View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5840-Insertion-1 (Length: 1063)

Name: NF5840-Insertion-1
Description: NF5840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5840-Insertion-1
NF5840-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-881)||(9170700-9171573)
[»] chr1 (17 HSPs)
chr1 (405-842)||(9299692-9300130)
chr1 (93-842)||(9257580-9258328)
chr1 (157-836)||(9466811-9467487)
chr1 (390-842)||(9363980-9364433)
chr1 (390-842)||(9337121-9337574)
chr1 (387-842)||(9242611-9243066)
chr1 (515-842)||(8939085-8939413)
chr1 (515-842)||(8962012-8962340)
chr1 (515-842)||(8926659-8926987)
chr1 (554-839)||(9437843-9438129)
chr1 (554-839)||(9420760-9421046)
chr1 (689-824)||(8861890-8862026)
chr1 (692-777)||(9070048-9070133)
chr1 (692-833)||(9236488-9236630)
chr1 (692-837)||(9377603-9377749)
chr1 (692-804)||(8979311-8979423)
chr1 (237-329)||(9299526-9299618)
[»] scaffold0690 (1 HSPs)
scaffold0690 (488-839)||(1287-1639)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (388-839)||(15910467-15910919)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 791; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 791; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 881
Target Start/End: Original strand, 9170700 - 9171573
Alignment:
Q  9 tgaaccttcctattttaatagttttttcaattgttcttcagtactacatctcaggcaagacaatattgtaatgcacggtacgatagatatggcatcttgt 108  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9170700 tgaaccttcctattttaatagtttcttcaattgttcttcagtactgcatctcaggcaagacaatattataatgcatggtacgatagatatggcatcttgt 9170799  T
Q  109 ccaatttatgtcgctgattcgacaatcgaaaatatcatccaatctgacttagtatactgcatcaaactgtttgaccgtagttctctattctctgcgttta 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170800 ccaatttatgtcgctgattcgacaaacgaaaatatcatccaatctgacttagtatactgcatcaaactgtctgaccgtagttctctattctctgcgttta 9170899  T
Q  209 acattcaatacaaccatctcccgatgacatggtctggaacaaattttgacataagatgcttgaaatgtgagaacaaaacaaagaagaggataacactcat 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9170900 acattcaatacaaccatctcccgatgacatggtctggaacaaattttgacataagatgcttgaaatgtgagaacaaaacaaagaagaggataacactcat 9170999  T
Q  309 tactttaacctcggcaggtgagggcgagacaaccttttgttcgtgtcctcaatttcgtttttattataaagctgaaatttttaaggatattgaatgttaa 408  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171000 tactttaacctcagcaggtgagagcgagacaaccttt-gttcgtgtcctcaatttcatttttattataaagctgaaatttttaaggatattgaatgttaa 9171098  T
Q  409 atttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaagatgaagggcgaagatcataaa 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  9171099 atttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtgcttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcatcatttcaagatgaaaggcgaagatcataaa 9171198  T
Q  509 agaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttag 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171199 agaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttag 9171298  T
Q  609 gcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagtt 708  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9171299 gcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagttggtgttaagatgctaaataacacagagggagatgggaaggagtt 9171398  T
Q  709 cataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgat 808  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171399 cataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgat 9171498  T
Q  809 tttttccc-aatggttctttgcagaaattcatttcaatgacag-agagggagacaaagatagtttccttagatgg 881  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9171499 tttttcccaaatggttctttgcagaaattcatttcaatgacagaagagggagacaaagatagtttccttagatgg 9171573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 299; Significance: 1e-167; HSPs: 17)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 299; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 405 - 842
Target Start/End: Original strand, 9299692 - 9300130
Alignment:
Q  405 ttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaagatgaagggcgaagatca 504  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| | | |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  9299692 ttaaatttacaggtgtaataatcggtttaactttgctagtgcttatgctcggtgctattattcgaattcatcgccatttcaagatgaaaggcgaagatca 9299791  T
Q  505 taaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataag 604  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  9299792 tgaaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataag 9299891  T
Q  605 ttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaagg 704  Q
     | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | |||||||||||| |||||| | || |||||||||||||    
T  9299892 atcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagtcaaattcaagttgctgttaagatgctcaataacgctgaaggagatgggaagg 9299991  T
Q  705 agttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtcta 804  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9299992 agttcataaatgaagtgggaacaatgggcaaaatccaccatctcaatgttgtccgtttgcttggcttttgtgccgatggatttcatcgtgctctagtcta 9300091  T
Q  805 tgattttttcccaa-tggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    ||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  9300092 tgacttcttcccaagtggttcgttgcagaaattcatttc 9300130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 93 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 9258328 - 9257580
Alignment:
Q  93 agatatggcatcttgtccaatttatgtcgctgattc-gacaatcgaaaatatcatccaatctgacttagtatactgcatcaaactgtttgaccgtagttc 191  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||| ||||| |||  | ||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    |||    
T  9258328 agatatgatatcttgtccaatttatgtcgccgattcagacctt-gaaaatatcgttgaatctgacttagtatactgcatcaaattgtttgatcacgtttc 9258230  T
Q  192 tctattctctgcgtttaacattcaatacaaccatctcccgatgacatggtctggaacaaattttgacataagatgcttgaaatgtgagaacaaaacaaag 291  Q
       |||   ||| | ||  ||||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  | ||| | |||    
T  9258229 ctcatttgatgcatctactattcaatacaaccgtctctcgttgacatggtcgggaacaaattttgacataggatgcttgaaatgtgaacataaatcgaag 9258130  T
Q  292 aagaggataacactcattactttaacctcggcaggtgagggcgagacaaccttttgttcgtgtcct--caatttcgtttttattataaagctgaaatttt 389  Q
    |||| ||| ||| || ||| |||| |||| |||| ||||   | ||  |   ||| ||| |||| |  ||||||| ||| |||||||||  ||| |||||    
T  9258129 aagaagattacattcgttattttatcctctgcagatgagactgcgatga---ttttttcctgtcatttcaatttcctttgtattataaatatgagatttt 9258033  T
Q  390 taaggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaagat 489  Q
    | || ||||||||||||| |  |||| |||| || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||| | | |||| ||||||||||||    
T  9258032 tcagaatattgaatgttatacatgcatgtgttattattggttcaactttactagtgcttgtacttggtgctattgttcgaattcatcgccatttcaagat 9257933  T
Q  490 gaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaat 589  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||     
T  9257932 gaaaggcgaagatcatgaaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccagattctcctatgctgacatcaagagaattacaaac 9257833  T
Q  590 aaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacgg 689  Q
    ||||||||||||||| | || ||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||| | |||||||||| | |||||| | |    
T  9257832 aaatttaaggataagatcggagaaggagctcaaggagctgtttacaaagg-caattatcaagtcaaattctagttgctgttaagatgatcaataacgcag 9257734  T
Q  690 agggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttca 789  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9257733 aaggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggtaaaatccaccatctcaatgctgtccgcttgcttggcttttgtgccgatggatttca 9257634  T
Q  790 tcgtgctctagtctatgattttttccc-aatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    |||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  9257633 tcgtgctctagtctatgacttcttcccaaatggttcgttgcagaaattcatttc 9257580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 157 - 836
Target Start/End: Complemental strand, 9467487 - 9466811
Alignment:
Q  157 ttagtatactgcatcaaactgtttgaccgtagttctctattctctgcgtttaacattcaatacaaccatctcccgatgacatggtctggaacaaattttg 256  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| ||| ||||| | || ||||||| |||||| ||||    |||||||||| |||||||||||||    
T  9467487 ttagtatactgcaccaaactgtttgaccgtgtttctccattttctgcatatagcattcaagacaaccgtctcttattgacatggtcaggaacaaattttg 9467388  T
Q  257 acataagatgcttgaaatgtgagaacaaaacaaagaagaggataacactcattactttaacctcggcaggtgagggcgagacaaccttttgttcgtgtcc 356  Q
    ||||| |||||||||||||| |  | ||| |||||||||    |||| |  | | ||||  ||| ||||||||| | ||  || |  ||| ||| |||||    
T  9467387 acataggatgcttgaaatgtaaacataaatcaaagaagac---aacattagtaattttattctctgcaggtgagagtgaagcatc--tttattcctgtcc 9467293  T
Q  357 -tcaatttcgtttttattataaagctgaaatttttaaggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcg 455  Q
     | |||||| ||||||||| | | |||  ||   | ||||||||||||||| |||||| ||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  9467292 cttaatttcatttttattaaataactgcgatgagttaggatattgaatgtttaatttgtaggtggaatcatcggttcaactttgctattacttgttctcg 9467193  T
Q  456 gtgctattgttcaagtccatcaccatttcaagatgaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccag 555  Q
