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 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5839_low_13 (Length: 378)

Name: NF5839_low_13
Description: NF5839
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5839_low_13
NF5839_low_13
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-360)||(34231828-34232187)
chr5 (1-356)||(34239580-34239935)
chr5 (42-354)||(42129602-42129914)
chr5 (173-360)||(41571205-41571392)
chr5 (90-350)||(41712663-41712923)
chr5 (41-275)||(42124306-42124540)
chr5 (180-280)||(41432339-41432439)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (40-359)||(12249196-12249515)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (42-354)||(25522086-25522398)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (26-350)||(8523761-8524085)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (178-271)||(11118949-11119042)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 344; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 344; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 360
Target Start/End: Original strand, 34231828 - 34232187
Alignment:
Q  1 ttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatcta 100  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231828 ttttcaacagctagttcgttttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatcta 34231927  T
Q  101 tcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaat 200  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34231928 tcaaacaatcaacttacagggcatatcagtgcaatctcgtcctattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaat 34232027  T
Q  201 caattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34232028 caattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgta 34232127  T
Q  301 ttctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgttagtta 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34232128 ttctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgtcagtta 34232187  T

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Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 356
Target Start/End: Original strand, 34239580 - 34239935
Alignment:
Q  1 ttttcaacagctagttcattttcgtttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatcta 100  Q
    ||||||| ||||| || ||||  | ||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||  | | ||||||    
T  34239580 ttttcaaaagctaatttatttgaggttaaatgacaacttgctaaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccttctttggtacttctgtatcta 34239679  T
Q  101 tcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaat 200  Q
    |||||||||| | ||||||||| |||||||| |||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| ||   ||||||||||||||  |||||||| | |    
T  34239680 tcaaacaatcgacttacagggcctatcagtgaaatctcatcatattccttagagtatctatctctatgcaacaacaagctacaaggtgatattccaaatt 34239779  T
Q  201 caattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgta 300  Q
    ||||||||||||||| |||  ||  |  | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   ||||||||||| ||| |    
T  34239780 caattttcaaccttgcaaacctaattacactatgtctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaagactttacaaaacttcaaaaattgga 34239879  T
Q  301 ttctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgtta 356  Q
    |||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  34239880 ttctctgtccctttcacataatagccaattatcactaaactttgaatacaatgtta 34239935  T

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Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 42 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 42129914 - 42129602
Alignment:
Q  42 taaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtc 141  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||   |||| |  |||||  ||||||||| ||||   ||||| ||||||||| ||||||||| ||    
T  42129914 taaatggaacaattccttcctccttgttatctttgccgtctttggttcatttagttctatcaaataatcgtcttacaaggcatatcactgcaatctcatc 42129815  T
Q  142 gtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatca 241  Q
     ||||| ||| ||   ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||| || |  |||||||||||    
T  42129814 atattccttaaagaagctagatctaagcggcaacaagctacaaggcaatattccaaaatctattttcaaccttgcaaacttaactttgctagatctatca 42129715  T
Q  242 tcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacct 341  Q
    |||||||||||||||| |||| |  ||||||||||||||  |||||||||| ||||| |  || |||| |||||||| ||||  ||||||||| |||| |    
T  42129714 tcaaacaacttgagtgatgttattgattttcaacacttttccaaacttcaatatttgaaaactctgtcactttcacataatagccaattatcattaacat 42129615  T
Q  342 ttgaatccaatgt 354  Q
    ||||| |||||||    
T  42129614 ttgaacccaatgt 42129602  T

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Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 173 - 360
Target Start/End: Original strand, 41571205 - 41571392
Alignment:
Q  173 aacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttc 272  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||  || ||  | ||   || ||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  41571205 aacaagctacaaggcgatattcctgaatctattttcaaccttgtaaacctaactacactatgcctgtcatcaaacaacttgagtggtattgtcaatttta 41571304  T
Q  273 aacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatccaatgttagtta 360  Q
    || |||||  |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||  ||||||||||  | ||||||||||||||| |||||    
T  41571305 aatacttttccaaacttcaaaatttgaattctctgtccctttcacataatagtcaattatcaccgaactttgaatccaatgtcagtta 41571392  T

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Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 7e-34
Query Start/End: Original strand, 90 - 350
Target Start/End: Original strand, 41712663 - 41712923
Alignment:
Q  90 atttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaa 189  Q
    ||||| |||||||||| || | | ||| ||||||||||| ||||||||| || ||||| |||||||  ||| |||||  ||| ||||| ||| |||||||    
T  41712663 atttagatctatcaaataaccgacttatagggcatatcattgcaatctcatcatattccttagaggagctatatctattcggcaacaaactagaaggcaa 41712762  T
Q  190 tattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaactt 289  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||  || ||  | |||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||| ||||   | |||||    
T  41712763 tattccagaatcaattttcaaacttataaacctaactagactagacctatcatcaaacaacttcagtggtgttgttgattttcaatacttctccgaactt 41712862  T
Q  290 caaaat-ttgtattctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacctttgaatcca 350  Q
    |||||| | ||| ||| ||||||||||||  ||||  ||||| ||||||| |||||||||||    
T  41712863 caaaatctagta-tctctgtccctttcacttaataatcaattgtcactaaactttgaatcca 41712923  T

