View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5825_low_1 (Length: 782)

Name: NF5825_low_1
Description: NF5825
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5825_low_1
NF5825_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (17-740)||(104041-104764)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 716; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 716; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 740
Target Start/End: Original strand, 104041 - 104764
Alignment:
Q  17 cagtgagattgttgtggtaaagacccaagctaattaggttcttcaggtttccaagctcttttggtattggacccaccaattcattcttgtacaattctct 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  104041 cagtgagattgttgtggtaaagacccaagctaattaggttcttcaggtttccaagctcttttggtattggacccaccaattcattctcgtacaattctct 104140  T
Q  117 gcaatcaacaatattaatcaatttatgtcaaagttcagtaaatataagataagagcttaactaatttgcttacagaaactgaagatggtgaaggttccct 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104141 gcaatcaacaatattaatcaatttatgtcaaagttcagtaaatataagataagagcttaactaatttgcttacagaaactgaagatggtgaaggttccct 104240  T
Q  217 agttgaggaaccaaatgaccagaaagttttgcatgtccaaggtctctacaatgcatagatgaggaaccaaattaattaacagtgttgaggtgagtaataa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104241 agttgaggaaccaaatgaccagaaagttttgcatgtccaaggtctctacaatgcatagatgaggaaccaaattaattaacagtgttgaggtgagtaataa 104340  T
Q  317 ttggtaaggttgaagaaaagaagagaaagtaaaagatagttacagtctagtaacgtggttatcacgatcacaggtaacatgaaaccatgtacaaggatcc 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104341 ttggtaaggttgaagaaaagaagagaaagtaaaagatagttacagtctagtaacgtggttatcacgatcacaggtaacatgaaaccatgtacaaggatcc 104440  T
Q  417 accaaagtggggtcccaactctgtagaatgttatttgggtcttttacagctcttctgaatgcatacaaggcatcacctgttagttttcatcagacagaca 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104441 accaaagtggggtcccaactctgtagaatgttatttgggtcttttacagctcttctgaatgcatacaaggcatcacctgttagttttcatcagacagaca 104540  T
Q  517 gacagaacatcaaaacaaaagattctttctttcagattatgtgtatgcttgtttgtatgtatcaatcaaaacaaaagagactgtactttacttaccttca 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104541 gacagaacatcaaaacaaaagattctttctttcagattatgtgtatgcttgtttgtatgtatcaatcaaaacaaaagagactgtactttacttaccttca 104640  T
Q  617 gagtttgcatttgctatatcgaaagggtatgataataagagaatagtaaaaatggtaacaacatcaaaaggtgtgcttgtatccattaagcaaacccttt 716  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104641 gagtttgcatttgctatatcaaaagggtatgataataagagaatagtaaaaatggtaacaacatcaaaaggtgtgcttgtatccattaagcaaacccttt 104740  T
Q  717 tgagtttgaaacttattggcgcaa 740  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  104741 tgagtttgaaacttattggcgcaa 104764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University