View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5824_low_6 (Length: 585)

Name: NF5824_low_6
Description: NF5824
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5824_low_6
NF5824_low_6
[»] chr7 (20 HSPs)
chr7 (1-349)||(36221578-36221926)
chr7 (3-348)||(36217595-36217934)
chr7 (414-573)||(36221990-36222144)
chr7 (26-309)||(32727359-32727642)
chr7 (414-571)||(36217999-36218151)
chr7 (89-309)||(35981797-35982017)
chr7 (89-309)||(36003209-36003429)
chr7 (89-348)||(35946529-35946788)
chr7 (89-309)||(35977231-35977451)
chr7 (89-309)||(35998643-35998863)
chr7 (420-571)||(35938858-35939004)
chr7 (440-571)||(32727098-32727224)
chr7 (423-571)||(35976975-35977118)
chr7 (423-571)||(35998387-35998530)
chr7 (109-277)||(35957808-35957976)
chr7 (440-571)||(35946312-35946438)
chr7 (121-272)||(35939151-35939306)
chr7 (423-571)||(35951951-35952094)
chr7 (420-552)||(35981560-35981687)
chr7 (420-552)||(36002972-36003099)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (66-276)||(26328685-26328895)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (66-348)||(18117804-18118086)
chr1 (132-309)||(18125496-18125673)
chr1 (423-570)||(18125241-18125383)
chr1 (499-571)||(18117587-18117659)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 317; Significance: 1e-178; HSPs: 20)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 317; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 36221578 - 36221926
Alignment:
Q  1 tattatcaaaattatcaactcagcttttgcttcagcatcaactccaccaagtgttgctatggctaaccaagaagacattaaccattttgatattgagcaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221578 tattatcaaaattatcaactctgcttttgcttcagcatcaactccaccaagtgttgctatggctaaccaagaagacattaaccattttgatattgagcaa 36221677  T
Q  101 ctacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221678 ctacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcatcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaa 36221777  T
Q  201 atttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttcgtatattttgga 300  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||    
T  36221778 atttgatcaaagttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacatgtagtaactcaattgcttccatgatgagtactgttccttcgtatattttgga 36221877  T
Q  301 aggtctttcgcaagagagctatttgtatttgtttgtgaaatgggcattt 349  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221878 aggtctttcgcaagagagctgtttgtatttgtttgtgaaatgggcattt 36221926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 155; E-Value: 5e-82
Query Start/End: Original strand, 3 - 348
Target Start/End: Original strand, 36217595 - 36217934
Alignment:
Q  3 ttatcaaaattatcaactcagcttttgcttcagcatcaactccaccaagtgttgctatggctaaccaagaagacattaaccattttgatattgagcaact 102  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||      | ||||||||||| |||| |||  ||||||||| | |||||| | ||| |||||||||||    
T  36217595 ttatcaaaattatcaactccgtttttgcttcagc------tgcaccaagtgttcctattgctccccaagaagatagtaaccactgtgacattgagcaact 36217688  T
Q  103 acaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaat 202  Q
    |||||||| |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||    
T  36217689 acaaattcatctaagacgtaaactatctggccaaaagtttatcctcgtgctagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttggaagat 36217788  T
Q  203 ttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttcgtatattttggaag 302  Q
    ||||||||| |||||| || || ||||||| | |||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||    
T  36217789 ttgatcaaagttggtgcagtaggaagtaaaattatagtgaccacacgtagcaactcagttgcttccatgatgggtactgttccttcgtatgttttggaag 36217888  T
Q  303 gtctttcgcaagagagctatttgtatttgtttgtgaaatgggcatt 348  Q
    ||||||||  ||||   | ||||| | |||||||||||||||||||    
T  36217889 gtctttcgttagaggattgtttgtctctgtttgtgaaatgggcatt 36217934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 414 - 573
Target Start/End: Original strand, 36221990 - 36222144
Alignment:
Q  414 tgtgctggagttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagat 513  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36221990 tgtgctggagttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctgttatcaaaatttgatttaa-----ataagtggatattcgtaagagaccatgagat 36222084  T
Q  514 ttggaacttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgatga 573  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36222085 ttggaacttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgatga 36222144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 26 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 32727642 - 32727359
Alignment:
Q  26 tttgcttcagcatcaactccaccaagtgttgctatggctaaccaagaagacattaaccattttgatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaac 125  Q
    |||||| |||| |||  ||||||||||||| || | ||| |||||||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||    
T  32727642 tttgctccagcttcagttccaccaagtgtttctcttgctcaccaagaaaacatcaacaactttgatattgagcagctacaaagtcgttaaagacataaac 32727543  T
Q  126 tttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaaga 225  Q
    || ||||||| |||||| | || |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| | |||| || ||     
T  32727542 ttgctggtcagaagtttttgcttgtcctagacgatatatggaatgatgatcgtgcaaaatggattgagttgatagatttgataaaagtcggtgcagcagg 32727443  T
