View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5840_low_1 (Length: 1067)

Name: NF5840_low_1
Description: NF5840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5840_low_1
NF5840_low_1
[»] chr5 (12 HSPs)
chr5 (11-1048)||(41522899-41523936)
chr5 (593-1048)||(41513935-41514390)
chr5 (11-339)||(41514656-41514985)
chr5 (339-451)||(41514390-41514502)
chr5 (62-248)||(41469011-41469208)
chr5 (45-223)||(41503249-41503425)
chr5 (968-1048)||(33080672-33080749)
chr5 (704-868)||(41507873-41508041)
chr5 (712-811)||(41517523-41517626)
chr5 (903-964)||(33080741-33080801)
chr5 (933-968)||(41468444-41468479)
chr5 (161-190)||(41703283-41703312)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (704-762)||(2438645-2438703)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 962; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 962; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 1048
Target Start/End: Complemental strand, 41523936 - 41522899
Alignment:
Q  11 agagatgaagatgattttcttgacgatgagttcggaaatgacactgttgtggaggctgctcctttacagacaaatgaagatgctaatcacactcttggag 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41523936 agagatgaagatgattttcttgacgatgagttcggaaatgacactgttgtggaggttgctcctttacagacaaatgaagatgctaatcacactcttggag 41523837  T
Q  111 ttgctgctagtactcaaccgcagagcaaagggaacaaggatgtgcaaggttcatcatcaggtatatggaaattatgcatgcatatcttattcctataaag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  41523836 ttgctgctagtactcaaccgcagagcaaagggaacaaggatgtgcaaggttcatcatcaggtatatggaaattatgcatgcatattttattcctataaag 41523737  T
Q  211 atatgcattttttaatgttacttgataaatattaaatttatgtgtgatcggatatatgttagatcagattgctaggtagattggactggtaaatgatttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41523736 atatgcattttttaatgttacttgataaatattgaatttatgtgtgatcagataaatgttagatcagattgcttggtagattggactggtaaatgatttt 41523637  T
Q  311 cttgttttataaattgactattgaaacacatctttattctatgttactcaacccaagcaagctattgactttttcattttacctgaaactgattttccta 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  41523636 cttgttttataaattgactattgaaacacatctttattctatgttactcaatccaagcaagctattgactttttcattttagctgaaactgattttccta 41523537  T
Q  411 tggaaatggaagtagcgttgacatgaactgtaaaacctcaaataaattttggttctagggaggtttttcttcgccatatgcaatggacaagacatgtatt 510  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  41523536 tggaaatggaagtagtgttgacatgaactgtaaaacctcaaataaattttggttctagggaggtttttcttcaccatatgcaattgacaagacatgtatt 41523437  T
Q  511 gactcagttgcagaacaaacatgctgagaaagctactttggaagataaattaatgaggcgaagcacaaatttcagccttgagacagggctgtgcttcagg 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41523436 gactcagttgcagaacaaacatgctgagaaagctactttggaagataaattaatgaggcgaagcactaatttcagccttgagacagggctgcgcttcagg 41523337  T
Q  611 agcccaaaaacattagtaactttactagaataggagagatgttcctagagaactgattgtagaccaactgtgtcatgattgttggtcaaggctagaaggc 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41523336 agcccaaaaacattagtaactttactagaataggagagatgttcctagagaactgattgtagaccaattgtgtcatgattgttggtcaaggctagaaggc 41523237  T
Q  711 tcaagaaagtggttgagatgccagggtctagtggtaggtagttattcagtagtgtcgtgaacgagtagtgaatgagagtggtaatgtaggggaggttact 810  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41523236 tcaagaaagtggttgagatgccagggtctagtgggagctagttattcagtagtgtcgtgaacgagtagtgaatgagagtggtaatgtaggggaggttact 41523137  T
Q  811 tcgtacctagaaagagatggcgtgaatgatcattcttttgacctctttaggaacttatctcttggaaagtgttaagtatatattatatacttgctctttt 910  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41523136 tcgtacctagaaagagatggcgtgaatgatcattctttcgacctctttaggaacttatctcttggaaagtgttaagtatatattatatacttgctctttt 41523037  T
Q  911 ctatttatgttgttttttcatccttctgaaaccatttattgtttatactttgaagcttactttgagtcttgcttcttacctagaatgttattattattat 1010  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41523036 ctatttatgttgttttttcatccttctgaaaccatttattgtttatactttgaagcttactttgagtcttgcttcttacctagaatgttattattattat 41522937  T
Q  1011 tttacactccatgtttcctattacgattttcaaccaag 1048  Q
    ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  41522936 tttacactccacgtttcctaatacgattttcaaccaag 41522899  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 416; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 593 - 1048
Target Start/End: Complemental strand, 41514390 - 41513935
Alignment:
Q  593 acagggctgtgcttcaggagcccaaaaacattagtaactttactagaataggagagatgttcctagagaactgattgtagaccaactgtgtcatgattgt 692  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  41514390 acagggctgtgcttcaggagcccaaaaacattagtaactttactagaataggagagatgttcctagagaactgattctagaccaattgtgtcatgattgt 41514291  T
Q  693 tggtcaaggctagaaggctcaagaaagtggttgagatgccagggtctagtggtaggtagttattcagtagtgtcgtgaacgagtagtgaatgagagtggt 792  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41514290 tggtcaaggctagaaggctcaagaaagtggttgagatgccagggtctagtgggagctagttattcagtagtgtcgtgaacgagtagtgaatgagagtggt 41514191  T
Q  793 aatgtaggggaggttacttcgtacctagaaagagatggcgtgaatgatcattcttttgacctctttaggaacttatctcttggaaagtgttaagtatata 892  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41514190 aatgtaggggaggttacttcgtacctagaaagagatggtgtgaatgatcattcttttgacctctttaggaacttatctcttggaaagtgttgagtatata 41514091  T
Q  893 ttatatacttgctcttttctatttatgttgttttttcatccttctgaaaccatttattgtttatactttgaagcttactttgagtcttgcttcttaccta 992  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41514090 ttatatacttgctcttttctatttatgttgttttttcatccttctgaaaccatttattatttatactttgaagcttactttgagtcttgcttcttaccta 41513991  T
Q  993 gaatgttattattattattttacactccatgtttcctattacgattttcaaccaag 1048  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  41513990 gaatgttattattattattttacactccacgtttcctaaaacgattttcaaccaag 41513935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 11 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 41514985 - 41514656
Alignment:
Q  11 agagatgaagatgattttcttgacgatgagttcggaaatgacactgttgtggaggctgctcctttacagacaaatgaagatgctaatcacactcttggag 110  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41514985 agagatgaagaggattttcttgacgatgagttagaaaatgacactgttgaggaggctgctcctttacagacaaatgaagatgctaatcacactcttggag 41514886  T
Q  111 ttgctgctagtactcaaccgcagagcaaagggaacaaggatgtgcaaggttcatcatcaggtatatggaaattatgcatgcatatcttattcctataaag 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||    
T  41514885 ttgctgctagtactcaaccgcagagcaaagggaacaaggatgtgcaaggttcatcatcaggtatatggaaactatgaatgcatctcttattcctataaag 41514786  T
Q  211 atatgcattttttaatgttacttgataaatattaaatttatgtgtgatcggatatatgttagatcagattgctaggtagattggactggtaaatgatttt 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  41514785 atatgcattttttaatgttacttgataaatattgaatttatgtgtgatcggataaatgtttgatcagattgctaggtagattggcctggtacatgatttt 41514686  T
Q  311 cttg-ttttataaattgactattgaaacac 339  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  41514685 attgtttttatagattgactattgaaacac 41514656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 339 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 41514502 - 41514390
Alignment:
Q  339 catctttattctatgttactcaacccaagcaagctattgactttttcattttacctgaaactgattttcctatggaaatggaagtagcgttgacatgaac 438  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41514502 catctttattacatgttactcaacccaagcaagctattgactctttcattttagctgaaactgattttcctatggaaatggaagtagcgttgacatgaac 41514403  T
Q  439 tgtaaaacctcaa 451  Q
    |||||||||||||    
T  41514402 tgtaaaacctcaa 41514390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 62 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 41469208 - 41469011
Alignment:
Q  62 gaggctgctcctttacagacaaatgaagatgctaatcacactcttggagttgctgctagtactcaaccgcagagcaaagggaacaaggatgtgcaaggt- 160  Q
    ||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||| ||||||||  ||||||     
T  41469208 gaggctgctcctttaccaagaaatgaagatgatcatcacacccttggagttgctgctagtactcagccaccgagcaaagggagcaaggatgctcaaggtg 41469109  T
Q  161 --tcatcatcaggtatatggaaattatgcatgca--------tatcttattcctataaagatatgcattttttaatgttacttgataaatattaaatt 248  Q
      |||||||||||||||| |||||||||||||||        | | ||||||||||  || ||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||    
