View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF5836-Insertion-3 (Length: 765)
Name: NF5836-Insertion-3
Description: NF5836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5836-Insertion-3 |
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| [»] chr3 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 765
Target Start/End: Complemental strand, 3031674 - 3030918
Alignment:
| Q |
9 |
atgcctaatagagcacatctcgagaagtgaagcgcatggattccattacaagatcgccagtttatgcacattttggagaatcaatgaatggtgtgtcaag |
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Q |
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atgcctaatagagcacatctcgagaagtgaagcgcatggattccattacaagatcgccagtttatgcacattttggagaatcaatgaatggtgtgtcaag |
3031575 |
T |
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| Q |
109 |
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208 |
Q |
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3031574 |
cattcgtgcttacaaggcatacgacaggatattacacgacaatggaaaattcatggataacaatatcagatttactcttgcaaatattagtacaaaccgt |
3031475 |
T |
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| Q |
209 |
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308 |
Q |
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3031474 |
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3031375 |
T |
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| Q |
309 |
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408 |
Q |
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ttgcatctacaatgggactacttctcagctacacattgaacataacaagtattatgagtagcacacttagacaagcaagtaaagctgaaaacagtttaaa |
3031275 |
T |
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| Q |
409 |
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508 |
Q |
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3031175 |
T |
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509 |
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608 |
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3031075 |
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609 |
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708 |
Q |
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3030975 |
T |
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709 |
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765 |
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tacgttcggactagcagacttgagaagagttcttactatcataccacagtcccccgt |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 762
Target Start/End: Complemental strand, 3007592 - 3006839
Alignment:
| Q |
9 |
atgcctaatagagcacatctcgagaagtgaagcgcatggattccattacaagatcgccagtttatgcacattttggagaatcaatgaatggtgtgtcaag |
108 |
Q |
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atgcctaatagagcacggctcgagaggtgaagcgcatggattccattacaagatctcctgtttatgcacattttggagaatcattgaacggtttgtcaag |
3007493 |
T |
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| Q |
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Q |
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cattcgtgcttacaaagtgtacgacaggatgtcaaacatcaatgggaaattcatggataacaatataagatttactcttgtgaatattagttcaaaccgt |
3007393 |
T |
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308 |
Q |
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tggctaaccataaggttagaaagtttaggaggcctcatgatttggttgatagcgacatttgctgtcttacaaaatgcaagatctgaaaatcctacactga |
3007293 |
T |
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309 |
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408 |
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3007193 |
T |
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508 |
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3007093 |
T |
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T |
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ttggaagaactggtgcaggaaagtctagcatgcttaatgcactgttccggattgtggaattgcaaagcggaagaatcattattgatggatgtgatatttc |
3006893 |
T |
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709 |
tacgttcgggctagcagacttgagaagagttcttactatcataccacagtcgcc |
762 |
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3006892 |
tacattcggactagtagatttgcgaagagttcttactatcataccacagtcgcc |
3006839 |
T |
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