View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5856-Insertion-5 (Length: 636)

Name: NF5856-Insertion-5
Description: NF5856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5856-Insertion-5
NF5856-Insertion-5
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (9-623)||(38214559-38215173)
chr4 (9-622)||(38226983-38227593)
chr4 (10-622)||(38253713-38254322)
chr4 (9-622)||(38248598-38249208)
chr4 (21-622)||(38243450-38244048)
chr4 (9-622)||(38220602-38221212)
chr4 (267-622)||(38238512-38238867)
chr4 (10-165)||(38238936-38239091)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (20-622)||(17455213-17455812)
chr6 (20-622)||(17434113-17434709)
chr6 (9-50)||(18559537-18559578)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-228)||(15912980-15913190)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (24-141)||(47089-47206)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (31-151)||(11484993-11485113)
chr2 (267-403)||(11485202-11485338)
chr2 (21-134)||(11462136-11462249)
chr2 (267-480)||(11478931-11479144)
chr2 (20-140)||(11472319-11472439)
chr2 (307-403)||(11472579-11472675)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (21-134)||(21546417-21546530)
chr1 (307-404)||(21546676-21546773)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 603; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 603; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 38215173 - 38214559
Alignment:
Q  9 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccc 108  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215173 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactcaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccc 38215074  T
Q  109 tccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38215073 tccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactc 38214974  T
Q  209 tgctgatcatgttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagat 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214973 tgctgatcatgttcttgtgagaaacagtggcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagat 38214874  T
Q  309 attccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214873 attccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcg 38214774  T
Q  409 gcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggagg 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  38214773 gcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattatgaaggagg 38214674  T
Q  509 tttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgat 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38214673 tttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgat 38214574  T
Q  609 tgggatgattttatt 623  Q
    |||||||||||||||    
T  38214573 tgggatgattttatt 38214559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38227593 - 38226983
Alignment:
Q  9 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccc 108  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||| |    
T  38227593 atcaataaacattattatgatattgattttccaagagggcatatagcactaaagagtttcaatgctgaagtagttgatgatgctggtaatcctatacctc 38227494  T
Q  109 tccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactc 208  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||  ||||  |||| || ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  38227493 tccatgaaacctatctccatcattggcttgttcaaagacattatcaaagaaaatatgtcacacacacagaagatgttagccacatgatgcttcaaaactc 38227394  T
Q  209 tgctgatcatgttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagat 308  Q
    ||   ||||||||||||| || |||||| ||||||| || | |||||  ||| |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||  ||||||||    
T  38227393 tg---atcatgttcttgtaaggaacagtggcatatgccagggaaatgctatttcacaatactttggacttgggtcagaaacacgaggaacgacaacagat 38227297  T
Q  309 attccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcg 408  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |    
T  38227296 attccagatcctttcggtatagagataggtaatcctgaagagattccacaagggtttgaggataaatggttgcttaatgttcatgccattgatacgcgag 38227197  T
Q  409 gcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggagg 508  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  38227196 gcgcagaggataaattagggtgcactgagtgcaagtgcgacctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattgggccagattataaaggagg 38227097  T
Q  509 tttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgat 608  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  38227096 tttgttatgttgttatgaccatacacaatgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagagaagtctctacctaagatacactgtaaaatgggttgat 38226997  T
Q  609 tgggatgattttat 622  Q
    ||||||||||||||    
T  38226996 tgggatgattttat 38226983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38254322 - 38253713
Alignment:
Q  10 tcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccct 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | |||  |||| |||||||||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||    
T  38254322 tcaatagatattattatgatattgattttccaagaggccatatagcaatcaaggatttccatgctgaagtagttgatgaatctggaaatcctatacctct 38254223  T