Q  226 aagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttcgtatattttggaaggtctttc 309  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |  ||| |||||  ||||||||||||||||    
T  32727442 aagcaaaatcatagtgacgacacgtagcaactcatttgcttcaatgatgggtactattccctcgtacgttttggaaggtctttc 32727359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 414 - 571
Target Start/End: Original strand, 36217999 - 36218151
Alignment:
Q  414 tgtgctggagttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagat 513  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     |||||| |||| |||||||||||||||||    
T  36217999 tgtgctggagttccgctggctgtgagaacggtaggaagttctctgttctcaaaatttgatttagat-----aagtggttatttgtaagagaccatgagat 36218093  T
Q  514 ttggaacttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
     ||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  36218094 atggaatttagaacagaagaaagatgatattttacctgctttaaaattaagctatgat 36218151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 35982017 - 35981797
Alignment:
Q  89 gatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatgga 188  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||| | || ||  | |||||| |  |||||||||| |||||||||||||    
T  35982017 gatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatgatgatcgtgcaaaatgga 35981918  T
Q  189 ttgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttc 288  Q
    ||||||||  | ||||||||||| |||| | ||  | ||| ||| |  | ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  || |||| |    
T  35981917 ttgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35981818  T
Q  289 gtatattttggaaggtctttc 309  Q
    |||| ||||| ||||||||||    
T  35981817 gtatcttttgaaaggtctttc 35981797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 89 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 36003429 - 36003209
Alignment:
Q  89 gatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatgga 188  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||| | || ||  | |||||| |  |||||||||| |||||||||||||    
T  36003429 gatattgagcaactacaaactcgtctaagacataaactttccagacaaaagtttttacttgtgttggatgatgtgcggaatgatgatcgtgcaaaatgga 36003330  T
Q  189 ttgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttc 288  Q
    ||||||||  | ||||||||||| |||| | ||  | ||| ||| |  | ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||  || |||| |    
T  36003329 ttgagttgaaagatttgatcaaagttggcgcagctggaagcaaaattttggtgactacacgtagtaactcaatttcttcgatgatgggtgatgttcctcc 36003230  T
Q  289 gtatattttggaaggtctttc 309  Q
    |||| ||||| ||||||||||    
T  36003229 gtatcttttgaaaggtctttc 36003209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 89 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 35946788 - 35946529
Alignment:
Q  89 gatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatgga 188  Q
    ||||||| |||||||  || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||     
T  35946788 gatattgtgcaactagtaagtcgtctaagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggc 35946689  T
Q  189 ttgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttc 288  Q
    |||| |||  | ||||||| ||| |||||| |  || ||| ||| | || ||||| ||||| |||||| |||||||||| |||||||||  || |||| |    
T  35946688 ttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatggtgacaacacgcagtaacgcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35946589  T
Q  289 gtatattttggaaggtctttcgcaagagagctatttgtatttgtttgtgaaatgggcatt 348  Q
     |||||||||||||||||||| | | |||  | ||||| | ||||||| |||||||||||    
T  35946588 atatattttggaaggtctttctccaaagaattgtttgtctctgtttgtcaaatgggcatt 35946529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 89 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 35977451 - 35977231
Alignment:
Q  89 gatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatgga 188  Q
    ||||||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||     
T  35977451 gatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggc 35977352  T
Q  189 ttgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttc 288  Q
    |||| |||  | ||||||| ||| |||||| |  || ||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||| |    
T  35977351 ttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35977252  T
Q  289 gtatattttggaaggtctttc 309  Q
     ||| ||||| ||||||||||    
T  35977251 atatcttttgaaaggtctttc 35977231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 89 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 35998863 - 35998643
Alignment:
Q  89 gatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatgga 188  Q
    ||||||| |||||||  || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |  ||||  |||||||  ||||||||||||| |||||||| |||     
T  35998863 gatattgtgcaactagtaagtcgtctcagacaaaaactttctggtcaaaagtttttagtcgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggc 35998764  T
Q  189 ttgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttc 288  Q
    |||| |||  | ||||||| ||| |||||| |  || ||| ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||  || |||| |    
T  35998763 ttgaattgaaagatttgataaaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgtagtaactcaattgcttcgatgatgggtgatgttcctcc 35998664  T
Q  289 gtatattttggaaggtctttc 309  Q
     ||| ||||| ||||||||||    
T  35998663 atatcttttgaaaggtctttc 35998643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 420 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 35939004 - 35938858