    |  | ||||||| | |  ||| | ||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9467192 gcaccattgttcgaatttatcgctatttcaagatgaaaggcgaagatcatgtaagaatcgaaaactttttgaaggattataaggctttaaagccaaccag 9467093  T
Q  556 attctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaa 655  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  9467092 attctcctatgctgacataaagagaattacaaacaaatttaaggataagatcggagaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattgtcaagccaa 9466993  T
Q  656 attctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttg 755  Q
    ||||| || |  ||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
T  9466992 attctcgttgccgttaagatgctcaataacactgagggagatggtaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggaaaaatccatcatcttaatgttg 9466893  T
Q  756 tccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgat-tttttcccaatggttctttgcagaaatt 836  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| | || | | ||||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||    
T  9466892 tccgtttgcttggcttctgcgctgatggattttaccgcggtttagtctacgatctttttccaagtggttctttgcagaaatt 9466811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 390 - 842
Target Start/End: Original strand, 9363980 - 9364433
Alignment:
Q  390 taaggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaagat 489  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||| |||||| |||| || |||||  | ||   |||| ||||| |  ||| | |||| |||||    
T  9363980 taaggatattgaatgtttaatttgtaggtgcaatgattggctcaactgtgcttgttcttgtatttggatttatttttcaaatatatcgctattttaagat 9364079  T
Q  490 gaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaat 589  Q
    |||  |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  9364080 gaaaagcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttaaagagaattacaaat 9364179  T
Q  590 aaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacgg 689  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| |  || ||||| || ||||| ||      
T  9364180 aaatttaaagataagataggcgaaggggctcatggagctgtttataaaggtaagttatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatacaa 9364279  T
Q  690 agggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttca 789  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| ||||     
T  9364280 aggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaattcaccatctcaatgtcgttcgtttgcttggcttctgcgcagatggttttcg 9364379  T
Q  790 tcgtgctctagtctatga-ttttttcccaatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  9364380 tcgtgctttagtctatgactttttttcaaatggttcgttgcagaaattcatttc 9364433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 390 - 842
Target Start/End: Original strand, 9337121 - 9337574
Alignment:
Q  390 taaggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaagat 489  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||| ||||| |||||| |||| || |||||  | ||   |||| ||||| |  ||| | |||| |||||    
T  9337121 taaggatattgaatgtttaatttgtaggtgcaatgattggctcaactgtgcttgttcttgtatttggatttatttttcaaatatatcgctattttaagat 9337220  T
Q  490 gaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaat 589  Q
    |||  |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || ||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||    
T  9337221 gaaaagcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagtgctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttaaagagaattacaaat 9337320  T
Q  590 aaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacgg 689  Q
    |||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| | |||||||||||| |  || ||||| || ||||| ||      
T  9337321 aaatttaaagataagataggcgaaggggctcatggagctgtttataaaggtaagttatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatacat 9337420  T
Q  690 agggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttca 789  Q
    ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||     
T  9337421 aggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaattcaccatctcaatgtcgttcgtttgctcggcttctgcgcagatggttttcg 9337520  T
Q  790 tcgtgctctagtctatga-ttttttcccaatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||    
T  9337521 tcgtgctttagtctatgactttttttcaaatggttcgttgcagaaattcatttc 9337574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 181; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 387 - 842
Target Start/End: Complemental strand, 9243066 - 9242611
Alignment:
Q  387 ttttaaggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaa 486  Q
    |||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| || ||| |||| || |||||  | |||  |||| || || |  ||||| |||| ||    
