View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5863-Insertion-2 (Length: 972)

Name: NF5863-Insertion-2
Description: NF5863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5863-Insertion-2
NF5863-Insertion-2
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (396-972)||(50831288-50831866)
chr3 (396-972)||(50843987-50844565)
chr3 (8-337)||(50831925-50832254)
chr3 (8-337)||(50843599-50843928)
chr3 (398-840)||(5574318-5574775)
chr3 (11-67)||(32791834-32791890)
chr3 (190-297)||(5574880-5574987)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-115)||(24533946-24534053)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (190-297)||(42318736-42318843)
chr8 (660-766)||(45240577-45240690)
chr8 (428-515)||(45240780-45240867)
chr8 (409-514)||(42318928-42319034)
chr8 (660-841)||(42319101-42319291)
chr8 (190-297)||(45240964-45241071)
chr8 (567-623)||(42319045-42319101)
chr8 (567-623)||(45240690-45240746)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (190-297)||(31662273-31662380)
chr6 (409-514)||(31662082-31662188)
chr6 (660-841)||(31661825-31662015)
chr6 (567-623)||(31662015-31662071)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (428-515)||(6672301-6672388)
chr2 (192-297)||(6672091-6672196)
chr2 (660-764)||(6672459-6672570)
chr2 (570-632)||(17468276-17468339)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (192-236)||(21123312-21123356)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 396 - 972
Target Start/End: Complemental strand, 50831866 - 50831288
Alignment:
Q  396 agggggttattggttataataagaagcactgcttttgtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatga 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50831866 agggggttattggttataataagaagcactgcttttgtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatga 50831767  T
Q  496 agatatgactaaaatttgaggggatgttattcaacaggtcatcccctatattttagttgattgcaggacgttaaaatgcgggactatgttcaatattcta 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50831766 agatatgactaaaatttgaggggatgttattcaacaggtcatcccctatattttagttgattgcaggacgttaaaatgcgggactatgttcaatattcta 50831667  T
Q  596 tacaattcatctggattttacattgcaaatttctacactattttatttatggtgtttgtgatgcaggattttacattgcaaattaaatggaagctttgat 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50831666 tacaattcatctggattttacattgcaaatttctacactattttatttatggtgtttgtgatgcaggattttacattgcaaattaaatggaagctttgat 50831567  T
Q  696 aagattctaaatgtgtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcattaagctattttttaatcgacacgtttgataggtttgaagaatca 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50831566 aagattctaaatgtgtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcattaagctattttttaatcgacacgtttgataggtttgaagaatca 50831467  T
Q  796 atgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgtttatgattaatgtggatcaatgtt-ataatatgatttagtttataacaatc-ttta 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  50831466 atgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgtttatgattaatgtggatcaatgttaataatatgacttagtttataacaatctttta 50831367  T
Q  894 gtgtgaaatgtcatattactggttgttagacatgatattagctgcacattgttgaatgtgtgtattatgtatgatatta 972  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50831366 gtgtgaaatgtcatattactggttgttagacatgatattacctgcacattgttggatgtgtgtattatgtatgatatta 50831288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 396 - 972
Target Start/End: Original strand, 50843987 - 50844565
Alignment:
Q  396 agggggttattggttataataagaagcactgcttttgtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatga 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50843987 agggggttattggttataataagaagcactgcttttgtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatga 50844086  T
Q  496 agatatgactaaaatttgaggggatgttattcaacaggtcatcccctatattttagttgattgcaggacgttaaaatgcgggactatgttcaatattcta 595  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50844087 agatatgactaaaatttgaggggatgttattcaacaggtcatcccctatattttagttgattgcaggacgttaaaatgcgggactatgttcaatattcta 50844186  T
Q  596 tacaattcatctggattttacattgcaaatttctacactattttatttatggtgtttgtgatgcaggattttacattgcaaattaaatggaagctttgat 695  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50844187 tacaattcatctggattttacattgcaaatttctacactattttatttatggtgtttgtgatgcaggattttacattgcaaattaaatggaagctttgat 50844286  T
Q  696 aagattctaaatgtgtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcattaagctattttttaatcgacacgtttgataggtttgaagaatca 795  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50844287 aagattctaaatgtgtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcattaagctattttttaatcgacacgtttgataggtttgaagaatca 50844386  T
