View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5841-Insertion-5 (Length: 788)

Name: NF5841-Insertion-5
Description: NF5841
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5841-Insertion-5
NF5841-Insertion-5
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-788)||(44374987-44375788)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 597; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 597; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 788
Target Start/End: Complemental strand, 44375788 - 44374987
Alignment:
Q  7 caacaaccattcccatcgttcctcctttattacccaacaaaaccaccgaagttaaaagtgtaatgatcatatatttaatcatg----ttttgcccgttaa 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    ||| |||||||||    
T  44375788 caacaaccattcccatcgttcctcctttattacccaacaaaaccaccgaagttaaaagtgtaatgatcgtatatttaatcatgcatgtttcgcccgttaa 44375689  T
Q  103 aattgtaggggtcgtatatttaatcccgtgaaatttgctaatagataaaaactacctattttttgaattaggtcaatcaatttggtcttaannnnnnnnn 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||             
T  44375688 aattgtaggggtcgtatatttaatcccgtgaaatttgctaatagataaaaactaccttttttttgaattaggtcaatcaatttggtcttaattttttttt 44375589  T
Q  203 acaagcaatttggtcttaatattagctcgtatctaatttactcttaaattaattcat--------aaattaggccctaaattacatcgcttagcaaatta 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44375588 acaagcaatttggtcttaatattagctcgtatctaatttactgttaaattatttcatttactgataaattaggccctaaattacatcgcttagcaaatta 44375489  T
Q  295 cataactcaactcttcatactacatttcttcnnnnnnnnnnnnnn--------ctcttcctactacattgcgtcnnnnnnngacttcctactatacatat 386  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||                      |||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||    
T  44375488 cataactcaactcttcatactacatttcttcttcttcttcaaaaaaaaaaaaactcttcctactacattgcgtcaaaaaaagacttcctactatacatat 44375389  T
Q  387 tttgatacactacactcgcagaaactaatcatgaacacacatgaacacgtagcgacgcttaataaacaaagaacatagatgaacacattaaagtggaaga 486  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  44375388 tttgatgcactacactcgcagaaactaatcatgaacacacatgaacacgtagcgacgcttaataaacaaagaacatagatgaacacattaaagtggtaga 44375289  T
Q  487 aatcacaaaagctcaaccatttatgtacatgtacaatgtactaagtgagagagatattgtgcattcagtcattcacattaaggtcactaccatctatgcc 586  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44375288 aatcacaaaagctcaaccatttatgtacatgtacaatgtactaagtgagagagatattgtgcattcagtcattcacattaaggtcactaccatctatgcc 44375189  T
Q  587 tatgcttcaaatgcttttgtttataaaagttacatatttattttctctaaacatattgattttagatgctcccacatgtttagagagcgtagtgtctaag 686  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  44375188 tatgcttcaaatgcttttgtttataaaagttacatatttatttcctctaaacatattgattttagatgctcccacatgttttgagagtgtagtgtctaag 44375089  T
Q  687 gaaggaatagatggttgaactacaagcactttactcaacatattgattttagatggcaatgcagctgcagatgctatggcatccaatggacaaaatctgc 786  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44375088 gaaggaatagatggttgaactacaagcactttactcaacatattgattttagatggcaatgcagctgcagatgctatggcatccaatggacaaaatctgc 44374989  T
Q  787 ag 788  Q
    ||    
T  44374988 ag 44374987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University