View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5824_high_3 (Length: 734)

Name: NF5824_high_3
Description: NF5824
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5824_high_3
NF5824_high_3
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (19-568)||(202150-202700)
chr3 (19-485)||(206482-206949)
chr3 (602-723)||(202737-202858)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (19-568)||(6908287-6908835)
chr4 (19-517)||(44924311-44924808)
chr4 (19-271)||(6901440-6901692)
chr4 (19-197)||(44927080-44927258)
chr4 (325-485)||(6901694-6901855)
chr4 (620-723)||(6908120-6908223)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (19-387)||(24652667-24653035)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (19-460)||(29514343-29514790)
chr1 (19-383)||(43626050-43626417)
chr1 (181-338)||(43997909-43998065)
chr1 (387-491)||(43632255-43632354)
chr1 (433-517)||(43997814-43997903)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 568
Target Start/End: Original strand, 202150 - 202700
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202150 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 202249  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaatt-atgattttcttttgcttag 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  202250 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaatttatgattttcttttgcttag 202349  T
Q  218 atccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202350 atccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaa 202449  T
Q  318 tctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaaccttttactt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  202450 tctttgctcgagacatgttgtttttgatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgatgattgaaccttttactt 202549  T
Q  418 gatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 517  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202550 gatgctctgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgttttgatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 202649  T
Q  518 tgattgaagcatagttgattttgaatattagtttgattctgtgtgtaagag 568  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  202650 tgattgaagcatagttgattttgaatattagtttgattctgtgtgtaagag 202700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 206949 - 206482
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  206949 aggcaggttgtgaacatcccatccttcatggtaagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtccattcggtggtggtcttcctggtc 206850  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttaga 218  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  206849 gtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcattttcttaga 206750  T
Q  219 tccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  206749 tccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccgttttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 206650  T
Q  319 ctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacattt-gatgatctttgtgataattgaaccttttactt 417  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  206649 ctttgcttgagacatgttgtttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttaaatgatctttgttataattgaaccttttactt 206550  T
Q  418 gatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtat 485  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  206549 gatggtgtgtgtaagagaatattatttagcagtttgatattgcatgttttgatggtatatccgtgtat 206482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 602 - 723
Target Start/End: Original strand, 202737 - 202858
Alignment:
Q  602 ttgattctaaattaaggaaggaaatatgtttgattctaaattctaatgttgtaaaatttgattttgaatctttcattgattgagcttgtgttttggatta 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  202737 ttgattctaaattaaggaaggaaatatgtttgattctaaattctaaagttgtaaaatttgattttgaatctttcattgattgagcctgtgttttggatta 202836  T
Q  702 atggagactttatcattttcat 723  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  202837 atggagactttatcattttcat 202858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 522; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 522; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 6908835 - 6908287
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908835 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 6908736  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttaga 218  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908735 gtgtgaaacgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttaga 6908636  T
Q  219 tccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908635 tccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 6908536  T
Q  319 ctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaaccttttacttg 418  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6908535 ctttgctcaagacatgttgtttttgatcttttcttttctaagtatt-agttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaactttttacttg 6908437  T
Q  419 atgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcatt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908436 atgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcatt 6908337  T
Q  519 gattgaagcatagttgattttgaatattagtttgattctgtgtgtaagag 568  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6908336 gattgaagcatagttgattttgaatattagtttgattatgtgtgtaagag 6908287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 443; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 44924808 - 44924311
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924808 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 44924709  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttaga 218  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  44924708 gtgtgaagtgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgacggtgatgaggaggatgaagattaaattatgatttcattttgcttaga 44924609  T
Q  219 tccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  44924608 tccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccatttt-ccatccctgtttattgtgtgaggaaat 44924510  T
Q  319 ctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaaccttttacttg 418  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924509 ctttgctcgagacatgttgttttttatcctttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaaccttttacttg 44924410  T
Q  419 atgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 517  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44924409 atgctgcgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttattttgatggtatacctgtgtatccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 44924311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Original strand, 6901440 - 6901692
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  6901440 aggcaggttgttaacatcccatccttcatggtaagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtccattcggtggtggtcttcctggtc 6901539  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttaga 218  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  6901540 gtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcattttcttaga 6901639  T
Q  219 tccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgc 271  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  6901640 tccttgctctcgcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgc 6901692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 19 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 44927258 - 44927080
