View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5859-Insertion-2 (Length: 870)

Name: NF5859-Insertion-2
Description: NF5859
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5859-Insertion-2
NF5859-Insertion-2
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (9-756)||(46140924-46141645)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 535; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 535; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 756
Target Start/End: Original strand, 46140924 - 46141645
Alignment:
Q  9 gttggagcagaagttgtggaagtaagttgaagcggcgctgtaaaagatgaagccaccgccatggtagaaaacgatgagtggtagttttttggaggttggt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  46140924 gttggagcagaagttgtggaagtaagttgaagcggcgctgtaaaagatgaagccaccgccatggtagaaaacgatgagtggtagtttcttggaggttggt 46141023  T
Q  109 ttgtggggtaagtagattctagcccaagtgtgttttgatgggtttagggtcaggtctttggagagggagggtgtaggaagattgggatcttgcgaaggtg 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  46141024 ttgtggggtaagtagattctagcccaagtgtgttttgatgggtttagggtcaggtctttggagagggagggtgtaggaagattgggatcttgtgaaggtg 46141123  T
Q  209 gggattgtgggtatttgtctaagcgtgtgatggtgccgtttgggttgtggattaggttgagtactttgtatggatccatggaggatgatgagtttacatt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46141124 gggattgtgggtatttgtctaagcgtgtgatggtgccgtttgggttgtggattaggttgagtactttgtatggatccatggaggatgatgagtttacatt 46141223  T
Q  309 cgcaagtaagaggaggagatgcaaggaaagaatagcaatagcagtaatgtgtagtgacatagacatggctagtactgattagtagttaatggagaattaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46141224 cgcaagtaagaggaggagatgcaaggaaagaatagcaatagcagtaatgtgtagtgacatagacatggctagtactgattagtagttaatggagaattaa 46141323  T
Q  409 tagatctgctgtgatttactattactaggttggaaaccacatgtgcaaagatacgtgaatgtgaagctctagatcttcaatgatcatgtgatagatcgaa 508  Q
    |||||||| ||||||              |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46141324 tagatctgttgtgat--------------ttggaaaccacatgtgcaaagatacgtgaatgtgaagctctagatcttcaatgatcatgtgatagatcgaa 46141409  T
Q  509 tcgaagtcaaagtgaaactattaccttgaatgtgtgacataaaacaacatcacgatagtcttcgaatttatctaaattggaaaaataaattttagtgnnn 608  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||       
T  46141410 tcgaagtcaaagtgaaactacta-cttgaatgtgtgacataaaacaacatcacgatagtcttcgaatttttctaaattggaaaaataaattttagtgttt 46141508  T
Q  609 nnnnnnnnnagtttatagtgcataatatatatcaggttcggattcaaactcaaactccgaccatcac---nnnnnnnnnttaaatgatgaattagaaaac 705  Q
             ||||||||||||||||||||| |||||           | ||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||     
T  46141509 tttttttttagtttatagtgcataatatatgtcagg-----------attcaaactccgaccatcacaaaaaaaaaaaattaaatgatgaattagaaaat 46141597  T
Q  706 caaagtgactacttaaaaatattcaataacgtatttgcaacttttattttg 756  Q
    |||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46141598 caaagtgacta---aaaaatattcaataacgtatttgcaacttttattttg 46141645  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University