Q  110 ccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactct 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  38254222 ccatgaaacttatctccatcattgggttgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacatgatgctacaaaactct 38254123  T
Q  210 gctgatcatgttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagata 309  Q
    |   ||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||||    ||  ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||    
T  38254122 g---atcatgttcttgtgagaaacagtggcatatgccagggaaattatcttggacaatactttggccttggatccgaaacaagaggaacactgacagata 38254026  T
Q  310 ttccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcgg 409  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||    
T  38254025 ttccggacccttttggtatagaggtaggtaatcctgcagaggttccagaagggtttgatgagaaatggatggttaatgttcatgccatcgatacacgagg 38253926  T
Q  410 cgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggaggt 509  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||| | ||| | |||||||||||||||    
T  38253925 tgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgcgagctttataatgttacggtggatgagtacggaaggtctgtaaggcctgattataaaggaggt 38253826  T
Q  510 ttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgatt 609  Q
     ||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||  |||||||||| || |||||||| ||||    
T  38253825 atgttatgttgttatgatcatacacggtgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagagaaacctctacttaagatacacagtgaaatgggttgatt 38253726  T
Q  610 gggatgattttat 622  Q
    |||||||||||||    
T  38253725 gggatgattttat 38253713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38249208 - 38248598
Alignment:
Q  9 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccc 108  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38249208 atcaatagattttattattatattgattttccaagtgatcatatagcactcaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccc 38249109  T
Q  109 tccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactc 208  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||  ||||| | || || ||||||||||| |||| |||||||||||| ||| |||||||| ||||||||||||||     
T  38249108 tccatgaaacctatctccatcattggcttgttgaatgacattatcaaagaaaatatgtcacacacacagaagatggtagccacatgatgcttcaaaacta 38249009  T
Q  209 tgctgatcatgttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagat 308  Q
    ||   ||||||||||||| || |||||| ||||||| || | ||||  ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||    
T  38249008 tg---atcatgttcttgtaaggaacagtggcatatgccagggaaataccattccacaatactttggccttggatcagaaacacgaggaacgacaacagat 38248912  T
Q  309 attccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcg 408  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |    
T  38248911 attccagatccttttggtatagagacaggtagtcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttgcttaatgttcatgccatcgatacgcgtg 38248812  T
Q  409 gcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggagg 508  Q
    || |||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||    
T  38248811 gcacagaggataaattagggtgcactgaatgtaagtgtgacctttataatgttacagtggatgagtatggaaaatctattaggccagattataaaggagg 38248712  T
Q  509 tttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgat 608  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| || |||||||||||||| || || || |||||||| || ||  |||||| ||| ||||| ||||| |||    
T  38248711 tttgttatgttgttatgattctacacggtgcaagttgaaggaaggtttcgaaggacctaagagaagcctttacttaagatgcacagtaaagtgggttgat 38248612  T
Q  609 tgggatgattttat 622  Q
    ||||||||||||||    
T  38248611 tgggatgattttat 38248598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38244048 - 38243450
Alignment:
Q  21 tattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaactt 120  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38244048 tattatgatattgattttccaagaggtcatattgcactcaagagtttcaatgctgaagtagttgatgaagttggtaatcctatacctctccatgaaactt 38243949  T
Q  121 atcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatgt 220  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||| || | |||||||||||||  |||    ||  |||    
T  38243948 atctccatcattggggtgttggaagatatcatcaaagtaaacatgtcacacacacaagaaatgatggcaaaaggatgcttcaaagttcta---atattgt 38243852  T
Q  221 tcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatcct 320  Q
        ||||| |||||| |||||||||| | ||||    ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38243851 gaaagtgaggaacagtggcatatgtcagggaaatactcttggacaatactttggcattggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatcct 38243752  T
Q  321 tttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcggcgcagaggata 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||  ||||| |||||| || |||||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||    
T  38243751 tttggtatagagataggtaatcctgcagaggtttcagaagggtccgaggataaatgggtgcttaatgttcatgccattgatacacgtggcgtagaggata 38243652  T
Q  421 agttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggaggtttgttatgttg 520  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  38243651 agttagggtgcactgagtgtaagtgcgagctttataatgttacggtggatgaatatggaaggtctataaggccagattataaaggaggttggttatgttg 38243552  T
