View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5835-Insertion-4 (Length: 918)

Name: NF5835-Insertion-4
Description: NF5835
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5835-Insertion-4
NF5835-Insertion-4
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-897)||(21272542-21273410)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (321-892)||(6956264-6956835)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (321-892)||(6751541-6752112)
chr3 (426-897)||(6466519-6466989)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (418-875)||(22009713-22010171)
chr7 (321-379)||(22010176-22010234)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (63-106)||(195393-195436)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 773; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 773; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 897
Target Start/End: Complemental strand, 21273410 - 21272542
Alignment:
Q  29 gtaagcgcattccatagttatggctttggaagatgattccatagtcttcaaatattgatgaaatgatggtttaaattctgattcctccttgtgaagaagg 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21273410 gtaagcgcattccatagttatggctttggaagatgattccatagtcttcaaatattgatgaaatgatggtttaaattctgattcctccttgtgaagaagg 21273311  T
Q  129 tcattgagctctcgtggagcacgagagacgagaatgggtctggaagaagaaatagaggaagagaaggaattcacacaagcagtcaagttcccgttgaatt 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21273310 tcattgagctttcgtggagcacgagagatgagaatgggtctggaagaagaaatagaggaagagaaggaattcacacaagcagtcaagttcccgttgaatt 21273211  T
Q  229 ccaagtcaataactaccatatgaggagaccaagtaactgcgtccaagttatccatttcagtccactctaaaaatattgtataactaagatatttacaaat 328  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  21273210 ccaagtcaataactaccatatgaggagaccaagtaactgcgtccaagttatccatttctgtccactctaaaaatattgtataacgaaggtatttacaaat 21273111  T
Q  329 caacattgcaataggaaccgataaatatcttggctttccttccatgatagggaggaacaagaaggacatgtttaaattcattacggactgagtgtggagg 428  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  21273110 caacattgcaataggaaccgataaatatcttggctttccttccatgatagggaggaacaagaaggacatgtttaaatacattaaggactgagtgtggagg 21273011  T
Q  429 aagattaactcgtggggaggacgctatttatctaaggcgggaaaataattgatgagtaaatttgtgctccaatctgttcctacctacttcatgagtattt 528  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| | ||||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21273010 aagattaactcgtggggaggacgctctttatctaaggtgggaaaaaagttgatgattaaatctgtgcttcaatctattcctacctacttcatgagtattt 21272911  T
Q  529 ttctaattccatcatctattggagacgaaattgagaaaatcatgaattctttttggtggaaaaatggtggaaataggaacaagagaatcaagtggctatc 628  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  21272910 ttctaattccatcatctattggagacgaaattgagaaaatcatgaattctttttggtgggaaaatggtggaaataggaacaagggaatcaagtggctatc 21272811  T
Q  629 gtaggataaactatccgtccataaaagacatggagatatgaattagaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaagtttggtggtta 728  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21272810 gtgggataaactatccgtccataaaagagatggaggtatgagttagaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaagtttggtggtta 21272711  T
Q  729 atgtctcaaccggagttattagtagcgagactttttaaagcctggtattatccgaggaatgatatttttgaagcaaagaaaggacacaattcgagttatg 828  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  21272710 atgtctcaaccggagttattagtagcgagactttttaaagcctggtattatccgaggaattatatttttgaagcaaagaaaggacacaattccagttatg 21272611  T
Q  829 tgtggaagagtattcacgaggctatacccatggttaagcaaggaacacagtggacaattggtaatggag 897  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21272610 tgtggaagagtattcacgaggctatacccatggttaagcaaggaacacagtggacgattggtaatggag 21272542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 264; Significance: 1e-147; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 321 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 6956835 - 6956264
Alignment:
Q  321 ttacaaatcaacattgcaataggaaccgataaatatcttggctttccttccatgatagggaggaacaagaaggacatgtttaaattcattacggactgag 420  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||| | | |||||||||||| |||||||| |||||| ||| ||||||||||||||| |||  ||     
T  6956835 ttacaagtcaacattgcaattggaaccggtaaatatctcgaccttccttccatgacagggaggagcaagaaagacttgtttaaattcattaaggatcgaa 6956736  T
