View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5832_high_6 (Length: 387)

Name: NF5832_high_6
Description: NF5832
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5832_high_6
NF5832_high_6
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (20-373)||(30264423-30264777)
chr4 (20-373)||(30287411-30287765)
chr4 (114-373)||(30271317-30271576)
chr4 (114-373)||(30280613-30280872)
chr4 (114-373)||(30304384-30304643)
chr4 (271-373)||(30048621-30048723)
chr4 (271-373)||(30062962-30063064)
chr4 (265-371)||(30032377-30032483)
chr4 (283-373)||(30228760-30228850)
chr4 (278-373)||(30220209-30220304)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (289-373)||(79595-79679)
scaffold0024 (292-373)||(72531-72612)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30264777 - 30264423
Alignment:
Q  20 aatagtacgtacttttt-atgtgttttagtgtttatatttccttacatatctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatat 118  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30264777 aatagtacgtacttttttatgtgttttagtgtttatatttccttacatatttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatat 30264678  T
Q  119 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264677 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggtaaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 30264578  T
Q  219 attctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264577 attctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 30264478  T
Q  319 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30264477 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 30264423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 373
Target Start/End: Original strand, 30287411 - 30287765
Alignment:
Q  20 aatagtacgtactttt-tatgtgttttagtgtttatatttccttacatatctatcatataacaaatattaacatgtgcatgtgcatgcaaccatgtatat 118  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  30287411 aatagtacgtacttttttatgtgttttagtgtttatatttccttacatatttatcatataacaaatattaacatgtgcatatgcatgcaaccatgtatat 30287510  T
Q  119 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287511 aggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggtaaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtcaattga 30287610  T
Q  219 attctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 318  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287611 attctatgatcaagattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatcca 30287710  T
Q  319 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30287711 acaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 30287765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 114 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30271576 - 30271317
Alignment:
Q  114 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 213  Q
    ||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| || ||  |||||||| |  | |||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30271576 tatataggtgagagacaaagatggcaaaatgaaatggaaaaaggtagaggtgaagcctgaagatcatatgcacgttccaatattccctaaaagtgaatca 30271477  T
Q  214 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 313  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| | || || |    
T  30271476 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatacatttaattaaat 30271377  T
Q  314 atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||||| ||||||      ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30271376 atccaacaagaaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatg 30271317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 114 - 373
Target Start/End: Original strand, 30280613 - 30280872
Alignment:
Q  114 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||| ||||||  || ||  |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30280613 tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca 30280712  T
Q  214 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 313  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || |    
T  30280713 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat 30280812  T
Q  314 atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||||||||||||      ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30280813 atccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatg 30280872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 114 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30304643 - 30304384
Alignment:
Q  114 tatataggtgagagataaagatggaaatatgaaatggaaaaaagtagaggttaatccaaaagatcattttaaggttccagtgttccctaaaaatgagtca 213  Q
    |||||||||||||||| ||||||| || ||||  ||||||||| ||||||  || ||  |||||||| | ||||||||| | |||||||||| ||| |||    
T  30304643 tatataggtgagagatcaagatggcaaaatgatgtggaaaaaaatagaggcgaagcctgaagatcatatgaaggttccaatattccctaaaagtgaatca 30304544  T
Q  214 attgaattctatgatcatgattttgatgactatgtgtcaaagatattaatagaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagt 313  Q
    |||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||  | || ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| ||| | || || |    
T  30304543 attgaattgtatgatcaatattttgatgattatgtgtcaaagattatgatggaaagaacaccacaagacaaaccactttgggaaatgcatttaattaaat 30304444  T
Q  314 atccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||||||||||||      ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30304443 atccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatg 30304384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 271 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30048723 - 30048621
Alignment:
Q  271 acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtg 370  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30048723 acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg 30048624  T
Q  371 atg 373  Q
    |||    
T  30048623 atg 30048621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 271 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30063064 - 30062962
Alignment:
Q  271 acaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtg 370  Q
    |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30063064 acaccacaagataaaccactttgggaaattcatgttatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttcatcatggacttggtg 30062965  T
Q  371 atg 373  Q
    |||    
T  30062964 atg 30062962  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 265 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 30032483 - 30032377
Alignment:
Q  265 gaaaggacaccaaaagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcac 364  Q
    ||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30032483 gaaagaacaccacaagataaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgaagcttgcaccataatattcaaacttcatcatgcac 30032384  T
Q  365 ttggtga 371  Q
    |||||||    
T  30032383 ttggtga 30032377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 283 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 30228850 - 30228760
Alignment:
Q  283 aaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    ||||| ||||||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30228850 aaaccactttgggaaattcatattatcaattatccaacaaccaatgctgcttgcaccataatattcaaacttaatcatgcacttggtgatg 30228760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 278 - 373
Target Start/End: Original strand, 30220209 - 30220304
Alignment:
Q  278 aagacaaacccctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||| | || || ||||||||||||||||||      ||  | |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30220209 aagataaacccctttgggaaattcatttgattaaatatccaacaagcaatgctaaaggaactttgatattcaaacttcaccatgcacttggtgatg 30220304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 79679 - 79595
Alignment:
Q  289 ctttgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||| |||||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  79679 ctttgggagatacatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatg 79595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 292 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 72612 - 72531
Alignment:
Q  292 tgggaaatacatgttatcaagtatccaacaagcaatgctgcttacaccataatattcaaacttcatcatgcacttggtgatg 373  Q
    |||||||| ||| |||| || ||||||||||  ||||| |||   ||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  72612 tgggaaattcatattattaaatatccaacaaaaaatgcagctggtaccttagtattcaaacttcatcatgcacttggagatg 72531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University