Q  521 ttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgattgggatgatttt 620  Q
    |||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  38243551 ttatgattgtacacagtgcaagttgaaggaaggttttgagggtccaaagagaagcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgatttt 38243452  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38221212 - 38220602
Alignment:
Q  9 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccc 108  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38221212 atcaataaatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcaatcaagagtttccatgctgaagtagttgatgaagatggtaatcctatacccc 38221113  T
Q  109 tccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||  ||||||| |||| | ||||| | |||| ||    
T  38221112 tccatgaaacttatcttcatcattgggttgttgaaagatatcatcaaagtaaacatgtcacacacacaagaaatgatggccaaaagatgcctgaaaattc 38221013  T
Q  209 tgctgatcatgttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagat 308  Q
    ||   || || || | || || |||||| | ||||| || |||| | | | |  ||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || || || |||    
T  38221012 tg---ataatattatggtaaggaacagtggtatatgccaggaaagtataaataaacaatactttgggcttggatctgaaacacgagggacggcgactgat 38220916  T
Q  309 attccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcg 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| || | || ||||||||||| ||||||||||    
T  38220915 attccggatccttttggtatagagataggtaatcctgcagagattccagaagggtatgaggagatatggatgctaaacgttcatgccattgatacgcgcg 38220816  T
Q  409 gcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggagg 508  Q
    |||  ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  38220815 gcgtggaggataagttagggtgtactgagtgcaagtgtgagctttataatgttacagttgatgaatatggaaggtcaataaggtcagattataaaggagg 38220716  T
Q  509 tttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgat 608  Q
    ||| |||||||||||||| | || |||||| || |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| |||    
T  38220715 tttcttatgttgttatgactctaaacagtgcaagttgaaggaaggttttgagcgtccaaagagaagcctctacttaagatacactgttaaatgggttgat 38220616  T
Q  609 tgggatgattttat 622  Q
    ||||||||||||||    
T  38220615 tgggatgattttat 38220602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 267 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 38238867 - 38238512
Alignment:
Q  267 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttg 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     
T  38238867 tactttggccttggatccgaaacacgtggaacggcgaccgatattccggatcctttcggtatagagataggcaatcctgaagagattccagaagggtttc 38238768  T
Q  367 aggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcggcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagt 466  Q
    | || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38238767 acgaaaaatggttgcttaatgttcatgccatcgatacgcgaggcacaaaggataaattagggtgcactgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagt 38238668  T
Q  467 ggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggaggtttgttatgttgttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggcca 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  38238667 ggatgaatatggaaggtctattaggccagattataaaggaggtttgttatgttgttatgattctaaacagtgcaagttgaaggaaggttttgagggtcca 38238568  T
Q  567 aagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgattgggatgattttat 622  Q
    |||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  38238567 aagagaagcctctacttaagatacactgttaaatgggttgattgggatgattttat 38238512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 165
Target Start/End: Complemental strand, 38239091 - 38238936
Alignment:
Q  10 tcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccct 109  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||   || |||||| |||| ||    
T  38239091 tcaatggatattattatgatattggttttccaagaggtcatgtagcactcaagagtttcaatgctgaagtagttgacgaatcagggaatcctgtacctct 38238992  T
Q  110 ccatgaaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatg 165  Q
    ||||||||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  38238991 ccatgaaacttatctccatcattggcttgttgtaagatatcatcaaagtaaacatg 38238936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 20 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 17455812 - 17455213
Alignment:
Q  20 ttattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaact 119  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||| ||| | |||||  | || ||||||    
T  17455812 ttatgatgatattgattttccaaaaggtcatgtagcaatcaagagttttgatgctgaagttgttgatgaagctgggaattcgataccgttgcacgaaact 17455713  T
Q  120 tatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatg 219  Q
    ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    ||| |||  |    
T  17455712 tatctccatcattgggttgttggaagatatcatcaaagtaatcatgccacacacacagaaaatgatagtcacaagatgcttcaaaaa---gcttatccag 17455616  T
Q  220 ttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatcc 319  Q