Q  421 tgtggaggaagattaactcgtggggaggacgctatttatctaaggcgggaaaataattgatgagtaaatttgtgctccaatctgttcctacctacttcat 520  Q
    | ||||||||||| || || |||||| |||||| |||||||| |||||||||| |  |||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||| |||||    
T  6956735 tatggaggaagatcaagtcatggggatgacgctctttatctacggcgggaaaagaggtgatgattaaatctgtactccaatctattcctacctatttcat 6956636  T
Q  521 gagtatttttctaattccatcatctattggagacgaaattgagaaaatcatgaattctttttggtggaaaaatggtggaaataggaacaagagaatcaag 620  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || |||||||||| |    
T  6956635 gagtatttttctaattccctcatctcttggtgatgaaatcgagaaaatgatgaattctttttggtggggaaatggtgaaaatagaaataagagaatcagg 6956536  T
Q  621 tggctatcgtaggataaactatccgtccataaaagacatggagatatgaattagaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaagttt 720  Q
    ||||| || | ||||||| |||  |||||||||||| |||| | ||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |    
T  6956535 tggctttcatgggataaattatatgtccataaaagaaatggtggtatgggttttaagaatttatatatgttcaatatggcacttctaggcaaacaagtat 6956436  T
Q  721 ggtggttaatgtctcaaccggagttattagtagcgagactttttaaagcctggtattatccgaggaatgatatttttgaagcaaagaaaggacacaattc 820  Q
    |  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |  |||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  6956435 gtcggttaatgtctcaaccagagttattagtagcaagactttttaaagcacgacattaccgaaggaatgatatttttgaggcaaagaaaggaaacaattc 6956336  T
Q  821 gagttatgtgtggaagagtattcacgaggctatacccatggttaagcaaggaacacagtggacaattggtaa 892  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||||    
T  6956335 aagttatgtgtggaagagtattcatgaggctatacccatggtcaagcaaggaacaaggtggaagattggtaa 6956264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 260; Significance: 1e-144; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 321 - 892
Target Start/End: Complemental strand, 6752112 - 6751541
Alignment:
Q  321 ttacaaatcaacattgcaataggaaccgataaatatcttggctttccttccatgatagggaggaacaagaaggacatgtttaaattcattacggactgag 420  Q
    |||||| ||||||||||||| | || |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||    
T  6752112 ttacaagtcaacattgcaattgaaatcgataaatatctcggccttccttccatgatagggaggagcaagaaagacatgtttaaattcattaaggaccaag 6752013  T
Q  421 tgtggaggaagattaactcgtggggaggacgctatttatctaaggcgggaaaataattgatgagtaaatttgtgctccaatctgttcctacctacttcat 520  Q
    | ||||||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| ||  ||||||||| |||||||||| || ||    
T  6752012 tatggaggaagatcaattcatggggaggacgctctttatctaaggcgggaaaagaggtgatgattaaatctgcactccaatctattcctacctattttat 6751913  T
Q  521 gagtatttttctaattccatcatctattggagacgaaattgagaaaatcatgaattctttttggtggaaaaatggtggaaataggaacaagagaatcaag 620  Q
    |||||||||||| ||||| |||||| |||| || ||||| || ||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || ||| |||||| |    
T  6751912 gagtatttttctgattccctcatctcttggtgatgaaatcgaaaaaatgatgaattctttttggtggggaaatggtggaaatagaaataagggaatcagg 6751813  T
Q  621 tggctatcgtaggataaactatccgtccataaaagacatggagatatgaattagaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaagttt 720  Q
    ||||| || | | | ||  |||  ||||||||||||   || | ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6751812 tggctttcatggtacaagttatatgtccataaaagaagcggtggtatgggttttaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaagttt 6751713  T
Q  721 ggtggttaatgtctcaaccggagttattagtagcgagactttttaaagcctggtattatccgaggaatgatatttttgaagcaaagaaaggacacaattc 820  Q
    || ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||  | ||||| |  ||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||    
T  6751712 ggcggttaatgtgtcaaccggagttattaatagcaagactttttaaagcacgatattaccaaaggaatgatatttttgaggcaaagaaaggaaataattc 6751613  T
Q  821 gagttatgtgtggaagagtattcacgaggctatacccatggttaagcaaggaacacagtggacaattggtaa 892  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  ||||||||    
T  6751612 aagttatgtgtggaagagtattcatgaggctatacccatggtcaagcaaggaacaaggtggaagattggtaa 6751541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 426 - 897
Target Start/End: Original strand, 6466519 - 6466989
Alignment:
Q  426 aggaagattaactcgtggggaggacgctatttatctaaggcgggaaaataattgatgagtaaatttgtgctccaatctgttcctacctacttcatgagta 525  Q
