View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5845_low_3 (Length: 673)

Name: NF5845_low_3
Description: NF5845
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5845_low_3
NF5845_low_3
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (22-660)||(25950983-25951620)
chr8 (22-666)||(25960222-25960871)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 25951620 - 25950983
Alignment:
Q  22 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcagaaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951620 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcaggaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 25951521  T
Q  122 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagattctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatcctttg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  25951520 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagactctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatattttg 25951421  T
Q  222 taatcaccannnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtagttaaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgatacaactaataactcaagatcaaac 321  Q
    |||||||||                   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25951420 taatcaccattttttttattttatttt-gtaatggtagttgaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgataccactaataactcaagatcaaac 25951322  T
Q  322 acggcagatttcaagtagatactcatcttgaaatttgcattgtttgatctcgatccaacggtcactgactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 421  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951321 actgcagatttcaagtagatactcatcttgaaatctgcattgtctgatctcgatccaacggtcactaactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 25951222  T
Q  422 aaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatctgaagtgtcagtgctgcatcactatttttggtattatgctcgttgaagcacgcttaatttcaattaa 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951221 aaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatctgaagtgtcagtgctgcatcactgtttttggtattatgctcgttgaagcacgcttaatttcaattaa 25951122  T
Q  522 aactatttttgaaattactttaataataaggtttgatcagcggtgcttactctctatattctcaaggattgttcttttgatt-ttactaataacttgtgt 620  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||    
T  25951121 aactatttttgaaattacttgaataataagttttgatcagtggtgcttactctctatattctcaaggattgttcttttgattcttactaataacttttgt 25951022  T
Q  621 ttgtttaactctttgtattttttgttgctcagtgatgatg 660  Q
    || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25951021 ttcttt-actctttgtattttttgttgctcagtgatgatg 25950983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 440; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 666
Target Start/End: Complemental strand, 25960871 - 25960222
Alignment:
Q  22 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcagaaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960871 aaaggcttattattcctgttttctataaggttgatccatctcatgtcaggaaacaattgggtccttttcaagatgggtttaattatcttgaaaagaggtt 25960772  T
Q  122 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagattctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatcctttg 221  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  25960771 tgcaaatgaaaaagataaaattttgaagtggagagactctatgcttaaaataggtggtcttgctggctttgttttcaattctaggtatatctatattttg 25960672  T
Q  222 taatcaccannnnnnnnnnnnnnnnnnngtaatggtagttaaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgatacaactaataactcaagatcaaac 321  Q
    |||||||||                   |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  25960671 taatcaccattttttttattttatttt-gtaatggtagttgaagtagtgtcacttacacggacaccacacaccgataccactaataactcaagatcaaac 25960573  T
Q  322 acggcagatttcaagtagatactcatcttgaaatttgcattgtttgatctcgatccaacggtcactgactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 421  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960572 actgcagatttcaagtagatactcatcttgaaatctgcattgtctgatctcgatccaacggtcactaactatgtgaatgcggaactttggtgactacata 25960473  T
Q  422 aaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatct-gaagtgtcagtgctgcatcactatttttggtattatgctcgttgaagcacgcttaatttcaatta 520  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||    
T  25960472 gaattatatatcaacatgtgttgcccctcaatctcaaagtgtcggtgctgcatcactctttttggtattatgcccgttgaagcaagcttaattttaatta 25960373  T
Q  521 aaactatttttgaaattactttaataataaggtttgatcagcggtgcttactctctatattctcaaggattgttcttttgattttact--aataac---t 615  Q
    |||||||| |||||||||||| ||||||||  ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | ||  | |  |   |    
T  25960372 aaactattgttgaaattacttgaataataaattttgatcagtggtgcttactgtctatattctcaaggattgttcttttgattctgctacactttctttt 25960273  T
Q  616 tgtgtttgtttaactctttgtattttttgttgctcagtgatgatgatgatg 666  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25960272 tttgtttgtttaactctttgtattttttgttgctcagtgatgatgatgatg 25960222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University