View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5845_high_6 (Length: 381)

Name: NF5845_high_6
Description: NF5845
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5845_high_6
NF5845_high_6
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (2-371)||(30049252-30049621)
chr8 (2-371)||(7162205-7162574)
chr8 (2-99)||(30045121-30045218)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (2-371)||(3945506-3945875)
chr4 (2-101)||(3941377-3941476)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (2-371)||(39949555-39949924)
chr7 (2-100)||(39953947-39954045)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (2-371)||(22365134-22365503)
chr3 (2-99)||(22361019-22361116)
chr3 (242-306)||(22135200-22135264)
chr3 (29-80)||(23397353-23397404)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (2-371)||(196405-196763)
chr5 (2-101)||(200784-200872)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-99)||(1330569-1330666)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 30049621 - 30049252
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049621 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 30049522  T
Q  102 cctccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgctttgtagctacatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049521 cctccttaaaacttttttgaaatactcctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 30049422  T
Q  202 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30049421 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 30049322  T
Q  302 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  30049321 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattca 30049252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 2 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 7162574 - 7162205
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7162574 ttactaacaaaataagttaaaatgattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 7162475  T
Q  102 cctccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgctttgtagctacatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 201  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  7162474 cctccttaaaacttttctggaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactagcaagtgccttttttaaaatgtctgccaattgttcttc 7162375  T
Q  202 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7162374 agaactgcagtgctgcaattttacatctccattctgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgctcttccatgttgaattgga 7162275  T
Q  302 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattca 371  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  7162274 tttttggcagttgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtatatgattca 7162205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 30045218 - 30045121
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30045218 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 30045121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 346; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 3945875 - 3945506
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945875 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 3945776  T
Q  102 cctccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgctttgtagctacatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945775 cctccttaaaacttttttgaaatactcctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 3945676  T
Q  202 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3945675 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 3945576  T
Q  302 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3945575 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattca 3945506  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 2 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 3941476 - 3941377
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3941476 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 3941377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 371
Target Start/End: Original strand, 39949555 - 39949924
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949555 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 39949654  T
Q  102 cctccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgctttgtagctacatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 201  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949655 cctccttaaaacttttctggaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 39949754  T
Q  202 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39949755 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaattttacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 39949854  T
Q  302 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39949855 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattca 39949924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 2 - 100
Target Start/End: Original strand, 39953947 - 39954045
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39953947 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtataaagaaaagttttataggtcaattagtcaacac 39954045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 2 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 22365503 - 22365134
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365503 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 22365404  T
Q  102 cctccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgctttgtagctacatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 201  Q
    |||||||||||||| | || ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365403 cctccttaaaacttatctggaatactcccagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 22365304  T
Q  202 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 301  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22365303 agaactgcagtgctgcaattttacatctccattctgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 22365204  T
Q  302 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22365203 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattca 22365134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 22361116 - 22361019
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22361116 ttactaacaaaacaagttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 22361019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 306
Target Start/End: Complemental strand, 22135264 - 22135200
Alignment:
Q  242 gcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattggattttt 306  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||    
T  22135264 gcttctcttatggcatggaattttacattgatgtgcttagttctaccatgctgaactggattttt 22135200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 29 - 80
Target Start/End: Original strand, 23397353 - 23397404
Alignment:
Q  29 acacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagtttt 80  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||  || ||||||||||||||||    
T  23397353 acacacataggcaataaagtaacattaacaacgaaatattcagaaaagtttt 23397404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 2 - 371
Target Start/End: Original strand, 196405 - 196763
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196405 ttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataaacaataaagtaacataa-----------ttcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 196493  T
Q  102 cctccttaaaacttttttgaaatactcccagcttgctttgtagctacatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196494 cctccttaaaacttttttgaaatactcctagcttgcttcttagctccatgaacttggcactaggaagtgcttttgttaaaatgtctgccaattgttcttc 196593  T
Q  202 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 301  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  196594 agaactgcagtgctgcagttttacatctccattttgttcagcttctcttatagcatgaaatttgacattgatatgctttgttcttccatgttgaattgga 196693  T
Q  302 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattgattcctcttgtacatgattca 371  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  196694 tttttggcaattgctatagctgatttgttgtcacaccatagcacaattggttcctcttgtacatgattca 196763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 101
Target Start/End: Original strand, 200784 - 200872
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 101  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  200784 ttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataaacaataaagtaacata-----------attcagaaaagttttataggtcaattagtcaacact 200872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 2 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 1330666 - 1330569
Alignment:
Q  2 ttactaacaaaacaatttaaaataattacacacataagcaataaagtaacataaacaataaagtattcagaaaagttttataggtcaattagtcaaca 99  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  1330666 ttactaacaaaacaagttaaaatgattacacacataagcaatagagtaacataaacaataaagtattcagacaagttttataggtcaattagtcaaca 1330569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University