Alignment:
Q  420 ggagttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaa 519  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||     ||||||  ||| ||||||||   |||||| |||||    
T  35939004 ggagttccactggctgtgaaaacattaggaagttctctgttttcaaaatttgatttaaat-----aagtgggaatttgtaagagattctgagatatggaa 35938910  T
Q  520 cttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
     |||||||| ||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35938909 tttagaacagaagcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgat 35938858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 440 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 32727224 - 32727098
Alignment:
Q  440 aacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaacttagaacaaaagaaaggtg 539  Q
    ||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||     ||||||||||| || |||||   |||||| ||||| |||||||| ||||||| ||    
T  32727224 aacattacgaagttccttattctcaaaatatgatttaaat-----aagtggatatttgtgagagattctgagatatggaatttagaacagaagaaagatg 32727130  T
Q  540 atattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  32727129 atattttacctgcattgaagttaagctatgat 32727098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 35977118 - 35976975
Alignment:
Q  423 gttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaactt 522  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||       ||||||  |||||| || |||  |||||| ||||| ||    
T  35977118 gttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaactttgatataagc-----aagtgggaattcgttagggactctgagatgtggaattt 35977024  T
Q  523 agaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  35977023 agaacaaaagaaagatggtattttacctgcgctaaaattaagctatgat 35976975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 35998530 - 35998387
Alignment:
Q  423 gttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaactt 522  Q
    |||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||       ||||||  |||||| || |||  |||||| ||||| ||    
T  35998530 gttccgctagctgtgagaacattaggaagttctctcttctcaaactttgatataagc-----aagtgggaattcgttagggactctgagatgtggaattt 35998436  T
Q  523 agaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  35998435 agaacaaaagaaagatggtattttacctgcgctaaaattaagctatgat 35998387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 109 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 35957976 - 35957808
Alignment:
Q  109 tcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatc 208  Q
    |||||| | ||| ||||||||||||||||||||| |  | ||  |||||||  ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||| |  | |||||     
T  35957976 tcgtctcaaacaaaaactttctggtcaaaagtttttagttgtgttagatgacgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggcttgaattgatcgaattgata 35957877  T
Q  209 aaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggt 277  Q
    ||| |||||| |  || ||| ||| | || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  35957876 aaagttggtgcaccaggaagcaaaattatcgtgacaacacgcagtaactcaattgcttcaatgatgggt 35957808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 440 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 35946438 - 35946312
Alignment:
Q  440 aacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaacttagaacaaaagaaaggtg 539  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||| |||||| ||| |     ||||||  |||||| || |||  |||||| ||||| |||||||||||||||| ||    
T  35946438 aacattagcaagttctctcttctcaaactttgatataagt-----aagtgggaattcgttagggactctgagatgtggaatttagaacaaaagaaagatg 35946344  T
Q  540 atattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
    |||| ||||||||  |||||||||| ||||||    
T  35946343 atatcttacctgcgctaaaattaagttatgat 35946312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 121 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 35939306 - 35939151
Alignment:
Q  121 taaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaat----gatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatcaaatttgg 216  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||||  ||||||| |||||||||    ||||| ||| |||||||||||||||||  | ||||||| ||| ||||    
T  35939306 taaactttctggtcaaaagtttttactcgtgttagatgacatatggaatgatggatgatcgttcaaaatggattgagttgaaagatttgataaaagttgg 35939207  T
Q  217 tggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatga 272  Q
       || |||| | ||| |||| ||||| ||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  35939206 cacagtagaatgcaaaatcattgtgacaacacgcagtaaatcgattgcttcaatga 35939151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 423 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 35952094 - 35951951
Alignment:
Q  423 gttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaactt 522  Q
    ||||| |||||||| ||| |||| |||||||| || |||||||| || ||||||| |     ||||||  ||| || ||||||  ||  |||||||| ||    
T  35952094 gttccactggctgtgaaatcattgggaagttccctcttctcaaacttcgatttaagt-----aagtgggaatttgtcagagactctgctatttggaattt 35952000  T
Q  523 agaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||  | |||||||||||||||    
T  35951999 agaacaacagaaagatgatattttacctgccctgaaattaagctatgat 35951951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 420 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 35981687 - 35981560
Alignment:
