View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5841-Insertion-2 (Length: 954)

Name: NF5841-Insertion-2
Description: NF5841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5841-Insertion-2
NF5841-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-742)||(30402858-30403597)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 742
Target Start/End: Complemental strand, 30403597 - 30402858
Alignment:
Q  8 actaaccactaaatttctgagttggaggtgagttagaaatgcagatgttcccccgacatagtgggcataccctgtgtataattgaagaggttagatgcat 107  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30403597 actaaccactaaagttccgagttggaggtgagttagaaatgcagatgttcccccgacatagtgggcataccctgtgtataattgaagaggttagatgcat 30403498  T
Q  108 acaaagactctcgaggcaggtagagttgcattcgaatgaatcgtaaataacaaaattattacatatgaaaagaataaaacaaggtaaacgcgacattctt 207  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30403497 acaaagactctcgaggcaagtagagttgcattcgaatgaatcgtaaataacaaaattattacatatgaaaagaataaaacaaggtaaacgcgacattctt 30403398  T
Q  208 ttgaaggtaaagaatcccaatatcattagaggagaacaactcagtgtgacagtcaacaatgtcacgtctaataatatcaggattctccacctcaaaaaga 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  30403397 ttgaaggtaaagaatcccaatatcattagaggagaacaactcagtgtgacggtcaacaatgtcacgtctaataatattaggattctccacctcaaaaaga 30403298  T
Q  308 cgcttacgtgttgaaatagtttcgt--tataaatggagactgtattcataattgtcttgaatttaattgtgaaagagggtctaacgtaggtcaaactttt 405  Q
    |||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||    
T  30403297 cgcttacgtgttgaaatagtttggttgtataaatggagactgtattcataattgtcttgaatttaattgtgaaagagggtctaac----gtcaaactttt 30403202  T
Q  406 agattgcatgtattgagcaacgaaatattgaattcaagggttttgtctgccagatattcaaacgagatgaaactcaacatgcttaatcttaaagcatgtg 505  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||    
T  30403201 agattgcatgcgttgagcaacgaaacattgaatttgagggttttgtctgccagatatacaaatgagatgaaactcaacatacttaatcttaaaccctgtg 30403102  T
Q  506 ctactaaatgagaaaacatttgaagagtttgagatacaagacaaatattttgccgagttgcaaaggggggtaggtgtcccatgattgaaaatatgtatgc 605  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30403101 ctaataaataagaaaacatttgaagagctagagatacaagataaatatgttgccaagttagaaaagggggtaggtgtcccatgattgaaaatatgtacgc 30403002  T
Q  606 tataaattttttgctttcgaagttattttatgcagatgtgcatgcatctctggttcc-----tcatacgtacgggtaatatggatatgtttgaggtcttt 700  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||     ||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||     
T  30403001 tataaattttttgcttttgaagttattttatgcagatgcgcgtgcatctctggttcctcgtatcatatgtacaggtaatatggatatgtttcagatcttc 30402902  T
Q  701 tgtattgga--gaaatggtgcaaatgggtaactctagtgataga 742  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  30402901 tgtattggagggaaatggtgcaaatgtgtaactctagtgataga 30402858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University