T  9243066 ttttaaggatgttgaatgttaa-tttgtaggtgcaatcattggctctactgtgcttgttcttgtatttggttttatttttaaaatatatcactattttaa 9242968  T
Q  487 gatgaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcaca 586  Q
    ||||||  | |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||||||||| |||    
T  9242967 gatgaaaagtgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacataaagagaattaca 9242868  T
Q  587 aataaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataaca 686  Q
    ||||||||| | |||||| ||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |  || ||||| || |||||      
T  9242867 aataaatttgaagataagataggcgaagggactcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatg 9242768  T
Q  687 cggagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatt 786  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  9242767 cagaggaagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaagattcatcatctaaatgtcgttcgtttgcttggctactgcgcggatggatt 9242668  T
Q  787 tcatcgtgctctagtctatgattttttccc-aatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    ||  |||||| |||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  9242667 tcgccgtgctttagtctatgactttttcccaaatggttcgttgcagaaattcatttc 9242611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 515 - 842
Target Start/End: Original strand, 8939085 - 8939413
Alignment:
Q  515 gaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttaggcgaag 614  Q
    ||||||||||||||||||||| | || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||| || |||| || || ||| |||| ||||    
T  8939085 gaaaactttttgaaggattacgaagcgtcaaagccaacaagattttcttatgcagatatcaagagaattacagatcaattcaaagaaaagctaggggaag 8939184  T
Q  615 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagttcataaa 714  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||| || |  || |||||||| | ||| || |||||||||||||  |||||||||||    
T  8939185 gagctcatggagctgtctataaaggtaaattatcgagtcaaattcttgttgccgtgaagatgcttagtaataccgagggagatgggagagagttcataaa 8939284  T
Q  715 tgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgattttttc 814  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || ||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||| | || ||||| ||||||    
T  8939285 tgaagtgggaactatgggaaaaattcatcatgttaatgttgtccggttgcttggcttttgtgccgatggattttatcgtgctttggtttatgactttttc 8939384  T
Q  815 cc-aatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    || |||||||| ||||| || ||||||||    
T  8939385 ccaaatggttcattgcaaaatttcatttc 8939413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 515 - 842
Target Start/End: Original strand, 8962012 - 8962340
Alignment:
Q  515 gaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttaggcgaag 614  Q
    ||||||||||||||||||||  | || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||  || |||| ||||| ||| | |||||||    
T  8962012 gaaaactttttgaaggattatgaagcgtcaaagccaactagattttcttatgccgatatcaagagaattactgatcaattcaaggaaaagctgggcgaag 8962111  T
Q  615 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagttcataaa 714  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || | ||| |||||||| ||||| || || ||||||||||  |||||||||||    
T  8962112 gagctcatggagctgtctacaaaggtaaattatcgagtcaaattcttgttgctgtgaagatgcttaataatacagaaggagatgggagagagttcataaa 8962211  T
Q  715 tgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgattttttc 814  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||| | || ||||| ||||||    
T  8962212 tgaagtaggaactatgggaaaaatccatcatgttaatgttgtccggttacttggcttttgcgctgatggattttatcgtgctttggtttatgactttttc 8962311  T
Q  815 cc-aatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    || |||||||| ||||| || ||||||||    
T  8962312 cctaatggttcgttgcaaaatttcatttc 8962340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 515 - 842
Target Start/End: Original strand, 8926659 - 8926987
Alignment:
Q  515 gaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttaggcgaag 614  Q
    ||||||||||||||||||||  | || | ||||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| ||  || | || || || ||| |||||||||    
T  8926659 gaaaactttttgaaggattatgaagcgtcaaagccaactagattttcttatgcagatatcaagagaattacggatcagttcaaagaaaagctaggcgaag 8926758  T
Q  615 gagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagttcataaa 714  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||||||| |  |||||| | || | ||| |||||||| | ||| || |||||||||||||  |||||||||||    
T  8926759 gagctcatggagctgtctataaaggtaaattatcgaatcaaattatggttgctgtgaagatgcttagtaatacagagggagatgggagtgagttcataaa 8926858  T
