View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5848-Insertion-2 (Length: 1030)

Name: NF5848-Insertion-2
Description: NF5848
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5848-Insertion-2
NF5848-Insertion-2
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (9-884)||(7064428-7065287)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 746; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 884
Target Start/End: Original strand, 7064428 - 7065287
Alignment:
Q  9 cattcaatggatgcttcagctaaggttttgttttctcagcttggcaaagattttgacgggtatttacctttctttgtgtcaatatatagtagtttcctct 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7064428 cattcaatggatgcttcagctaaggttttgttttctcagcttgacaaagattttgacgggtatttacctttctttgtgtcaatatatagtagtttcctct 7064527  T
Q  109 atagcacactatccattttttcttatgggttttgatttcaatatgttgcaggtatttgtccgatattgaactgttgcctataattgggaaagttcatcca 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7064528 atagcacactatccattttttcttatgggttttgatttcaatatgttgcaggtatttgtccgatattgaactgttgcctataattgggaaagttcatcca 7064627  T
Q  209 tctggacattattatgcaacaaaacaagcagaatacttaatgtcacaggtattgattttaacattaccataattacactgtagttgttgacaaaggtgtc 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7064628 tctggacattattatgcaacaaaacaggcagaatacttaatgtcacaggtattgattttaacattaccataattacactgtagttgttgacaaaggtgtc 7064727  T
Q  309 attcctttcttacaaagtcgtctgaacttgtgaatgatcgttgttatcacattgcaattcagattttgaattagcaagcaaatattttgaattatagata 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7064728 attcctttcttacaaagtcgtctgaacttgtgaatgatcgttgttatcacattgcaattcagattttgaattagcaagcaaatattttgaattatagata 7064827  T
Q  409 gtatcagatcacaagattcagaagcattgtaaaaactaatttggcgtagaaattgactaagatgggtcaacaacgccaaaagtatagcgataagatggct 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  7064828 gtatcagatcacaagattcagaagcattgtaaaaactaatttggcgtagaaattgactaagatgggtcaacaacgccaaaagtatagcgataagattgct 7064927  T
Q  509 acgaacgagtgatcaagcaactatgtgaatagggctgtccgaaaaacagcgagtaagatagcttaacaagcactacaacatctggtggatgtcaccatgc 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7064928 acgaacgagtgatcaagcaactatgtgaatagggctgtccgaaaaacagcgagtaagatagcttaacaagcactacaacatctggtggatgtcactatgc 7065027  T
Q  609 ataaattttatagtaacctttctatattgctatgataacaggcagaggttgacaatgatgggcgtcttaatttgactgagatgattgataatgcatatac 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7065028 ataaattttatagtaacctttctatattgctat----acaggcagaggttgacaatgatgggcgccttaatttgactgagatgattgataatgcatatac 7065123  T
Q  709 attatttgtttctattttcccggaacgagttcttttaaggacatgttaggtaagggaaaattctctagtcatctatctcaacctaccatttcagtgaaag 808  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||   ||||||| |||    
T  7065124 attatttgtttctattttcccgg-acgagttcttttaaggacatgttaggtaaggg-aagttctctagtcatctatctcaacctac--attcagtg-aag 7065218  T
Q  809 gttttcaatctaatattctggtaatcattaatttgcagggaaatttttgggcaaatgagttcttagatttgaatcc 884  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||  |||||||||||   |||||||||||||    
T  7065219 gttttcaatctaatattct-gtaatcattaa-ttgca-ggaaatttt--ggcaaatgagt--ctagatttgaatcc 7065287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University