Q  796 atgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgtttatgattaatgtggatcaatgtt-ataatatgatttagtttataacaatc-ttta 893  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  50844387 atgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgtttatgattaatgtggatcaatgttaataatatgacttagtttataacaatctttta 50844486  T
Q  894 gtgtgaaatgtcatattactggttgttagacatgatattagctgcacattgttgaatgtgtgtattatgtatgatatta 972  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  50844487 gtgtgaaatgtcatattactggttgttagacatgatattacctgcacattgttggatgtgtgtattatgtatgatatta 50844565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 8 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 50832254 - 50831925
Alignment:
Q  8 aaacttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaaattaaattaattataaggaaagggatatccatttctaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50832254 aaacttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaaattaaattaattataaggaaagggatatccatttctaata 50832155  T
Q  108 atgtgacaaagaaagctgctaaatcttattggaatcgtttaaatttgcagctaggtaaattatgagacaagcaaatgtaatttctttggactatgaaaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50832154 atgtgacaaagaaagctgctaaatcttattggaatcgtttaaatttgcagctaggtaaattatgagacaagcaaatgtaatttctttggactatgaaaat 50832055  T
Q  208 gcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagcttcccaatannnnnnnagt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||    
T  50832054 gcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagcttcctaatatttttttagt 50831955  T
Q  308 ctcacagcttcttatcatactctgatcttc 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50831954 ctcacagcttcttatcatactctgatcttc 50831925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 8 - 337
Target Start/End: Original strand, 50843599 - 50843928
Alignment:
Q  8 aaacttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaaattaaattaattataaggaaagggatatccatttctaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50843599 aaacttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaaattaaattaattataaggaaagggatatccatttctaata 50843698  T
Q  108 atgtgacaaagaaagctgctaaatcttattggaatcgtttaaatttgcagctaggtaaattatgagacaagcaaatgtaatttctttggactatgaaaat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50843699 atgtgacaaagaaagctgctaaatcttattggaatcgtttaaatttgcagctaggtaaattatgagacaagcaaatgtaatttctttggactatgaaaat 50843798  T
Q  208 gcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagcttcccaatannnnnnnagt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       |||    
T  50843799 gcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagcttcctaatatttttttagt 50843898  T
Q  308 ctcacagcttcttatcatactctgatcttc 337  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50843899 ctcacagcttcttatcatactctgatcttc 50843928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 398 - 840
Target Start/End: Complemental strand, 5574775 - 5574318
Alignment:
Q  398 ggggttattggttataataagaagcactgctttt-gtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatgaa 496  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  5574775 ggggttattgtctataataagtagcattgctttttgtttgttgaattgtggtttcatgctcaattttacatcatgtatgtttggaagattgtgaaatgca 5574676  T
Q  497 gatatgactaaaatttgaggggatgttattcaacaggtcatcccctat-attttagttgattgcaggacgttaaaatgcgggactatgttcaatattcta 595  Q
     |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||| | || |||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  5574675 tatatggttaaaatttgaggggatgttattcaacgggtcatcacctattattttagttgatcgtagcacgt-aaaatgcgggactatgttcaatcttcta 5574577  T
Q  596 tacaattcatctggattttacattgcaaatttctacactattttatttatggtgtttgtgatgcaggattttacattgcaaattaaatggaagctttgat 695  Q
    |||  ||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5574576 tacggttcatttggattttacattccaaattactaccctattttatttatggtatttgtgatgcaggattttacattgcaaattaaatggaagctttgat 5574477  T
Q  696 aagattctaaatgt-------gtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcattaagctattttttaatcgacacgtttgataggtttga 788  Q
    ||||||||||| ||       |||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||| |||   ||||||||||    
T  5574476 aagattctaaacgtccttgaagtgcatgttcggatgattttgtttacaatactgtaactgcattaagctattttttaaaagacccgtgcaataggtttga 5574377  T
Q  789 aga-------atcaatgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgtt 840  Q
    |||       | ||| ||||||||| |||| ||||||||||  |||||| |||||||||    
T  5574376 agactttggtaccaacgaagatgatgatgagactaatgtaacgtcaaacggtgtatgtt 5574318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 11 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 32791890 - 32791834
