View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5835-Insertion-2 (Length: 1065)

Name: NF5835-Insertion-2
Description: NF5835
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5835-Insertion-2
NF5835-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-919)||(36450434-36451359)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 778; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 778; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 919
Target Start/End: Original strand, 36450434 - 36451359
Alignment:
Q  9 cagggtccttcacggaacaaaggtggagaactaattcttgatttgtacagaacataaaccattttccaacatttggaaagaagagaagaccactggttac 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  36450434 cagggtccttcacggaacaaaggtggagaactaattcttgatttgtacagaacataaaccattttccaacatttggaaagaagaaaagaccactggttac 36450533  T
Q  109 tgctttgcttagtgaaatattcggatcgatgtagtacctttttaaaatatgtgtatctttccataattaattttaggaaaggggttctgataatccgaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36450534 tgctttgcttagtgaaatattcggat----gcagtacctttttaaaatatgtgtatctttccataattaattttaggaaaggggttctgataatccgaag 36450629  T
Q  209 tttgaccgtgatataatgaaacattttaatcaaccacacaccattcaaagattcatttatgaaacatctttttaactgcaataatataagctaaaacaca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36450630 tttgaccgtgatataatgaaacattttaatcaaccacacaccattcaaagattcatttatgaaacatctttttaactgcaataatataagctaaaacaca 36450729  T
Q  309 acatgccaa----------------gcatttgttccatgtcacacccctccaattagtgcatgcatgcatctggttctttctacccttcctgcccc-taa 391  Q
    |||||||||                ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  36450730 acatgccaaataaaagatgtaccaagcatttgttccatgtcacacctctccaattagtgcatgcatgcatctgattctttctacccttgctgccccctaa 36450829  T
Q  392 tatgcttcaatcatgataagttcaactttttgaaaaactaatta-------cagcatagcaaattcatctctatctcagccatcaccttgttgaatgaat 484  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36450830 tatgcttcaatcatgataagttcaactttttgaaaaactaattagtaagtacagcatagcaaattcatctctatctcagccatcaccttgttgaatgaat 36450929  T
Q  485 atttattcatgtagcatgctttaatttattctctctttgatgtattgtcacaattgttgacggaatttgatacagtatttttcaaagacaacatttatct 584  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36450930 atttattcatgtagcatgctttaatttattctctctttgatgtattgtcacaattgttgacggaatttgatacagtatttttcaaagacaacatttatct 36451029  T
Q  585 tgaataagaatataatccatattcatgttgattttttgtaaagtagaaatagcatatgattctttacaatcaatttgaatctttttgtctcttagatatt 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36451030 tgaataagaatataatccatattcatgttgattttttgtaaagtagaaatagcatatgattctttacaatcaatttgaatctttttgtctcttagatatt 36451129  T
Q  685 tagagggatcgtggaggcatatggttcatatatgccaagttctaatatcattgtatttgttcctatataaggagaaagtttaggtagatttttaattgta 784  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36451130 tagagggatcgtggaggcatatggttcatatatgccaagttctaatatcattgtatttgttcctatataaggagaaagtttaggtagatttttaattgta 36451229  T
Q  785 agattttgatctacaacaaaagagataaagagagtttatgaagatgatgatatgggagagtatggttatgcataccgtagcatctcgacttacagtacca 884  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36451230 agattttgatctacaacaaaagagataaagagagtttaagaag----tgatatgggagagtatggttatgcataccgtagcatctcgacttacagtacca 36451325  T
Q  885 taaggaaatggaacacgtgagcctgctgttataaa 919  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36451326 taa-gaaatggaatacgtgagcctgctgttataaa 36451359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University