Q  420 ggagttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaa 519  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||||  |||||||     |||||||||| |||| ||||| ||   |||| | |||||    
T  35981687 ggagttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaagcttgattt-----aaataagtgggtatttgtaagggattctgagttatggaa 35981593  T
Q  520 cttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgc 552  Q
      |||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  35981592 tctagagcagaagaaagatgatattttacctgc 35981560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 420 - 552
Target Start/End: Complemental strand, 36003099 - 36002972
Alignment:
Q  420 ggagttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaa 519  Q
    |||||||| || ||||||||||||||||||||||| || || |||||  |||||||     |||||||||| |||| ||||| ||   |||| | |||||    
T  36003099 ggagttccactagctgtcaaaacattaggaagttccctgttttcaaagcttgattt-----aaataagtgggtatttgtaagggattctgagttatggaa 36003005  T
Q  520 cttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgc 552  Q
      |||| || ||||||| |||||||||||||||    
T  36003004 tctagagcagaagaaagatgatattttacctgc 36002972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 75; Significance: 3e-34; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 66 - 276
Target Start/End: Original strand, 26328685 - 26328895
Alignment:
Q  66 accaagaagacattaaccattttgatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatg 165  Q
    |||||||| ||||| | || ||||||||||||||| ||   | |||||| |||||||| ||||| ||| |||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  26328685 accaagaaaacattgaacactttgatattgagcaattagtgagtcgtcttagacataagctttcaggtaaaaagtttgtactcgtcttagatgatatatg 26328784  T
Q  166 gaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgct 265  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||||||  | || |||| ||| |||||| || |||||| ||| || ||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  26328785 ggatgataaccgttcaaaatggattgagttgaaagatctgataaaagttggtgcagtagaaagcaaaatcttagtgacaacacgtagtaacttgattgct 26328884  T
Q  266 tccatgatggg 276  Q
    || ||||||||    
T  26328885 tcgatgatggg 26328895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 66 - 348
Target Start/End: Complemental strand, 18118086 - 18117804
Alignment:
Q  66 accaagaagacattaaccattttgatattgagcaactacaaattcgtctaagacataaactttctggtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatg 165  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||| |||||||| |||| ||| |||| | || ||  |||||||||||||    
T  18118086 accaagaaaacataaaccattttgatattgagcagctacaaagtcgtctgagacgtaaactttatggtaaaaggtttttacttgtgttagatgatatatg 18117987  T
Q  166 gaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaaagtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgct 265  Q
    |||||||||  ||| ||||||||| ||||||  | ||||||| ||| ||||   || || ||| |||||||| | ||| ||||| || |||||||||||     
T  18117986 gaatgatgattgtgtaaaatggatcgagttgaaagatttgattaaagttggcacagtaggaagcaaagtcatggcgacaacacgcagcaactcaattgca 18117887  T
Q  266 tccatgatgggtattggtccttcgtatattttggaaggtctttcgcaagagagctatttgtatttgtttgtgaaatgggcatt 348  Q
    || |||||||||| || ||| || ||| ||||  |||| |||||    || | || ||| | |||||||||||||||||||||    
T  18117886 tcgatgatgggtactgttccctcctatgttttaaaaggcctttctattgaaaactgtttatctttgtttgtgaaatgggcatt 18117804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 132 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 18125673 - 18125496
Alignment:
Q  132 gtcaaaagtttatcctcgtcctagatgatatatggaatgatgaccgtgcaaaatggattgagttgttaaatttgatcaaatttggtggagaagaaagtaa 231  Q
    ||||||||||| | || ||  |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  | ||||||| ||| ||||   |  || ||| ||    
T  18125673 gtcaaaagtttttacttgtgttagatgatgtatggaatgatgatcgtgcaaagtggatcgagttgaaagatttgataaaagttggcacaagaggaagcaa 18125574  T
Q  232 agtcatagtgacgacacgtagtaactcaattgcttccatgatgggtattggtccttcgtatattttggaaggtctttc 309  Q
    | | || ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || ||| || ||| ||||| ||||||||||    
T  18125573 aattatggtgacaacacgtaataactcaattgcttcgatgatgggtaatgttccctcatatgttttgcaaggtctttc 18125496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 423 - 570
Target Start/End: Complemental strand, 18125383 - 18125241
Alignment:
Q  423 gttccgctggctgtcaaaacattaggaagttctctattctcaaaatttgatttaaattaaataagtggatattcgtaagagaccatgagatttggaactt 522  Q
    ||||| || ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  |     |||||||| ||||||||   |||| | ||||| ||    
T  18125383 gttccactagctgttagaacattaggaagttccctattctcaaaatttgatttaaataca-----tggatatttgtaagagattctgagctgtggaattt 18125289  T
Q  523 agaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatga 570  Q
    | ||||  | |||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  18125288 aaaacagcaaaaagatgatattttacctgcactaaaattgagctatga 18125241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 499 - 571
Target Start/End: Complemental strand, 18117659 - 18117587
Alignment:
Q  499 aagagaccatgagatttggaacttagaacaaaagaaaggtgatattttacctgcattaaaattaagctatgat 571  Q
    |||||||  |||||| ||||  |||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18117659 aagagactctgagatgtggactttagaacaaaagcaaaatgatattttacctgcactaaaattaagctatgat 18117587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University