Q  715 tgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgattttttc 814  Q
    ||| |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || ||||| ||||||    
T  8926859 tgaggtgggaactatgggaaaaatccatcatgttaatgttgttcggttgcttggcttttgtgccgatggattttatcgtgctctggtttatgactttttc 8926958  T
Q  815 cc-aatggttctttgcagaaattcatttc 842  Q
    || |||||||| ||||| || ||||||||    
T  8926959 ccgaatggttcgttgcaaaacttcatttc 8926987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 67; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 554 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 9438129 - 9437843
Alignment:
Q  554 agattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagcc 653  Q
    |||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |       
T  9438129 agattctcttatgctgatataaagaggattacaaataattttagggaagagttaggtgaaggagctcatggtgcagttttcaaaggtaaattatctaatg 9438030  T
Q  654 aaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgt 753  Q
    ||||||| || | ||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||||  | ||||||| ||||| || ||  | |||||    
T  9438029 aaattcttgtggctgtgaagatgcttaaaaacaccgagggcgatggaaaagagttcattaacgaagtgaaagctatgggaaaaattcatcacatcaatgt 9437930  T
Q  754 tgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgattt-tttcccaatggttctttgcagaaattcat 839  Q
    ||| || ||| |||| ||||||||||||||||   | |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  9437929 tgttcgcttggttggattttgcgccgatggatcctaccgtgctcttgtttataatttctttccaaatggttcgttacagaacttcat 9437843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 63; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 554 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 9421046 - 9420760
Alignment:
Q  554 agattctcctatgcggacataaagagaatcacaaataaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagcc 653  Q
    |||||||| ||||  || |||||||| || |||||||| |||| |||  ||||||| |||||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |       
T  9421046 agattctcttatgttgatataaagaggattacaaataattttagggaagagttaggtgaaggagctcatggtgcagttttcaaaggtaaattatctaatg 9420947  T
Q  654 aaattctagtcggtgttaagatgctaaataacacggagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgt 753  Q
    ||||||| || | ||| |||||||| || ||||| ||||| ||||| || |||||||| || ||||||  | ||||||| ||||| || ||  | |||||    
T  9420946 aaattcttgtggctgtgaagatgcttaaaaacaccgagggcgatggaaaagagttcattaacgaagtgaaagctatgggaaaaattcatcacatcaatgt 9420847  T
Q  754 tgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatcgtgctctagtctatgattt-tttcccaatggttctttgcagaaattcat 839  Q
    ||| || ||| |||| ||||||||||||||||   | |||||||| || ||| |||| ||||| |||||||| || ||||| |||||    
T  9420846 tgttcgcttggttggattttgcgccgatggatcctaccgtgctcttgtttataatttctttccaaatggttcgttacagaacttcat 9420760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 689 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 8862026 - 8861890
Alignment:
Q  689 gagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttc 788  Q
    |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | || || || |||||||||||||| ||||| |||||| |||    
T  8862026 gagggagaagggaaagagttcatcaatgaagtgggaattatgggcaaaatccaccacatcaacgtggttcgtttgcttggcttctgcgcagatggaattc 8861927  T
Q  789 atcgtgctctagtctatgattt-tttcccaatggttc 824  Q
    | || ||||| |||||  |||| ||||| ||||||||    
T  8861926 accgcgctcttgtctacaatttatttccaaatggttc 8861890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 692 - 777
Target Start/End: Complemental strand, 9070133 - 9070048
Alignment:
Q  692 ggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgc 777  Q
    ||||| ||||| |||||||| | |||||||| || |||||||||||| |||||| | ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  9070133 ggagaagggaaagagttcatcactgaagtggaaattatgggcaaaattcaccatatcaatgtggttcgtttgcttggcttttgcgc 9070048  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 692 - 833
Target Start/End: Complemental strand, 9236630 - 9236488
Alignment:
Q  692 ggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatc 791  Q
    |||||||| || || ||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||| || || || || ||||| || |||||||| || |    
T  9236630 ggagatggaaacgatttcatcaacgaagtcggaactatgggaaaaattcatcatgtcaatgttgttcgcttactcggattttgtgctgatggattccacc 9236531  T
Q  792 gtgctctagtctatgattt-tttcccaatggttctttgcagaa 833  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  9236530 gtgctcttgtctatgatttctttccgaatggctccttgcagaa 9236488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 692 - 837
Target Start/End: Original strand, 9377603 - 9377749
Alignment:
