View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5840-Insertion-3 (Length: 948)

Name: NF5840-Insertion-3
Description: NF5840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5840-Insertion-3
NF5840-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-948)||(41034475-41035395)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 783; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 783; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 948
Target Start/End: Original strand, 41034475 - 41035395
Alignment:
Q  8 atgtctttactcaaatttcatggcctctattagcatattcaattgtgtattcctaatcaactaacctacgcaaacctttattatcgtacattcaatttgt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41034475 atgtctttactcaaatttcatggcctctattagcatattcaattgtgtattcctaatcagccaacctacgcaaacctttattatcgtacattcaatttgt 41034574  T
Q  108 aatgtgtaagttgtaactaataactatgcaacatttctggaagggcattgtaaactttgtgataaaatatgatatgtaactatgcatgatattgcattgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41034575 aatgtgtaagttgtaactaa---ctatgcaacatttctggaagggtattgtaaactttgtgataaaatatgatatgtaactatgcatgatattgcattgt 41034671  T
Q  208 agtctagacacttgtggaattggtgaatgtgtgttgtggtaattatgataggaaaacatcaattacaaggtgtttctatggttaatatttctttctattt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41034672 agtctagacacttgtggaattggtaaatgtgtgttgtggtaattatgataggaaaacatcaattacaaggtgtttctatggttaatatttctttctattt 41034771  T
Q  308 gtaaaaacagctgggttggaaattaggtggtgtgtttaggtgaaggattaggagtaattatgttatgtgtatgtgtattttgtgattggtagtttatttt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41034772 gtaaaaacagctgggttggaaattaggtggtgtgtttaggtgaaggattaggagtaattatgttatgtgtatgtgtattttgtgattggtagtttatttt 41034871  T
Q  408 tgagtggtgatgttatgttatgtaactacttggtttaatgaagaagaattttgcatttcagatctccttgtaatccattttctattgttcttggtatttt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41034872 tgagtggtgatgttatgttatgtaactacttggtttaatgaagaagaattttgcatttcagatctccttgtaatccattttctattgttcttggtatttt 41034971  T
Q  508 ttgctatttactcaatctttcatttgccttaaaaggacagactcatgaaagcaatatgaaaaccctaaattcatcatgtatcatgaactccctttgccaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41034972 ttgctatttactcaatctttcatttgccttaaaagggcagactcatgaaagcaatatgaaaaccctaaattcatcatgtatcatgaactccctttgccaa 41035071  T
Q  608 tgtatccaccaccagaataaaaatattgtatcaaactcagtcatttccttaacaaatgatgttttaccttttagtttttgattcgaaacagttcatgttc 707  Q
    | |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41035072 tctat---ccaccagaataaaaatattgtatcaaactcagtcatttccttaacaaatgatgttttaacttttagtttttgattcgaaacagttcatgttc 41035168  T
Q  708 acaattttaatgtctaagcaacacannnnnnnctcttcaattatgctaagaaatctgcgatgcaagatgtattagtccaatgaagatgttgcaatggtgt 807  Q
    |||||||||||||||||||             ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41035169 acaattttaatgtctaagc----------tttctcttcaattatgctaagaaatctgcgatgcaagatgtattagtccaatgaagatgttgcaatggtgt 41035258  T
Q  808 tacttattgggatatagtcattaaagaccaacacagtagtgtggttatcttagcttgtgaaacagaggaaaatttgttgttgatcctacttcttttctga 907  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||   |||||||    
T  41035259 tacttattgggatatagtcattaaagaccaacacagtagtgttgttatcttagcttgtgaaacagagg-aaatttg-tgttgatcctact--ctttctga 41035354  T
Q  908 agcttttgccatgg-gcgcgtgactttcaatagcaaggaatc 948  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||||    
T  41035355 agcttttgccatggcgcg-gtgacttcaaatagcaaggaatc 41035395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University