Alignment:
Q  11 cttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaa 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32791890 cttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaa 32791834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 190 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 5574987 - 5574880
Alignment:
Q  190 tctttggactatgaaaatgcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagct 289  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||| | ||||| | ||||||||| ||||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  5574987 tctttggactatgaaaatgcattagcgagcaagacaaattttattttacagccatatatatgtttttaccatagctttagtatttgtatgttcactagct 5574888  T
Q  290 tcccaata 297  Q
    ||| ||||    
T  5574887 tcctaata 5574880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 108; Significance: 1e-53; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 24534053 - 24533946
Alignment:
Q  8 aaacttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaaattaaattaattataaggaaagggatatccatttctaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24534053 aaacttcaatctgctaatcagttgtgattatgttaatttgcattggaatccatttctaaaattaaattaattataaggaaagggatatccatttctaata 24533954  T
Q  108 atgtgaca 115  Q
    ||||||||    
T  24533953 atgtgaca 24533946  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 190 - 297
Target Start/End: Original strand, 42318736 - 42318843
Alignment:
Q  190 tctttggactatgaaaatgcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagct 289  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  42318736 tctttggactattaaaatgcattagagagcaagaccaatgtcattttgctgccatatatatgtttttcccatagctttagtatttttatgttcacaagct 42318835  T
Q  290 tcccaata 297  Q
    ||| ||||    
T  42318836 tcctaata 42318843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 660 - 766
Target Start/End: Complemental strand, 45240690 - 45240577
Alignment:
Q  660 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgt-------gtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcatt 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  45240690 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgtccttgaggtgcatgttaggatgattttgtttacaatattgtaactgcatt 45240591  T
Q  753 aagctattttttaa 766  Q
    ||| ||||||||||    
T  45240590 aagttattttttaa 45240577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 428 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 45240867 - 45240780
Alignment:
Q  428 ttttgtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatgactaaaatttgag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  45240867 ttttgtttgttgaattgtggtttcatgttcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgagatgaagatatggctaaaatttgag 45240780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 409 - 514
Target Start/End: Original strand, 42318928 - 42319034
Alignment:
Q  409 ttataataagaagcactgctttt-gtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatgactaa 507  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42318928 ttataataagcagcattgctttttgtttgttgaattttggtttcatgctctatcttacctcttgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatggctaa 42319027  T
Q  508 aatttga 514  Q
    |||||||    
T  42319028 aatttga 42319034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 660 - 841
Target Start/End: Original strand, 42319101 - 42319291
Alignment:
Q  660 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgt-------gtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcatt 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  42319101 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgtccttgaggtgcatgttaggataattttgtttacaatattgtaactccatt 42319200  T
Q  753 aagctattttttaatcgacacgtttgataggtttgaaga-------atcaatgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgttt 841  Q
    ||| ||||||||||     | || |||||||||||||||       | ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||  ||||||||||    
T  42319201 aagttattttttaa-----aagtgtgataggtttgaagacattggtaccaatgaagatgatgatgatactaatgtaacgtcaaatggtgtatgttt 42319291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 190 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 45241071 - 45240964
Alignment:
Q  190 tctttggactatgaaaatgcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagct 289  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||  | || ||||||||| |||||||||||||     
T  45241071 tctttggactatgaaaatgcatcagagagcaacaccaatgtcattttgctgccatatatatgtttttcccgtagcattagtatttttatgttcacaagca 45240972  T
Q  290 tcccaata 297  Q
    ||| ||||    