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||||||||    
T  44927258 aggcaggttgttaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttccctcacaagtccctttggtggtggtcttcctggtc 44927159  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaat 197  Q
    | |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44927158 gcgtgaagtgaaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggagatgaggaggatgaagattaaat 44927080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 325 - 485
Target Start/End: Original strand, 6901694 - 6901855
Alignment:
Q  325 tcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttga-tgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgct 423  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |    
T  6901694 tcgagacatgttgtttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttgaattatctttgttataattgaaccttttacctgatggt 6901793  T
Q  424 gtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtat 485  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||    
T  6901794 gtgtgtaagagaatattatttagcagtttgatattgcatgttttgatggtatatccgtgtat 6901855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 620 - 723
Target Start/End: Complemental strand, 6908223 - 6908120
Alignment:
Q  620 aggaaatatgtttgattctaaattctaatgttgtaaaatttgattttgaatctttcattgattgagcttgtgttttggattaatggagactttatcattt 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6908223 aggaaatatgtttgattctaaattctaatgttgtaaaatttgattttgaatctttcattgattgagcctgtgttttggattaatggagactttatcattt 6908124  T
Q  720 tcat 723  Q
    ||||    
T  6908123 tcat 6908120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 19 - 387
Target Start/End: Original strand, 24652667 - 24653035
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  24652667 aggcaggttgtgaacatcccatccttcatggtaagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtccattcggtggtggtcttcctggtc 24652766  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttaga 218  Q
    |||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  24652767 gtgtgaagcgtaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcattttcttaga 24652866  T
Q  219 tccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24652867 tccttgctctagcctttttatatctgtcctagactttagattttctatcatgcaaatgacttttaccgttttcccatccctgtttattgtgtgaggaaat 24652966  T
Q  319 ctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttga 387  Q
    |||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24652967 ctttgctcaaaacatgttgtttttgatcttttcttttccaagtattaagttttgctccaatacatttga 24653035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 19 - 460
Target Start/End: Original strand, 29514343 - 29514790
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctggtc 118  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  29514343 aggcaggttgtgaacatcccatcattcatggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtccttttggtggtggtcttcccggtc 29514442  T
Q  119 gtgtgaagcgaaagaacttaaaggctgcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaa------attatgattttcttttg 212  Q
    | ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||    
T  29514443 gcgtgaagcgaaagaaccttaaggctgcagccaagaaggcttctggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaatttaaattatgattttcttttg 29514542  T
Q  213 cttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttaccattttcccatccctgtttattgtgtga 312  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||    
T  29514543 cttagatccttgctctagcctcttgatatctgtcctagactttagattttctatcatgcatatgacttttaccattttcctatccttgtttattgtgcga 29514642  T
Q  313 ggaaatctttgctcgagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacatttgatgatctttgtgataattgaaccttt 412  Q
    | |||||||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29514643 gtaaatctttgctcgagagatgttctttttgagcttttcttttccaagtatagagttttgctccaatacatttgatgatctttatgataattgaaccttt 29514742  T
Q  413 tacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgc 460  Q
    ||||| |||  || |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  29514743 tacttaatggagtttgtatgagtatattatttagcagtttgattttgc 29514790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 383
Target Start/End: Original strand, 43626050 - 43626417
Alignment:
Q  19 aggcaggtggtgaacatcccatccttcatgg--tgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtcctttcggcggtggtcttcctgg 116  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||    
T  43626050 aggcaggttgttaacatcccatccttcatggggtgagggttgattcacagaagcacattgacttttcactcacaagtccttttggtggttgtcttcctgg 43626149  T
Q  117 tcgtgtgaagcgaaagaacttaaaggct-gcagccaagaaggcttccggtggtgatggtgatgaggaggatgaagattaaattatgattttcttttgctt 215  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| || |||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  43626150 tcgtgtgaagcgaaagaaccttaagactggcagccaagaaggcttccggtggtcatgttgacgaggaggatgaaggttaaattatgattttcttttactt 43626249  T
Q  216 agatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgacttttacca-ttttcccatccctgtttattgtgtgagg 314  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  43626250 agatccttgctctagcctttt--tatctgtcctagactttagattttctatgatgcatatgacttttaccatttttctcatccttgtttattgtgtaagg 43626347  T
Q  315 aaatctttgctc-gagacatgttgtttttaatcttttcttttctaagtattaagttttgctccaatacat 383  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||| |||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  43626348 aaatcttttctcagagacgtgttgttttttatctcttcttttccaaatattaagttttgctccaatacat 43626417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 181 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 43998065 - 43997909
Alignment:
Q  181 gaggatgaagattaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttatatctgccctagactttagattttctgtcatgcaaatgactt 280  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  43998065 gaggatgaaggttaaattatgattttcttttgcttagatccttgctctagcctttttag--ctgtcctagactttagattttctatgatgcatatgactt 43997968  T
Q  281 ttaccattttcccatccctgtttattgtgtgaggaaatctttgctc-gagacatgttgt 338  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||    
T  43997967 ttaccattttcccatccttgtttattgtgtgaggaaatcttttctcagagacgtgttgt 43997909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 387 - 491
Target Start/End: Original strand, 43632255 - 43632354
Alignment:
Q  387 atgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgctgtgtgtaagagaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtatacccgtgtatc 486  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||     | || ||||| ||||||| |||| | |||| ||||||||||||||||||    
T  43632255 atgatctttgtgataattgaaccttttacttgatgttgtatgtaag-----aatagttagcagtttgattttgcatattttgatggtatacccgtgtatc 43632349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 433 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 43997903 - 43997814
Alignment:
Q  433 agaatattatttagctgtttgatattgcttgtttttatggtata-cccgtgtat----ccaaccgaaactttgatccaactatgcttcat 517  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||| | |||| |||||||| |||||||||    |||||| |||||||||  ||||||||||||||    
T  43997903 agaatattatttagcagtttgattttgcatattttgatggtataccccgtgtatccaaccaaccaaaactttgaatcaactatgcttcat 43997814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University