    |||||||| || || ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||| ||||| | | ||||||||| |||||||||| || || ||||    
T  6466519 aggaagatcaattcatggggaggacgctctttatctaaggcgggaaaagaggtgatgattaaatatatactccaatctattcctacctattttataagta 6466618  T
Q  526 tttttctaattccatcatctattggagacgaaattgagaaaatcatgaattctttttggtggaaaaatggtggaaataggaacaagagaatcaagtggct 625  Q
    ||||| | ||||| |||||| |||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| || ||| |||||| ||||||    
T  6466619 tttttttgattccctcatctcttggtgatgaaatcgagaaaatcatgaattatttttggtgggaaaatggtggaaatagaaataagggaatcaggtggct 6466718  T
Q  626 atcgtaggataaactatccgtccataaaagacatggagatatgaattagaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaagtttggtgg 725  Q
     || | ||| ||  |||  ||||||||||||    | | ||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||| ||| ||    
T  6466719 ttcatgggacaagttatatgtccataaaagaagccgtggtatgggttttaagaatttatatatgttcaatatggcacttcatgacaagcaagtctggcgg 6466818  T
Q  726 ttaatgtctcaaccggagttattagtagcgagactttttaaagcctggtattatccgaggaatgatatttttgaagcaaagaaaggacacaattcgagtt 825  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  ||||||| |  ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||    
T  6466819 ttaatgtgtcaaccggagttactagtagcaagactttttaaagcacggtattaccgaaggaatgatatttttgaggc-aagaaaggaaataattcaagtt 6466917  T
Q  826 atgtgtggaagagtattcacgaggctatacccatggttaagcaaggaacacagtggacaattggtaatggag 897  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||  |||||||| ||||    
T  6466918 atgtgtggaagagtattcatgaggctatacccatggtcaagcaaggaacaaggtggaagattggtaagggag 6466989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 418 - 875
Target Start/End: Complemental strand, 22010171 - 22009713
Alignment:
Q  418 gagtgtggaggaagattaactcgtggggaggacgctatttatctaaggcgggaaaataattgatgagtaaatttgtgctccaatctgttcctacctactt 517  Q
    |||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||| |||||||||||||||||||    |||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  22010171 gagtatggaggaagatcaactctaggggagggcgctctttatctaaggcgggaaaagtggtgatgattaaatctgtactccaatctattcctacctactt 22010072  T
Q  518 catgagtatttttctaattccatcatctattggagacgaaattgagaaaatcatgaattctttttggtggaaaaatggtggaaataggaacaagagaatc 617  Q
     || ||||||||||||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||| ||||||||||| |||| |  ||||||||||||||| || ||| |||||    
T  22010071 tataagtatttttctaattccctcatctcttggtgatgaaatcgagaaaatgatgaattctttatggtagggaaatggtggaaatagaaataagggaatc 22009972  T
Q  618 aagtggctatcgtaggataaactatccgtccataaaagacatggagatatgaattagaagaatttatatatgttcaatatggcacttcttggcaagcaag 717  Q
    | |||||| || | ||| ||| |||  |||||||||||| |||| | ||||  ||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22009971 aggtggctttcatgggacaaattatttgtccataaaagaaatggtggtatgggttttaagaatttatatttgttcaatatggcacttcttggcaatcaag 22009872  T
Q  718 tttggtggttaatgtctcaaccggagttattagtagcgagacttttt-aaagcctggtattatccgaggaatgatatttttgaagcaaagaaaggacaca 816  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||  |||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| |||||| |||    
T  22009871 tctggcggttaatgtctcaaccggagttattagtagcaagactttttaaaagcacggtattatcgaaggaatgctatttttgaggcaaataaaggaaaca 22009772  T
Q  817 attcgagttatgtgtggaagagtattcacgaggctatacccatggttaagcaaggaaca 875  Q
    |||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22009771 atttaagttatgtgtggaagagtattcatgaggctatacccatggtcaagcaaggaaca 22009713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 321 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 22010234 - 22010176
Alignment:
Q  321 ttacaaatcaacattgcaataggaaccgataaatatcttggctttccttccatgatagg 379  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||| |||||| |||||| |||||||| |||||||    
T  22010234 ttacaagtcaacattgcaatttgaaccggtaaataccttggccttccttccgtgatagg 22010176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 63 - 106
Target Start/End: Original strand, 195393 - 195436
Alignment:
Q  63 gattccatagtcttcaaatattgatgaaatgatggtttaaattc 106  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  195393 gattccatagccttcaaatattgatcaaatgatggtttaaattc 195436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University