View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5844-Insertion-1 (Length: 913)

Name: NF5844-Insertion-1
Description: NF5844
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5844-Insertion-1
NF5844-Insertion-1
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-913)||(9767042-9767971)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 545; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 545; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 913
Target Start/End: Complemental strand, 9767971 - 9767042
Alignment:
Q  9 taaggaagatttttgttgctggaaaagaaatgaaggagaagagaaaattaatgaaaggaattggtgaaggggtttggtgaagatttgatttgattttaag 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9767971 taaggaagatttttgttgctggaaaagaaatgaagaagaagagaaaattaatgaaaggaattggtgaaggggtttggtgaagatttgatttgattttaag 9767872  T
Q  109 gtatagtgtgaatgaaaaggtagatactatagaggccggctataactagaatgtgccaagtggtgatgaaaatatcaatgctgacttgttctattcggct 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9767871 gtatagtgtgaatgaaaaggtagatactatagaggccggctataactagaatgtgccaagtggtgatgaaaatatcaatgctgacttgttctattcggct 9767772  T
Q  209 tatgaattttatgtataagttaaacaacttagtagtttaagtttgcttggaaaaggacttatttgtataagttaaaagggagataaattaatctctttgt 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9767771 tatgaattttatgtataagttaaacaacttagtagtttaagttttctaggaaaaggacttatttgtataagttaaaagggagataaattaatctctttgt 9767672  T
Q  309 tgcttgtgctactcaaagctttccttgcttttattttattatattttgcattgaaaaggccaattttgttgttaaataatcatattcctatgtttgtttg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9767671 tgcttgtgctactcaaagctttcattgcttttattttattatattttgcattgaaaaggccaattttgttgttaaataatcatattcctatgtttgtttg 9767572  T
Q  409 tttggtgagaatattatattggcatat-ggatgttagaatattatatagaggtgtatgaggccataacaaaatttattaaattggtttaaatatgt---a 504  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||   |    
T  9767571 tttggtgagaatattatattgacatatgggattttagaatattatatagaggcatatgaggccataacaaaa--tattaaattggcttaaatatgtataa 9767474  T
Q  505 taataaccccttgaaaaatggtaattttgttttttgtgaagtg-nnnnnnnttgtcatatttggattcatcatttatgttaatatgtttcaactttggtt 603  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||        |||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  9767473 taataaccccttg-aaaatggtaattttgttttttgtcaagtgaaaattttttgtcgcatttggattcatcatttatgtta--atgtttcaactttggtt 9767377  T
Q  604 ttgtaccttattaacttttccaagagcctacgtaaaagatactgattttgg-------------tgctagaaaactatcttatgatcaaaaatgaaatga 690  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |             |||| |||||||||||||||||||||| |||||||     
T  9767376 ttgtaccttattaactttaccaaaagcctacgtaaaagatactgatttttgtgccagaaatccttgcttgaaaactatcttatgatcaaaagtgaaatgg 9767277  T
Q  691 taactatacactttttaatac------gagaaa---atgcactatattctaatgattgaagtttaaattgatcacatttaaattccaacgaataaatta- 780  Q
    |||| | ||||||| ||||||         |||   | ||||||||||||| |||||||| || | || ||||||||||||| | ||| |||||||  |     
T  9767276 taacaaaacactttctaatacatttttctcaaatgcacgcactatattctattgattgaaattcatatcgatcacatttaaagttcaatgaataaagaat 9767177  T
Q  781 catattgatgtgtgttagaaaatgtgttatgaacgctctc-aaaattcgatagttaagatttgtagtttttacatatatgaactgtttgattg-agagct 878  Q
    |  | |||||||||||||||||  |||||  || | | || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |  ||| ||| ||||||    
T  9767176 cgcaatgatgtgtgttagaaaacctgttacaaatgttttctaaaattcgatagtcaagatttgtagtttttacatatatgagttccttggttgaagagct 9767077  T
Q  879 tagatacaaggacaaaaattgacaaattttagtaa 913  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9767076 tagatacaaggacaaaaattgacaaattttagtaa 9767042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University