View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5836_high_4 (Length: 575)

Name: NF5836_high_4
Description: NF5836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5836_high_4
NF5836_high_4
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (1-556)||(38247664-38248217)
chr4 (51-556)||(38252695-38253199)
chr4 (342-556)||(38213298-38213510)
chr4 (342-556)||(38237202-38237414)
chr4 (342-556)||(38225783-38225995)
chr4 (342-534)||(38242424-38242614)
chr4 (352-514)||(38219738-38219898)
chr4 (1-48)||(38253323-38253370)
chr4 (183-243)||(38242725-38242785)
chr4 (1-42)||(38242976-38243017)
chr4 (5-53)||(38214072-38214120)
chr4 (5-53)||(38226451-38226499)
chr4 (185-238)||(38226069-38226122)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (342-556)||(17453610-17453822)
chr6 (352-556)||(17432724-17432914)
chr6 (1-53)||(17433468-17433520)
chr6 (1-53)||(17454547-17454599)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (371-521)||(48989-49137)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (444-531)||(11475240-11475327)
chr2 (369-531)||(11486400-11486560)
chr2 (448-537)||(11480655-11480744)
chr2 (448-519)||(11463351-11463422)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (448-513)||(21547882-21547947)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 529; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 529; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 38248217 - 38247664
Alignment:
Q  1 gagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctggaagggtctaatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248217 gagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctggaagggtataatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatat 38248118  T
Q  101 ttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgtagtgtcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248117 ttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgtagtgtcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctat 38248018  T
Q  201 ttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatgtttaacaaagaagagaatagtatcatatatttgcaatttagtactatcagtgtttcttatac 300  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38248017 ttgttcatgtaatagttttcaatcaagggtagaaaatgtttaacaaagaagagaatagcatcatatatttgcaatttagtactatcagtgtttcttatac 38247918  T
Q  301 ttttgatcaagaagtaaccactgtattttttacatttactagttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctatac 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247917 ttttgatcaagaagtaaccactgtattttttacatttactagttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctatac 38247818  T
Q  401 caagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgat 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247817 caagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacct--atattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgat 38247720  T
Q  501 ggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagt 556  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38247719 ggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacactggagt 38247664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 51 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 38253199 - 38252695
Alignment:
Q  51 tggaagggtctaatcaatcatgattctgccccttaagagggattctatatttacacctaatatagcattgatacttgagattaaagatgtgtcgta-gtg 149  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||||||  || ||||||||||||||||||||   | |||    
T  38253199 tggaagggtctaatcaataatgattctgcctcttaagagggattccatatttacactcaatatagcaccgacacttgagattaaagatgtgtaacacgtg 38253100  T
Q  150 tcggacaccgagacaatattgacattttttatcatatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatgtttaacaaaga 249  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||    
T  38253099 tcggacaccgagacaatattggcattttttatcatatataatcacctctatttgatcatgtaatagttttcgatagagggtaacaaatgtttaataaaga 38253000  T
Q  250 agagaatagtatcatatatttgcaatttagtactatcagtgtttcttatacttttgatcaagaag-taaccactgtattttttacatttactagttttgt 348  Q
    ||||||| || |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| ||||| | ||||| ||| || |||| ||| || |||  || |||||||    
T  38252999 agagaatggtgtcatatatttgcaatttagtaccatcgatgtttcttatacatttgacccagaagttaaacattgta-tttgtatattagcttgttttgt 38252901  T
Q  349 gatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatat 448  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  |||| |||||||||||||||  ||  |  || ||    
T  38252900 gaaatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaaattacggaaagggaagtgaagcaggaaatgaatcaggc--tacat 38252803  T
Q  449 tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcac 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38252802 tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgttaagataattgatggtgaaactttgactctagagtctaactacaacagcaccaaggagcac 38252703  T
Q  549 actggagt 556  Q
    || |||||    
T  38252702 accggagt 38252695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 3e-80
Query Start/End: Original strand, 342 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 38213510 - 38213298
Alignment:
Q  342 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 441  Q
    ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  38213510 gttttctgaaatatgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcttctataccaagttatggaactggaaatgaagcaggaaatgaggcaaac 38213411  T
Q  442 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 541  Q