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Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 41 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 42124540 - 42124306
Alignment:
Q  41 ctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgt 140  Q
    ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||  ||||  || |||| |||||||| | |||| | |||||||||||||||||| ||| || |    
T  42124540 ctaaatggaacagttccttcctccttgttatctttgccttctttggcaattttagatctatcatataatcgacttacagggcatatcagtgaaatatcat 42124441  T
Q  141 cgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatc 240  Q
    | ||||| ||| |    |||| |||| ||   |||| |||||||||||||||||| || || |||||||||||   |||  || ||   |||  ||||||    
T  42124440 catattctttaaacatgctaactctaagcaacaacaggctacaaggcaatattcctgagtccattttcaacctaacaaaactatctcacttaattctatc 42124341  T
Q  241 atcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaac 275  Q
     || ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  42124340 ttcgaacgacttgagtggtcttgtcaattttcaac 42124306  T

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Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 180 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 41432439 - 41432339
Alignment:
Q  180 tacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactt 279  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  ||   ||   |||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |||    
T  41432439 tacaaggaaatattccagaatcacttttcaaccttgtaaaccttactaacttgtgtctatcttcaaataacttgagtggttttgtcaattttaaactctt 41432340  T
Q  280 t 280  Q
    |    
T  41432339 t 41432339  T

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Target: chr2 (Bit Score: 116; Significance: 6e-59; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 40 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 12249515 - 12249196
Alignment:
Q  40 tctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcg 139  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||  ||||  | || || | || |||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||     
T  12249515 tctaaacggaacaattcctcccaccttgttatctttgccttctttggaacatctagagctgtcaaacaatcgatttacaggacatatcagtgcaatctca 12249416  T
Q  140 tcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctat 239  Q
    ||||||||||||||  | ||| |||||   ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||  ||   || ||  | ||||| |||    
T  12249415 tcgtattcgttagatacgctatatctatctggtaacaagctacaaggcaatattccaaaatccattttcaaccttacaaccctaactagactagatttat 12249316  T
Q  240 catcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaac 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||  |||||||||    |||| || | ||||||||||||| ||||  ||||||||||||||    
T  12249315 catcaaacaacttgagtggtgttgttgattttcaactcttttccaaacttcattggttgttttttctgtccctttcacataatagccaattatcactaac 12249216  T
Q  340 ctttgaatccaatgttagtt 359  Q
    ||||||||||||||| ||||    
T  12249215 ctttgaatccaatgtcagtt 12249196  T

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Target: chr6 (Bit Score: 86; Significance: 5e-41; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 42 - 354
Target Start/End: Original strand, 25522086 - 25522398
Alignment:
Q  42 taaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcatatcagtgcaatctcgtc 141  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| || ||||||||||||| ||||||| | |||||||   ||||||||||| ||| ||    
T  25522086 taaatggaacaattccttcctctttgttatctttgccttctttggtatatttatatctatctaacaatcgacttacaggatctatcagtgcaacctcatc 25522185  T
Q  142 gtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatca 241  Q
     ||||| ||||||  | ||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||  |||  || ||    ||  ||||||     
T  25522186 atattccttagagagtttaaatctatacaacaacaagctacaaggcaatattccagaatccattttcaatcttacaaacctaactaatctaattctatct 25522285  T
Q  242 tcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaactt-caaaatttgtattctttgtccctttcacagaatacacaattatcactaacc 340  Q
    | |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||  ||| ||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||| |    
T  25522286 ttaaacgacttgagtggttttgtcaattttcaacacttttccaaacttacaaatcttcgatt-tttatccctttcatggaatactcaattgtcactaaac 25522384  T
Q  341 tttgaatccaatgt 354  Q
    || |||||||||||    
T  25522385 ttcgaatccaatgt 25522398  T

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Target: chr3 (Bit Score: 81; Significance: 5e-38; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 26 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 8524085 - 8523761
Alignment:
Q  26 ttaaatgacaaccgtctaaacggaacaattccttcctctttgttatctttgcctcgtttgctaaatttatatctatcaaacaatcaaattacagggcata 125  Q
    ||||||||||||   ||||| || ||||||||| |||| |||||||| |||||   |||||||   ||| || ||||||| |||||| |||||||| |||    
T  8524085 ttaaatgacaacttgctaaatggtacaattcctccctccttgttatccttgccatttttgctagtattagatttatcaaataatcaacttacagggaata 8523986  T
Q  126 tcagtgcaatctcgtcgtattcgttagaggctctaaatctaggcggtaacaagctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagc 225  Q
    |||| |||||||| || ||||| ||||||  ||||  |||| |    |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  ||      
T  8523985 tcagcgcaatctcatcatattccttagagtttctatctctaagtaacaacaggctacaaggcaatattccagaatccattttcaaccttgcaaacctaag 8523886  T
Q  226 tgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaattttcaacactttggcaaacttcaaaatttgtattctttgtccctttcacagaataca 325  Q
    |  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||  ||| |||||| ||||| | | ||||   |||||| | ||||      
T  8523885 tagactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttccaaaacatttccaaccttcaacatttgaaatttttgcagctttcagataatagc 8523786  T
Q  326 caattatcactaacctttgaatcca 350  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||    
T  8523785 caattatcagtaaactttgaatcca 8523761  T

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Target: chr4 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 178 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 11119042 - 11118949
Alignment:
Q  178 gctacaaggcaatattccagaatcaattttcaaccttgtaaatttagctgtattagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 271  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||||| |||   |||  ||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11119042 gctacaaggcaatattccagaatgcattttcagcctaacaaagctagatgaactagatctatcatcaaacaacttgagtggtgttgtcaatttt 11118949  T

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