View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5839-Insertion-7 (Length: 452)

Name: NF5839-Insertion-7
Description: NF5839
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5839-Insertion-7
NF5839-Insertion-7
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (13-452)||(25951182-25951620)
chr8 (13-446)||(25960439-25960871)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 338; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 452
Target Start/End: Complemental strand, 25951620 - 25951182
Alignment:
Q  13 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcagaaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951620 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcaggaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 25951521  T
Q  113 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagattctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatcctttg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  25951520 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagactctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatattttg 25951421  T
Q  213 taatcaccannnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtagttaaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgatacaactaataactcaagatcaaac 312  Q
    |||||||||                   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25951420 taatcacca-ttttttttattttattttgtaatggtagttgaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgataccactaataactcaagatcaaac 25951322  T
Q  313 acggcagatttcaagtagatactcatcttgaaatttgcattgtttgatctcgatccaacggtcactgactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 412  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951321 actgcagatttcaagtagatactcatcttgaaatctgcattgtctgatctcgatccaacggtcactaactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 25951222  T
Q  413 aaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatctgaagtg 452  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951221 aaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatctgaagtg 25951182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 446
Target Start/End: Complemental strand, 25960871 - 25960439
Alignment:
Q  13 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcagaaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960871 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcaggaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 25960772  T
Q  113 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagattctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatcctttg 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  25960771 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagactctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatattttg 25960672  T
Q  213 taatcaccannnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtagttaaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgatacaactaataactcaagatcaaac 312  Q
    |||||||||                   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25960671 taatcacca-ttttttttattttattttgtaatggtagttgaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgataccactaataactcaagatcaaac 25960573  T
Q  313 acggcagatttcaagtagatactcatcttgaaatttgcattgtttgatctcgatccaacggtcactgactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 412  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960572 actgcagatttcaagtagatactcatcttgaaatctgcattgtctgatctcgatccaacggtcactaactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 25960473  T
Q  413 aaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatct 446  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960472 gaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatct 25960439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University