    |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||| || || ||     
T  38213410 tatat--tgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttgactctagtgtctaactacagcaacagcaa 38213313  T
Q  542 ggagcacactggagt 556  Q
    |||||||||||||||    
T  38213312 ggagcacactggagt 38213298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 342 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 38237414 - 38237202
Alignment:
Q  342 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 441  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| ||        
T  38237414 gttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatggaagggttatatgttcctctataccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagcggg- 38237316  T
Q  442 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 541  Q
     ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  38237315 -atacattgtaggaatgtccacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaacagcaccaa 38237217  T
Q  542 ggagcacactggagt 556  Q
    ||||||||| |||||    
T  38237216 ggagcacaccggagt 38237202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 342 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 38225995 - 38225783
Alignment:
Q  342 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 441  Q
    |||||| || || ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||||||| || |||||| ||  |    
T  38225995 gttttgcgaaatatgtggatcatgttttcaggatggcagagttatatgttcctctataccaagttacggaaatggaaatgaagctgggaatgagacaggc 38225896  T
Q  442 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 541  Q
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||     
T  38225895 --tacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagatagttgatggtgaaactttaactctagtgtctaactacagcagcaccaa 38225798  T
Q  542 ggagcacactggagt 556  Q
    |||||||||||||||    
T  38225797 ggagcacactggagt 38225783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 342 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 38242614 - 38242424
Alignment:
Q  342 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 441  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||  ||||  |||||||||||||| |         
T  38242614 gttttgtgaaattgatggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttccaaaccaagttatggaaatggaagcgaagcaggaaatgaagtggg- 38242516  T
Q  442 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaaca 534  Q
     ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38242515 -atacattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttcaatcaagattattgatggtgaaactttaactctagagtctaactacaaca 38242424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 352 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 38219898 - 38219738
Alignment:
Q  352 atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgt 451  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| |||||||  ||||| ||||| ||||||||| ||  |  || |||||    
T  38219898 atttatggattatgttttcaggatgagagggttatatgctcttcaataccaagatatggaaatggaaacgaagctggaaatgagacaggc--tacattgt 38219801  T
Q  452 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaac 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38219800 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctatcaagattattgatggtgaaactttaac 38219738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 48
Target Start/End: Complemental strand, 38253370 - 38253323
Alignment:
Q  1 gagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaa 48  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38253370 gagggaaatgggtgtgttcatgtaaaaaggacaagtctcccactacaa 38253323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 183 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 38242785 - 38242725
Alignment:
Q  183 atatataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatgtttaa 243  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||    
T  38242785 atatataatcccttctatttgttcatgtaatagttttcgattgaggttagcaaatgtttaa 38242725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 42
Target Start/End: Complemental strand, 38243017 - 38242976
Alignment:
Q  1 gagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctccca 42  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  38243017 gaggaaaatgggtgtgttcatgtgaagaggacaagtctccca 38242976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 38214120 - 38214072
Alignment:
Q  5 gaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 53  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38214120 gaaatggttgtgttcatgtgatgaggacaagtctcccactacaaactgg 38214072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 5 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 38226499 - 38226451
Alignment:
Q  5 gaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 53  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  38226499 gaaatggttgtgttgatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactgg 38226451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 185 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 38226122 - 38226069
Alignment:
Q  185 atataatcacctctatttgttcatgtaatagttttcaatcgagggtagcaaatg 238  Q
    |||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| |||| || ||||||    
T  38226122 atataatcacttctatttgatcatgtgatagttttcaattgaggctaacaaatg 38226069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 116; Significance: 1e-58; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 342 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 17453822 - 17453610
