View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5863-Insertion-1 (Length: 1050)

Name: NF5863-Insertion-1
Description: NF5863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5863-Insertion-1
NF5863-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (9-1006)||(52271179-52272189)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 876; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 876; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 1006
Target Start/End: Original strand, 52271179 - 52272189
Alignment:
Q  9 cttctcctgttacacattacaattttgatataaaaacaaaaataatcatcatttcatcacatgagtaccttagcgcaggcaaagatggaaatgcaataaa 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52271179 cttctcctgttacacattacaattttgatataaaaacaaaaataatcatcatttcatcacatgagtaccttagcgcaggcaaagatggaaatgcaataaa 52271278  T
Q  109 cttctgccaaaatcaaagtgacagcaatacatttactatagt------agctgagaagcaagaactcacaactctataagagagggactgtttggctagc 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52271279 cttctgccaaaatcaaagtgacagcaatacatttactatagtattagtagctgagaagcaagaactcacaactctataagagagggactgtttggctagc 52271378  T
Q  203 ctctcctcagtttcctcatcagatgatacatatgcatcatctttatccgtaaacatctgtgggatcatctgctacgccttcttcagattcatcctcacag 302  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  52271379 ctctcctcagtttcctcatcagatgatacatatgcatcatctttatccgtaaacatctgcgggatcatctgcttcgccttcttcagattgatcctcacag 52271478  T
Q  303 catcagatggagcagtgaagtcttcaacttcatcgtcagattcattttcagtttctttgctttcctcatcttcctcgtcaacttcatcgttagaatcttt 402  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  52271479 catcagatggagcagcgaagtcttcaacttcatcgtcagattcattttcagtttctttgctttcctcatcttcctcgtcaacttcatcgtcagaatcttt 52271578  T
Q  403 caatcttgaaccacaattaagtttctggagtagattatccatcccagttgtatcctgctgctcaagccattgctgatggagttggtcacgcttttctcta 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52271579 caatcttgaaccacaattaagtttctggagtagattatccatcccagttgtatcctgctgctcaagccattgctgatggagttggtcacgcttttctcta 52271678  T
Q  503 tcaattggcgcttcttcatacccagttgcaatcatatcattaagctcctcgatatcatcatcattgtcaccttcttcattatcttggaagcgttgtaggt 602  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52271679 tcaattggcgcttcttcatatccagttgcaatcatatcattaagctcctcaatatcatcatcattgtcaccttcttcattatcttggaagcgttgtaggt 52271778  T
Q  603 cattgtcactgtcatcttcctcttcggcttcttcatcaacaaaagccttgacagggtcaccgcttgcaggtaaagacaagccagctgatccatgtaagtg 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  52271779 cattgtcactgtcatcttcctcttcggcttcttcatcaacaaaagccttgacagggtcaccgcttgcaggtaaagacaagtcagctgatccatgtaagtg 52271878  T
Q  703 tggcactgtgttctccttgtcattgtcctcgtcatcggaagacctggagaaaaagattggttgtcatttttaacttccagaacaatggaaagcaaattga 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52271879 tggcactgtgttctccttgtcattgtcctcgtcatcggaggacctggagaaaaagattggttttcatttttaacttccagaacaatggaaagcaaattga 52271978  T
Q  803 agagtcctccactatagaagaattaaaaggccacggtttataggtaagcgccagagtttttcaacgt-aaaatccaaactaacaaccatatagctaagct 901  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52271979 agagtcctccactatggaagaattaaaaggccacggtttataggtaagcgccagagttttccaacgtaaaaatccaaactaacaaccatatagctaagct 52272078  T
Q  902 catcccaaagt-agag-tatagttttatagtag-atcagcaacgacgaaac-agtggtgac-ataaatagac-atgaaactttatgtgacagacagcgag 995  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  52272079 catcccaaagtaagagttatagttttatagtagaatcagcaacgatgaaacaagtggtgacaataaatagacaatgaaactttatgtgacagacagcaag 52272178  T
Q  996 tgagtgactaa 1006  Q
    |||||||||||    
T  52272179 tgagtgactaa 52272189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University