Q  692 ggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatc 791  Q
    |||||||| || || ||||| ||||||||  |||||||||| ||||| || ||| | |||||||| || ||||| || || || || |||||||| || |    
T  9377603 ggagatggaaacgatttcatcaatgaagtccgaactatgggaaaaattcatcatttcaatgttgttcgcttgctcggattctgtgctgatggattccacc 9377702  T
Q  792 gtgctctagtctatgattt-tttcccaatggttctttgcagaaattc 837  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||||||    
T  9377703 gtgctcttgtctatgatttctttccaaatgggtcgttgcaaaaattc 9377749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 692 - 804
Target Start/End: Complemental strand, 8979423 - 8979311
Alignment:
Q  692 ggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggatttcatc 791  Q
    ||||| ||||| |||||||| |  |||||||||| |||||| |||||||||||  | |||||||| || ||||||||||| || || || ||| ||||||    
T  8979423 ggagacgggaaagagttcattagcgaagtgggaattatgggaaaaatccaccacatcaatgttgttcgattgcttggcttctgtgcagagggaattcatc 8979324  T
Q  792 gtgctctagtcta 804  Q
    ||| ||| |||||    
T  8979323 gtgttcttgtcta 8979311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 237 - 329
Target Start/End: Original strand, 9299526 - 9299618
Alignment:
Q  237 atggtctggaacaaattttgacataagatgcttgaaatgtgagaacaaaacaaagaagaggataacactcattactttaacctcggcaggtga 329  Q
    ||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||| ||| ||| |||||  || |||||| |||| |||| ||||||||    
T  9299526 atggtatggaacaaattttgacttaggatgcttgaaatgtgaacacaaagcaatgaaaaggattgcattcattattttatcctctgcaggtga 9299618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0690 (Bit Score: 185; Significance: 1e-99; HSPs: 1)
Name: scaffold0690
Description:

Target: scaffold0690; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 488 - 839
Target Start/End: Original strand, 1287 - 1639
Alignment:
Q  488 atgaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaa 587  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||||| ||||    
T  1287 atgaaaggcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttgaagagaattacaa 1386  T
Q  588 ataaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacac 687  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |  || ||||| || |||||  |    
T  1387 ataaatttaaagataagataggggaaggggctcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatgc 1486  T
Q  688 ggagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggattt 787  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  1487 agagggagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaatccaccatctcaatgtcgttcgtttgcttggcttttgcgcagatggtttt 1586  T
Q  788 catcgtgctctagtctatga-ttttttcccaatggttctttgcagaaattcat 839  Q
    | ||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  1587 cgtcgtgctttagtttatgacttttttccaaatggttcgttacagaaattcat 1639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 173; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 388 - 839
Target Start/End: Complemental strand, 15910919 - 15910467
Alignment:
Q  388 tttaaggatattgaatgttaaatttgcaggtgtaataattggttcaactttgctagtacttgtgctcggtgctattgttcaagtccatcaccatttcaag 487  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||| |||||||| || || ||| |  | ||| | ||| ||||| |  ||    || | ||     
T  15910919 tttaatgatattgaatgtttaatttgtaggtgtaatcattggctcaacttttcttgttcttctatttggttccatttttcaaatatatagatatgttaaa 15910820  T
Q  488 atgaagggcgaagatcataaaagaatcgaaaactttttgaaggattacaaggctttaaagccaaccagattctcctatgcggacataaagagaatcacaa 587  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| ||||| ||| | |||||| | ||||    
T  15910819 atgaaaggcgaagatcatacaagaattgaaaactttttgaaggattacagggctttaaagccaactaggttctcttatgcagacttgaagagatttacaa 15910720  T
Q  588 ataaatttaaggataagttaggcgaaggagctcatggagctgtttacaaaggtaaattatcaagccaaattctagtcggtgttaagatgctaaataacac 687  Q
    |||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||| |  || ||||| || |||||  |    
T  15910719 ataaatttaaagataagataggggaaggggctcatggagctgtttataaaggtaaattatcgaaccaaattctagtagccgtgaagattcttaataatgc 15910620  T
Q  688 ggagggagatgggaaggagttcataaatgaagtgggaactatgggcaaaatccaccatctaaatgttgtccgtttgcttggcttttgcgccgatggattt 787  Q
     ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||||||| | ||||| |||    
T  15910619 agagggagatgggaaggaattcataaatgaagtgggaaccatgggcaaaatccaccatctcaatgtcgttcgtttgctcggcttttgctcagatggtttt 15910520  T
Q  788 catcgtgctctagtctatga-ttttttcccaatggttctttgcagaaattcat 839  Q
    ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||    
T  15910519 catcgtgctttagtttatgacttttttccaaatggttcgttacaaaaattcat 15910467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University