View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5832_high_4 (Length: 436)

Name: NF5832_high_4
Description: NF5832
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5832_high_4
NF5832_high_4
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (20-423)||(30264373-30264777)
chr4 (20-423)||(30287411-30287815)
chr4 (114-422)||(30271268-30271576)
chr4 (114-422)||(30280613-30280921)
chr4 (114-422)||(30304335-30304643)
chr4 (271-423)||(30048571-30048723)
chr4 (271-423)||(30062912-30063064)
chr4 (265-423)||(30032325-30032483)
chr4 (283-423)||(30228710-30228850)
chr4 (278-423)||(30220209-30220354)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (289-401)||(79567-79679)
scaffold0024 (292-398)||(72506-72612)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (340-407)||(2311381-2311448)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 381; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 30264777 - 30264373
Alignment:
Q  20 aatagtacgtacttttt-atgtgttttagtgtttatatttccttacatatctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatat 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30264777 aatagtacgtacttttttatgtgttttagtgtttatatttccttacatatttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatat 30264678  T
Q  119 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264677 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggtaaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 30264578  T
Q  219 attctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264577 attctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 30264478  T
Q  319 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264477 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctg 30264378  T
Q  419 atgat 423  Q
    |||||    
T  30264377 atgat 30264373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 381; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 423
Target Start/End: Original strand, 30287411 - 30287815
Alignment:
Q  20 aatagtacgtactttt-tatgtgttttagtgtttatatttccttacatatctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatat 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30287411 aatagtacgtacttttttatgtgttttagtgtttatatttccttacatatttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatat 30287510  T
Q  119 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287511 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggtaaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 30287610  T
Q  219 attctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287611 attctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 30287710  T
Q  319 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctg 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287711 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctg 30287810  T
Q  419 atgat 423  Q
    |||||    
T  30287811 atgat 30287815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 5e-69
Query Start/End: Original strand, 114 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 30271576 - 30271268
Alignment:
Q  114 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 213  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||  |||||||| |  | |||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30271576 tatataggtgagagacaaagatggcaaaatgaaatggaaaaaggtagaggtgaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatca 30271477  T
Q  214 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 313  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || || |    
T  30271476 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatacatttaattaaat 30271377  T
Q  314 atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatag 413  Q
    |||||||||| ||||||      ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  30271376 atccaacaagaaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaag 30271277  T
Q  414 agctgatga 422  Q
    |||||||||    
T  30271276 agctgatga 30271268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 114 - 422
Target Start/End: Original strand, 30280613 - 30280921
Alignment:
Q  114 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||| ||||||  || ||  |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30280613 tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca 30280712  T
Q  214 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 313  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || |    
T  30280713 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat 30280812  T
Q  314 atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatag 413  Q
    |||||||||||||||||      ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  30280813 atccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaag 30280912  T
Q  414 agctgatga 422  Q
    |||||||||    
T  30280913 agctgatga 30280921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 114 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 30304643 - 30304335
Alignment:
Q  114 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||| ||||||  || ||  |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30304643 tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca 30304544  T
Q  214 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 313  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || |    
T  30304543 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat 30304444  T
Q  314 atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatag 413  Q
    |||||||||||||||||      ||  | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  30304443 atccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtctacaaag 30304344  T
Q  414 agctgatga 422  Q
    || ||||||    
T  30304343 agttgatga 30304335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 271 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 30048723 - 30048571
Alignment:
Q  271 acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtg 370  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30048723 acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg 30048624  T
Q  371 atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30048623 atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat 30048571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 271 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 30063064 - 30062912
Alignment:
Q  271 acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtg 370  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30063064 acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg 30062965  T
Q  371 atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30062964 atggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat 30062912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 265 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 30032483 - 30032325
Alignment:
Q  265 gaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcac 364  Q
    ||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30032483 gaaagaacaccacaagataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgaagcttgcaccataatattcaaacttcatcatgcac 30032384  T
Q  365 ttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat 423  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30032383 ttggtgacggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat 30032325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 3e-52
Query Start/End: Original strand, 283 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 30228850 - 30228710
Alignment:
Q  283 aaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctc 382  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  30228850 aaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttaatcatgcacttggtgatggttactctc 30228751  T
Q  383 tcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat 423  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30228750 tcatgagtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat 30228710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 278 - 423
Target Start/End: Original strand, 30220209 - 30220354
Alignment:
Q  278 aagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggtta 377  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||||      ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30220209 aagataaacccctttgggaaattcatttgattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatggtta 30220308  T
Q  378 ctctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcatagagctgatgat 423  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30220309 ctctctcatgggtgctcttctttcttgtcttcaaagagctgatgat 30220354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 289 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 79679 - 79567
Alignment:
Q  289 ctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgg 388  Q
    |||||||| |||||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  79679 ctttgggagatacatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgg 79580  T
Q  389 gtgctcttctttc 401  Q
    |||| ||||||||    
T  79579 gtgcacttctttc 79567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 292 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 72612 - 72506
Alignment:
Q  292 tgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtg 391  Q
    |||||||| ||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  72612 tgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatggttactctctaatgggag 72513  T
Q  392 ctcttct 398  Q
    |||||||    
T  72512 ctcttct 72506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 48; Significance: 3e-18; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 340 - 407
Target Start/End: Original strand, 2311381 - 2311448
Alignment:
Q  340 ataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatggttactctctcatgggtgctcttctttcttgtct 407  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  2311381 ataatattcaaacttcaccatgcacttggagatggttattctctaatgggtgcacttctttcttgtct 2311448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University