Alignment:
Q  342 gttttgtgatatttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacc 441  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||       
T  17453822 gttttgtgaaatttgtggattatgttttcaggatgggagagttatatgttcttctgtaccaagttatggacatggaaatgaagcaggaaatgaggca--g 17453725  T
Q  442 tatatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccag 541  Q
      || |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |  || ||||||||||||| |||||     
T  17453724 ggtacattgtaggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataattgatggtgaaattttaactcatgaatctaactacaacaacaccaa 17453625  T
Q  542 ggagcacactggagt 556  Q
     ||||| ||||||||    
T  17453624 agagcatactggagt 17453610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 352 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 17432914 - 17432724
Alignment:
Q  352 atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgt 451  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||||               || |||||    
T  17432914 atttgtggattatgttttcaggatgggagggttatatgttcttctacaccaagttatggcaatggaaatgaggcaggg--------------tacattgt 17432829  T
Q  452 aggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagcaccagggagcacact 551  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| || |||||  || ||||||    
T  17432828 aggaatgtctacttgttatcctaaaccaggttctgtcaagataaatgatggtgaaattttaactctagaatctaactacaccaacaccaaagaccacact 17432729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 17433520 - 17433468
Alignment:
Q  1 gagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 53  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  17433520 gaggaaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactacaaactgg 17433468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Complemental strand, 17454599 - 17454547
Alignment:
Q  1 gagggaaatgggtgtgttcatgtgaaaaggacaagtctcccactacaatctgg 53  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||    
T  17454599 gagggaaatggttgtgttcatgtgaagaggacaagtctcccactgcaaactgg 17454547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 371 - 521
Target Start/End: Original strand, 48989 - 49137
Alignment:
Q  371 aggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgttat 470  Q
    ||||||||| ||| ||||||  ||| | |||||  |||||||  ||||| ||||||||||||||   ||   |||| |||||||||||||||| ||||||    
T  48989 aggatgggaaggtaatatgtaattcaaaaccaaaatatggaaatggaaaggaagcaggaaatgaa--aaaggatatgttgtaggaatgtccacttgttat 49086  T
Q  471 cctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagag 521  Q
    ||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||| ||||||    
T  49087 cctcaaccaggttctatcaagatatttaatggtgaaactttaactctagag 49137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 48; Significance: 4e-18; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 444 - 531
Target Start/End: Original strand, 11475240 - 11475327
Alignment:
Q  444 tatattgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactaca 531  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||  |||||  ||||||||    
T  11475240 tatattgtaggaatgtcaacatgttaccctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgagactttaacattagagagtaactaca 11475327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 369 - 531
Target Start/End: Original strand, 11486400 - 11486560
Alignment:
Q  369 tcaggatgggagggttatatgttcttctataccaagttatggaaccggaaatgaagcaggaaatgaggcaacctatatattgtaggaatgtccacatgtt 468  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||| || ||||  |||||||  |||||   |||||||||||||  ||   |||| ||||||| ||||| |||||||    
T  11486400 tcaggatggaagagttatatgtacttcaatcccaaaatatggaaaaggaaagagagcaggaaatgag--aaaggatatgttgtaggcatgtcaacatgtt 11486497  T
Q  469 atcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactaca 531  Q
    | ||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| |||||||||    
T  11486498 accctaaaccaggttctatcaagatatttgatggtgaaaatttaacattagagactaactaca 11486560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 537
Target Start/End: Original strand, 11480655 - 11480744
Alignment:
Q  448 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctagagtctaactacaacagca 537  Q
    ||||||||||||| || ||||| |||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||  ||||| ||||| ||| |||||    
T  11480655 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctataccaggttctatcaagatatttgatggtgaaattttaactttagaggctaaccacagcagca 11480744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 448 - 519
Target Start/End: Original strand, 11463351 - 11463422
Alignment:
Q  448 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaaccctag 519  Q
    ||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||| ||||    
T  11463351 ttgtaggaatgtcaacttgttaccctaaaccaggttctatcaagttatttgatggtgaaattttaacactag 11463422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000003; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 448 - 513
Target Start/End: Original strand, 21547882 - 21547947
Alignment:
Q  448 ttgtaggaatgtccacatgttatcctaaaccaggttctgtcaagattattgatggtgaaactttaa 513  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||  || |||||||||||||||    
T  21547882 ttgtaggaatgaccacttgttatcctcaaccaggttctatcaagatacttaatggtgaaactttaa 21547947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University