     ||| ||||| |||||| |||| || |||| |||| |  |||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||||||||||||    
T  17455615 gtctcgtgaggaacagtggcatttgccaaggaaatattcttccacagtatttcggccttggatcagaaacacgaggaacaccgaccgatattccggatcc 17455516  T
Q  320 ttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcggcgcagaggat 419  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||   ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  17455515 ttttggtatggagatgggtaatccaacagaaattccagaagggtttgaggagaaatggttgtttaatattcatgccatcgatacacgtggcgtagaggat 17455416  T
Q  420 aagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggaggtttgttatgtt 519  Q
    ||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||| ||||||||||||||||||| |||||    
T  17455415 aagctagggtgcactgagtgcaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggcctttaatgtctgattataaaggaggtttgtcatgtt 17455316  T
Q  520 gttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgattgggatgattt 619  Q
    |||||||| ||||||| || || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| | |||||   | |||||||| ||||||||||| ||    
T  17455315 gttatgataatacacaatgcaagttgaaggaaggttttaagggaccaaagagaagtctttatctgaaatacaaaatcaaatgggttgattgggatgaatt 17455216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 20 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 17434709 - 17434113
Alignment:
Q  20 ttattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaact 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||  |||| |||||||||||||||| ||| ||| | |||||  | || ||||||    
T  17434709 ttattatgatattgattttccaaaaggtcatgtagcaatcaagagttttgatgcagaagttgttgatgaagctgggaattcgataccgttgcacgaaact 17434610  T
Q  120 tatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctgatcatg 219  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   || |||    
T  17434609 tatcttcatcattgggttgttgcaagatatcatctaaga---catgtcacatacacagaaaatgatagccataggatgcttcaaaactctg---attatg 17434516  T
Q  220 ttcttgtgagaaacagtagcatatgtcaagaaaatgtcattccacagtactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatcc 319  Q
    ||||||| || |||| | ||||||| || | | || |  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  | || || ||||| |||||    
T  17434515 ttcttgtaaggaacaatggcatatgccaggcagatattcttccacagtatttcggccttggatccgaaacacgaggaacgccgactgacattccagatcc 17434416  T
Q  320 ttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcggcgcagaggat 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  17434415 ttttggtatagagataggtaatcctgcagatattccagaagggtttgaggagaagtggttgtttaatattcatgccatcgatacacgtggcgtagaggat 17434316  T
Q  420 aagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagtggatgaatatggaaggtctattaggtcagattataaaggaggtttgttatgtt 519  Q
    |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  || | || | |||||||||||| ||| ||  |||||    
T  17434315 aagttagggtgcactgaatgcaagtgtgagctttataatgtaacagtggatgaatatggaagacctttaagtttagattataaagggggtatgaaatgtt 17434216  T
Q  520 gttatgattatacacagtgtaaattgaaggaaggttttgaggggccaaagagaagtctctatctaagatacactgtaaaatgggtcgattgggatgattt 619  Q
    || ||||| ||||||| || || ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||   | |||||| | ||||||||||||||    
T  17434215 gtcatgataatacacaatgcaagttgaaggtaggttttgagggaccaaagagaagtctctatctgaaatacaaaatcaaatggattgattgggatgattt 17434116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 9 - 50
Target Start/End: Complemental strand, 18559578 - 18559537
Alignment:
Q  9 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcat 50  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18559578 atcaatagatattattatgatattgattttccaagaggtcat 18559537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 92; Significance: 2e-44; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 15 - 228
Target Start/End: Original strand, 15912980 - 15913190
Alignment:
Q  15 agatattattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatg 114  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| |  || || | |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  15912980 agatattaatataatattgattttccaagaggtcacatagcactcaagagtttcaacgacgaggtagctgatgaagttggtaatcctatacctctccatg 15913079  T
Q  115 aaacttatcttcatcattgggctgttggaagatatcatcaaagaaaacatgttacacacacagaaaatgatagccacaggatgcttcaaaactctgctga 214  Q
    |||| ||| | |||||||||||||||| || ||| || ||||| ||||| |  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||    |||    
T  15913080 aaacctatttccatcattgggctgttgtaaaataacaacaaagcaaacacgccacacacacagaaaatgatagccacatgatgcttcaaagct---ttga 15913176  T
Q  215 tcatgttcttgtga 228  Q
    ||||||||||||||    
T  15913177 tcatgttcttgtga 15913190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 24 - 141
Target Start/End: Original strand, 47089 - 47206
Alignment:
Q  24 tatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatc 123  Q
    |||||| |||| ||||||||||| ||| |  |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||  || ||| || |||| || ||| |||||||||    
T  47089 tatgatgttgagtttccaagaggccatatttcactcaagagtttcaatgctgaactagttgatgaagcaggaaattctgtacctcttcatcaaacttatc 47188  T
Q  124 ttcatcattgggctgttg 141  Q
