View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5834-Insertion-6 (Length: 734)

Name: NF5834-Insertion-6
Description: NF5834
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5834-Insertion-6
NF5834-Insertion-6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-734)||(37957136-37957864)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 579; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 579; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 37957864 - 37957136
Alignment:
Q  9 aagtcaaactccaaaaattgtaaaatgttgatatttttccattactctacgttaataatatgtgtcggcttcgttgtcttttgtatatttgctactatat 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37957864 aagtcaaactccaaaaattgtaaaatgttgatatttttccattactatacgttaataatatgtgtcggcttcgttgtcttttgtatatttgctactatat 37957765  T
Q  109 aatataaccaaaa--tcaattggatcgtataaatgtgaatnnnnnnn-gttggtaagctacgtcttcgtcgtcnnnnnnnnnnnnnnnnnnngattcctt 205  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||                   ||||||||    
T  37957764 aatataaccaaaaaatcaattgggtcgtataaatgtgaataaaaaaaagttggtaagctacgtcttcgtcgtctttttttgctttttattttgattcctt 37957665  T
Q  206 gcaatcaaaattgatgtctcattttatgggaatcaatattctctgacagcaaatgattgggaacatatatacgaaacagctagctataatgtaacaaaat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37957664 gcaatcaaaattgatgtctcattttatgggaatcaatattctctgacagcaaatgattgggaacatatatacgaaacagctagctataatgtaacaaaat 37957565  T
Q  306 ctaaaattgaacttcatcatatttcatcaaagtttagtgtgtagagataattaattgaagggcaccagattagttaaccacgtttaaagactaatgacta 405  Q
    ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  37957564 ctaaaattggacttcatcatatctcatcaaagtttagtgtgtagagataattaattgaagggcaccagattaattaaccacgtttaaagactaatgacta 37957465  T
Q  406 gcttcaaggtaaaatccttgaacataattctctagttgggtctttgctttaatttgcaccctttgagatccaatccaattgtgttggagtaacattattt 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37957464 gcttcaaggtaaaatccttgaacataattctctagttaggtctttgctttaatttgcaccctttgagatccaatccaattgtgttggagtaacattattt 37957365  T
Q  506 tagctactattctataatttctatttactaaaaagggcaaatatttctagatatgagtatgacatgtgtannnnnnnggtaacaactatatgagtatgac 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||||||||||||||||||||||    
T  37957364 tagctactattctataatttctatttactaaaaagggcaaatatttctagatatgagtatgacatatgtatttttttggtaacaactatatgagtatgac 37957265  T
Q  606 atatgaaaaagtagcaatttcattcttgttgttggaataattagaaccactcatgtttggaagtaccccgtataaaaagggtacaaactaaatctttaag 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37957264 atatgaaaaagtagcaatttcattcttgttgttggaataattagaaccactcatgtttggaagtaccccgtataaaaagggtacaaactaaatctttaag 37957165  T
Q  706 tatctccattgtacaaattaacttttgtg 734  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37957164 tatctccattgtacaaattaacctttgtg 37957136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University