View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5856_low_1 (Length: 752)

Name: NF5856_low_1
Description: NF5856
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5856_low_1
NF5856_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-736)||(54472088-54472828)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 592; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 592; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 736
Target Start/End: Original strand, 54472088 - 54472828
Alignment:
Q  9 acatcatcatcataaatcatcaccctcgaacaacggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472088 acatcatcatcataaatcatcaccctcgaacaacggcaacaatacaaatgataacaatgggaatcaattgagcgtgggtggtataatagcagttgcaggt 54472187  T
Q  109 gcagcttgtataatcctccttgtcattatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472188 gcagcttgtataatcctccttgtcattatcctactctgcgttatatgtacaagaaggaagaagagatcacaacctcatcacattcattactaccctactc 54472287  T
Q  209 cagcacacggtatatatttttatatatctcctatttcnnnnnnnaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatggaggaag- 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  54472288 cagcacacggtatatatttttatatatctcctatttctttttttaataggaatttgcaaataagcatgttatgaagtttagaatagttaatgggggaagc 54472387  T
Q  308 -----------ttaattaattaatgattcatagcctattcttannnnnnngatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcg 396  Q
               ||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472388 taattaattaattaattaattaatgattcatagcctattcttatttttttgatcagaaatggatcctctaaagcttttgcatggtgccatagtcgacgcg 54472487  T
Q  397 gtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaaccgttagatat-nnnnnnnnnngttatctttgaatttatcaa 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||           ||||||||||||||||||||    
T  54472488 gtagaggatccaaatttgaatcttatgtagctacaatatggtgttgcaaatgtagaaactgtaagatataaaaaaaaaatgttatctttgaatttatcaa 54472587  T
Q  496 tccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtcttataatgctaataagtgggagagtcaat 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  54472588 tccctggtcataaaggatctaatttgttcaaatcatttgttaaaaggctagttgtatatgttgagtatgtgttataatgctaataagtgggagagtcaat 54472687  T
Q  596 taagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgtggggtgattaggggcgcgggtttgaagcctgaaccgta 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54472688 taagcgaagcgagagtgacatgcctttttgaaccaacacagttacacgaaggtaagttgcgaggggtgattagggacgcgggtttgaagcctgaaccgta 54472787  T
Q  696 atatataaatacaagttgtacaatttaaatcctaatctttt 736  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  54472788 atatataaatacaagttgtacaatttaaatcctattctttt 54472828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University