T  41469108 catcatcatcaggtatatcgaaattatgcatgcatctattattctattattcctatgtagttatgcattttttaatattactttataaatattgaatt 41469011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 60; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 45 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41503425 - 41503249
Alignment:
Q  45 gaaatgacactgttgtggaggctgctcctttacagacaaatgaagatgctaatcacactcttggagttgctgctagtactcaaccgcagagcaaagggaa 144  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||| || | |||||||| || | |||| |||||||||||| |||| || ||||| || || ||||||||||     
T  41503425 gaaatgacattgttgaggaggctgctcctttgcaaagaaatgaagctgttcatcaaactcttggagtttctgccagcactcagccacaaagcaaagggag 41503326  T
Q  145 caaggatgtgcaaggttcatcatcaggtatatggaaattatgcatgcatatcttattcctataaagatatgcatttttt 223  Q
    |||||| |  |||||| ||||||| ||  |||||||||| ||||||||| |||||||   ||||||||||||| |||||    
T  41503325 caaggacgctcaaggtgcatcatctgg--tatggaaattgtgcatgcatctcttattataataaagatatgcaattttt 41503249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 968 - 1048
Target Start/End: Complemental strand, 33080749 - 33080672
Alignment:
Q  968 tactttgagtcttgcttcttacctagaatgttattattattattttacactccatgtttcctattacgattttcaaccaag 1048  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||    
T  33080749 tactttgaatcttgcttcttacctagaat---attattattattttacactccatgtttcctaaaatgattttcaaccaag 33080672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 704 - 868
Target Start/End: Complemental strand, 41508041 - 41507873
Alignment:
Q  704 agaaggctcaagaaagtggttgagatgccagggtcta----gtggtaggtagttattcagtagtgtcgtgaacgagtagtgaatgagagtggtaatgtag 799  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||    |||| || |||||||| |||||  ||| ||| ||||| |||||||||||||| ||| ||    
T  41508041 agaaggctcaagaaagtggttgttatggcagggtctaatgggtgggagttagttatttagtagcatcgagaaagagtactgaatgagagtggtgatgcag 41507942  T
Q  800 gggaggttacttcgtacctagaaagagatggcgtgaatgatcattcttttgacctctttaggaacttat 868  Q
    |||||||||||| | |  |||||| |||||  ||| ||||| || |||||  ||||||||||| |||||    
T  41507941 gggaggttacttagaatttagaaacagatgttgtggatgattatccttttttcctctttaggagcttat 41507873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 712 - 811
Target Start/End: Complemental strand, 41517626 - 41517523
Alignment:
Q  712 caagaaagtggttgagatgccagggtctagtggtagg----tagttattcagtagtgtcgtgaacgagtagtgaatgagagtggtaatgtaggggaggtt 807  Q
    ||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||    |||||||| || || |||| |||  |||| |||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  41517626 caagaaagtggttgttatggcagggtctagtgggagggagttagttatttagcagcgtcgagaaatagtactgaatgagagtggttatgcaggggaggtt 41517527  T
Q  808 actt 811  Q
    ||||    
T  41517526 actt 41517523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 903 - 964
Target Start/End: Complemental strand, 33080801 - 33080741
Alignment:
Q  903 gctcttttctatttatgttgttttt-tcatccttctgaaaccatttattgtttatactttgaa 964  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || |  |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  33080801 gctcttttctatttttgttgtttttctctt--ttctgaaaccatttatagtttatactttgaa 33080741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 933 - 968
Target Start/End: Complemental strand, 41468479 - 41468444
Alignment:
Q  933 cttctgaaaccatttattgtttatactttgaagctt 968  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  41468479 cttctgaaaccatttattgtttgtactttgaagctt 41468444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 161 - 190
Target Start/End: Original strand, 41703283 - 41703312
Alignment:
Q  161 tcatcatcaggtatatggaaattatgcatg 190  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41703283 tcatcatcaggtatatggaaattatgcatg 41703312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 704 - 762
Target Start/End: Original strand, 2438645 - 2438703
Alignment:
Q  704 agaaggctcaagaaagtggttgagatgccagggtctagtggtaggtagttattcagtag 762  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || | || ||||||||||||||    
T  2438645 agaaggctcaataaagtggttgagatggcagggtcttgtaggagttagttattcagtag 2438703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University