View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5858-Insertion-2 (Length: 913)

Name: NF5858-Insertion-2
Description: NF5858
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5858-Insertion-2
NF5858-Insertion-2
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (13-898)||(44467414-44468334)
chr2 (797-886)||(44474486-44474575)
chr2 (553-653)||(44495320-44495420)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 507; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 507; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 898
Target Start/End: Complemental strand, 44468334 - 44467414
Alignment:
Q  13 atatatatgttggaccgtgaagccgtaatttcattctcatttctaagtacatgtgtattagtttcaccactaaactcttgataactnnnnnnnnnn-tca 111  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           |||    
T  44468334 atatatatgttggaccgtgaacccgtaatttc----tcatttctaagtacatgtgtattagtttcaccactaaactcttgataactaaaaaaaaaaatca 44468239  T
Q  112 accttattttat---------gatgcttctatatttctcgaccatttgatcatgttgccgaaatnnnnnnnnnnnnnn----ttgttaaccacaattatt 198  Q
    ||||||||||||         ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||                  ||||||||||||||||||    
T  44468238 accttattttataagtattatgatgcttctatatttctagaccatttgatcttgttgccgaaatacacacacacacacacacttgttaaccacaattatt 44468139  T
Q  199 gaagccataaccagaatccttaggaatgtcaatgttgtacttaaatgtgactggagggttgtcatggtgagatgctgtgacagtctctggtatccaacca 298  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  44468138 gaagccataaccagaatccttaggaatgtcaatgttgtacttaaatgtgactggagggttgtcatggtgatatgctatgacagtctctggtatccaacca 44468039  T
Q  299 tcagtgccgttcctaaatagatacattttgcatattttaccaatacatggtcccaatatctcaaaatccatcgtggtgcattgctcgaacgtcgtcccag 398  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44468038 tccgtgccgttcctaaatagatacattttgcatattttaccaatacatggtcccaatatctcaaaatccatcgtggtgcattgctcgaacgtcgtcccag 44467939  T
Q  399 aatcaggatcgtccaatcttggtacataaacctgcaattattatatata---------annnnnnnngttggcaactaacaaatattactaataattagg 489  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||         |        |||||||||||||||||||   |||||||||||    
T  44467938 aatcaggatcgtccaatcttggtacataaacctgcaattattatatgtatagatatataatttttttgttggcaactaacaaatat---taataattagg 44467842  T
Q  490 gtgtaatattatttgcacaacaaaaattaaggagcaagataaacatgta--------------------tgtggtatagaaaggaacctcagagccatca 569  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467841 gtgtaatattatttgcacaacaaaaattaaggagcaacataaacatgtatagatatatgattaattgtttgtggtatagaaaggaacctcagagccatca 44467742  T
Q  570 gcatctccaaataaaatactgatttcatcttttgtagataaaggagatttgcagcttgttgttatggtcaccttgtaatcgcagttaccactccgtttag 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467741 gcatctccaaataaaatactgatttcatcttttgtagataaaggagatttgcagcttgttgctatggtcaccttgtaatcgcagttaccactccgtttag 44467642  T
Q  670 tctcattctgaaacatgcatgcatatataaccttttat--------------ttaaaatatgaaattaataataaatcattcatgcagtgactaaactaa 755  Q
    |||||||||||||    |||||||||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||       
T  44467641 tctcattctgaaa----catgcatatataaccttttatttaagatgcattaattaaaatatgaaattaataataaatcattcatccagtgactaaac--- 44467549  T
Q  756 ttaattaacagggaaaagggacattgaaaatctaaagatttacttgttgttgggtatgaataagcatggatgattggttcatttgaggttgagtgcgaat 855  Q
        || ||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467548 ----tttacagggaaaagggacattgaaaat----tgatttacttgttgttgggtatgaataagcatggatgattggttcatttgaggttgagtgcgaat 44467457  T
Q  856 gatcaatgttggtgttgcatgtgtgaaggcaacgatgatgatg 898  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44467456 gatcaatgttggtgttgcatgtgtgaaggcaacgatgatgatg 44467414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 797 - 886
Target Start/End: Complemental strand, 44474575 - 44474486
Alignment:
Q  797 acttgttgttgggtatgaataagcatggatgattggttcatttgaggttgagtgcgaatgatcaatgttggtgttgcatgtgtgaaggca 886  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||||||||||| |||||| ||||  || ||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  44474575 acttgttgttgggtatggttaagcatggaatattggttcatttgaagttgagagcgagagaccaatgatggtgttgcatttgtgaaggca 44474486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 553 - 653
Target Start/End: Complemental strand, 44495420 - 44495320
Alignment:
Q  553 gaacctcagagccatcagcatctccaaataaaatactgatttcatcttttgtagataaaggagatttgcagcttgttgttatggtcaccttgtaatcgca 652  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||  |||| ||||| ||   |||||   ||||||||||  |||| |||||||||||| |||    
T  44495420 gaacctcagagccatgagcatctccaaatgaaatactgattctatctgttgtatattgtggagaacggcagcttgtttctatgatcaccttgtaattgca 44495321  T
Q  653 g 653  Q
    |    
T  44495320 g 44495320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University