagatgcatgaaatggttccgggaaaacgctttgatagataccatgaattaggtcaacatgcttttgggaaaaaattaggtctttatatt 7979380  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggta 132  Q
    ||| ||||||||||||||||||||    
7979379 gtggtgcctcaacaacttgtggta 7979356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 9 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 41382310 - 41381989
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
41382310 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccgggaaaacgtcttgatacatataatgaattgggccaacatgcgtttggtgaaaagttagggttgtggatt 41382211  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcggctcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattacaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
41382210 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaagttggggtggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattgcaaaaatttcacaatacagtttgtccaa 41382111  T
209 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcactttgtattgtctcatctaccgaacttgaactccatttccggtgtatc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||| | |||||| ||||  |||||||    
41382110 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatctacccaacctcaactccctttctagtgtatc 41382011  T
309 tttggtggcagccgtcatgtcc 330  Q
    ||| || ||||| || ||||||    
41382010 ttttgttgcagcagttatgtcc 41381989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 469 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 41381888 - 41381677
Alignment:
469 tgtttcagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaactactgcaggatctg 568  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| || || |||| |||||||||||    
41381888 tgtttcagttactctgcaattgcttgggttggtagtgtacacaagggagtacaagcaaatgtacaatatactagcaaagccacgactagtgcaggatctg 41381789  T
569 tctttaatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaa 668  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||| | || || ||| | ||||| || |||||||| |||||    
41381788 tctttaatttctttaatgcacttggttctgttgcttttgcctatgcaggacacaatgtggtgttggaaattcaatctacaatcccatctacacctgagaa 41381689  T
669 accatctaaggg 680  Q
    ||||||||||||    
41381688 accatctaaggg 41381677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 597 - 680
Target Start/End: Original strand, 43854448 - 43854531
Alignment:
597 tgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccatctaaggg 680  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| |||||| | ||||| ||||||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||    
43854448 tgttgcatttgcctatgctggacacaatgtggtgttggagattcaagcaacaatcccttccacaccagagaaaccatccaaggg 43854531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531 (Bit Score: 142; Significance: 4e-74; HSPs: 2)
Name: scaffold0531
Description:

Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 9 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 3434 - 3101
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||| ||||||  ||  ||||| | || ||||| || ||||| |||||||||||  | |  |||    
3434 gcaaatggttgagatgcatgaaatggttcctggaaaacgttttgataggtaccatgaactgggacaacacgcgtttggcgaaaagttaggcctttatatt 3335  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcggctcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattacaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 208  Q
    ||| |||||||||||||||| ||| | || ||   | ||||||| |||||||||||||||||||||||| | | ||| || ||||||||||| |||||||    
3334 gtggtgcctcaacaacttgtagtagaagttggggtgaacattgtttacatggtcaccggaggtgcatcactgcgaaagttccacaatacagtgtgtccaa 3235  T
209 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcactttgtattgtctcatctaccgaacttgaactccatttccggtgtatc 308  Q
    ||||||||   ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
3234 gttgcaaaaatatcaaattgacatatttcattatgatctttgcctctgctcaatttgtattgtgtcatctaccaaacttgaactccatttctggtgtatc 3135  T
309 tttggtggcagccgtcatgtccatgaggtatatc 342  Q
    |||||||||||| |||||||||||  ||||||||    
3134 tttggtggcagcagtcatgtccatttggtatatc 3101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 474 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 2744 - 2538
Alignment:
474 cagttactctacaattgcttgggctggtagtatacacaagggagtactagaaaatgtacaatatagtagcaaggctacaactactgcaggatctgtcttt 573  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||   ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||| ||  | |||| ||| ||||||    
2744 cagttactctactattgcttggactgccggtgcacacaagggagtaatagaaaatgtacaatatagtagaaacgctacgacggccgcagaatcagtcttt 2645  T
574 aatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaacaattccgtctacaccggagaaaccat 673  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
2644 aatttctttaatgcacttggctctatcgcgtttgcctatgccggacacaatgtggtactggagatccaagcaacaattccgtctacacctgagaaaccat 2545  T
674 ctaaggg 680  Q
    |||||||    
2544 ctaaggg 2538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 63; Significance: 5e-27; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 9 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 14198876 - 14198574
Alignment:
9 gcaaatggttgagatgcatgagatggttccagggaaacgtcttgatacatataatgaattagggcaacatgcttttggtgaaaagttagggttgtggatt 108  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| | |||| |||| ||||| | || ||| ||||||||||||||||||| ||  |||  |||    
14198876 gcaaatggttgagatgcatgaaatggtacccgggaaacgtttcgatagatatcatgaactgggtcaatatgcttttggtgaaaagttgggtctgtatatt 14198777  T
109 gtgatgcctcaacaacttgtggtacaggtcggctcggacattgtctacatggtcaccggaggtgcatcattacaaaaatttcacaatacagtctgtccaa 208  Q
    ||  |||| ||||||||| | ||  | ||||||    |||||||||||||||| ||||||||   ||| || || || |||||  |||| || ||| |      
14198776 gttgtgccacaacaacttattgttgaagtcggcgttaacattgtctacatggtaaccggaggaaaatctttgcagaagtttcatgataccgtgtgttccg 14198677  T
209 gttgcaaaccaatcaaattgagctttttcattatgatctttgcctctgctcactttgtattgtctcatctaccgaacttgaactccatttccggtgtatc 308  Q
     |||||||  |||||||||||  | ||| || ||||| |||||||||| ||||||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| ||    
14198676 attgcaaaaaaatcaaattgacttattttataatgatttttgcctctgttcactttgtcttgtctcacctccctaacttgaactctatttctggtgtctc 14198577  T
309 ttt 311  Q
    |||    
14198576 ttt 14198574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 547 - 680
Target Start/End: Complemental strand, 14198257 - 14198124
Alignment:
547 gctacaactactgcaggatctgtctttaatttctttaatgcacttggctctgttgcatttgcctttgccggacacaacgtggtgcttgagatccaagcaa 646  Q
    ||||| |||||  ||||| ||||||||  |||||| ||||| |||||   ||| || ||||| | ||||||||||||||||||| | || ||||||||||    
14198257 gctacgactaccccaggaactgtctttggtttcttcaatgcccttggagatgtggcttttgcttatgccggacacaacgtggtgttagaaatccaagcaa 14198158  T
647 caattccgtctacaccggagaaaccatctaaggg 680  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
14198157 caattccatctacaccggaaaaaccatctaaggg 14198124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University