    | || || ||||||||||    
T  47189 tacaccactgggctgttg 47206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000002; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 31 - 151
Target Start/End: Original strand, 11484993 - 11485113
Alignment:
Q  31 ttgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaacttatcttcatca 130  Q
    |||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||   || ||| |  |||| |||||| |||||||||| |||||    
T  11484993 ttgattttccaagaggtcatatttcactcaagagtttctttgctgaagtagttaatgaatcagggaattcagtacctctccatcaaacttatctacatca 11485092  T
Q  131 ttgggctgttggaagatatca 151  Q
    ||||  ||||| |||||||||    
T  11485093 ttggattgttgtaagatatca 11485113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 267 - 403
Target Start/End: Original strand, 11485202 - 11485338
Alignment:
Q  267 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttg 366  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| |||| |||   ||| ||||||| || |||| ||| |||||  | |||||||||||||| |||||| |||||| ||    
T  11485202 tactatggtcttggatctgaaacaagaggcacaaatacatatattcctgacccttatggcatagaagttggtaatcctgaagaaattccaaaagggtatg 11485301  T
Q  367 aggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatac 403  Q
     ||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||    
T  11485302 tggaaaaatggtttattaatgttcatgctattgatac 11485338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 134
Target Start/End: Original strand, 11462136 - 11462249
Alignment:
Q  21 tattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaactt 120  Q
    ||||||||| |||| |||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||||||||| | || ||||||   || ||| || |||| ||||| |||||||    
T  11462136 tattatgatgttgaatttccaaggggtcatattgcactcaaaagttttaatgctgaactagtagatgaatcagggaattctgtacctctccaagaaactt 11462235  T
Q  121 atcttcatcattgg 134  Q
    ||||||| ||||||    
T  11462236 atcttcaccattgg 11462249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 267 - 480
Target Start/End: Original strand, 11478931 - 11479144
Alignment:
Q  267 tactttggccttggatccgaaacacgaggaacagcaacagatattccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttg 366  Q
    |||| ||| |||||||| |||||| |||| |||   ||| |||||||  | |||| ||| |||||  | ||||||| |||||| |||||| |||||| ||    
T  11478931 tactatggtcttggatctgaaacaagaggcacaaatacatatattcctcaaccttatggaatagaagttggtaatcatgaagaaattccaaaagggtatg 11479030  T
Q  367 aggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacgcgcggcgcagaggataagttagggtgcaccgagtgtaagtgtgagctttataatgttacagt 466  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||| || |||||  | || | ||| ||||   | ||||| |  ||||||||||||||  | ||||||||||||      
T  11479031 tggaaaaatggttgattaatgttcatgctattgatactaggggtgtagaagatagaatggggtgtattgagtgtaagtgtgatttgtataatgttacaaa 11479130  T
Q  467 ggatgaatatggaa 480  Q
    ||||||| ||||||    
T  11479131 ggatgaaaatggaa 11479144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 20 - 140
Target Start/End: Original strand, 11472319 - 11472439
Alignment:
Q  20 ttattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaact 119  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| |  |||| |||||||||  ||||||||| ||| |||||   || ||| |  |||| |||||| |||||    
T  11472319 ttattatgatgctgattttccaagaggtcatatttcacttaagagtttctttgctgaagtagttaatgaatcagggaattcagtacctctccatcaaact 11472418  T
Q  120 tatcttcatcattgggctgtt 140  Q
    ||||| || |||||| |||||    
T  11472419 tatctacaccattggactgtt 11472439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 307 - 403
Target Start/End: Original strand, 11472579 - 11472675
Alignment:
Q  307 atattccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatac 403  Q
    ||||||| || |||| ||| |||||  | |||||||||||||| |||||| ||||||  | ||| ||||||||  ||||||||||||| || |||||    
T  11472579 atattcctgacccttatggcatagaagttggtaatcctgaagaaattccaaaagggtacgtggaaaaatggttaattaatgttcatgctattgatac 11472675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 21 - 134
Target Start/End: Original strand, 21546417 - 21546530
Alignment:
Q  21 tattatgatattgattttccaagaggtcatgtagcactaaagagtttcaatgctgaagttgttgatgaagatggtaatcctatacccctccatgaaactt 120  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||| |  |||| |||||||||||||||||  | |||||||| |  || ||| ||||||| ||  || ||||||    
T  21546417 tattatgatgttgagtttccaagaggtcatatttcactcaagagtttcaatgctgagctagttgatgatgcagggaattctatacctctttatcaaactt 21546516  T
Q  121 atcttcatcattgg 134  Q
    |||| || ||||||    
T  21546517 atctacaccattgg 21546530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 307 - 404
Target Start/End: Original strand, 21546676 - 21546773
Alignment:
Q  307 atattccggatccttttggtatagagataggtaatcctgaagagattccagaagggtttgaggagaaatggttggttaatgttcatgccatcgatacg 404  Q
    ||||||| || |||| |||||||||  | ||||||||||  || |||||| |||||| || ||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||    
T  21546676 atattccagacccttatggtatagaagttggtaatcctgctgaaattccaaaagggtatgtggagaaatggttgatcaatgttcatgcaattgatacg 21546773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University