T  45240971 tcctaata 45240964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 567 - 623
Target Start/End: Original strand, 42319045 - 42319101
Alignment:
Q  567 taaaatgcgggactatgttcaatattctatacaattcatctggattttacattgcaa 623  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42319045 taaaatgcgggactatgttcaatcttttatacaattcatctggattttacaatgcaa 42319101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 567 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 45240746 - 45240690
Alignment:
Q  567 taaaatgcgggactatgttcaatattctatacaattcatctggattttacattgcaa 623  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  45240746 taaaatgcgggactatgttcaatcttttatacaattcatctggattttacaatgcaa 45240690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 80; Significance: 5e-37; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 190 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 31662380 - 31662273
Alignment:
Q  190 tctttggactatgaaaatgcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagct 289  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||    
T  31662380 tctttggactattaaaatgcattagagagcaagaccaatgtcattttgctgccatatatatgtttttcccatagctttagtatttttatgttcacaagct 31662281  T
Q  290 tcccaata 297  Q
    ||| ||||    
T  31662280 tcctaata 31662273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 409 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 31662188 - 31662082
Alignment:
Q  409 ttataataagaagcactgctttt-gtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatgactaa 507  Q
    |||||||||| |||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31662188 ttataataagcagcattgctttttgtttgttgaattttggtttcatgctctatcttacctcttgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatggctaa 31662089  T
Q  508 aatttga 514  Q
    |||||||    
T  31662088 aatttga 31662082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 68; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 660 - 841
Target Start/End: Complemental strand, 31662015 - 31661825
Alignment:
Q  660 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgt-------gtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcatt 752  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||  |||||||| ||||||||||||| ||||    
T  31662015 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgtccttgaggtgcatgttaggataattttgtttacaatattgtaactccatt 31661916  T
Q  753 aagctattttttaatcgacacgtttgataggtttgaaga-------atcaatgaagatgataatgatactaatgtaaaatcaaacagtgtatgttt 841  Q
    ||| ||||||||||     | || |||||||||||||||       | ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||  ||||||||||    
T  31661915 aagttattttttaa-----aagtgtgataggtttgaagacattggtaccaatgaagatgatgatgatactaatgtaacgtcaaatggtgtatgttt 31661825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 567 - 623
Target Start/End: Complemental strand, 31662071 - 31662015
Alignment:
Q  567 taaaatgcgggactatgttcaatattctatacaattcatctggattttacattgcaa 623  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  31662071 taaaatgcgggactatgttcaatcttttatacaattcatctggattttacaatgcaa 31662015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 76; Significance: 1e-34; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 428 - 515
Target Start/End: Original strand, 6672301 - 6672388
Alignment:
Q  428 ttttgtttgttgaattgtggtttaatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatgactaaaatttgag 515  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||    
T  6672301 ttttgtttgttgaattgtggtttcatgctcaatcttacctcatgcaggtttggaagattgtgaaatgaagatatggcaaaaatttgag 6672388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 192 - 297
Target Start/End: Original strand, 6672091 - 6672196
Alignment:
Q  192 tttggactatgaaaatgcattagagagcaagaacaatgtcattttgctgccatatatttgtttttcctattgctttagtatttgtatgttcacaagcttc 291  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  6672091 tttggactatgaaaatgcattagagagcaacaccaatgtcattttgctgccatatatatgtttttcccatagctttagtatttttatgttcacaagcatc 6672190  T
Q  292 ccaata 297  Q
    | ||||    
T  6672191 ctaata 6672196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 660 - 764
Target Start/End: Original strand, 6672459 - 6672570
Alignment:
Q  660 aggattttacattgcaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgt-------gtgcatgttaagatggttttgttttcaatattgtaactgcatt 752  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  6672459 aggattttacattgaaaattaaatggaagctttgataagattctaaatgtccttgaggtgcatgttaggatgattttgtttgcaatattgtaactgcatt 6672558  T
Q  753 aagctatttttt 764  Q
    ||| ||||||||    
T  6672559 aagttatttttt 6672570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 570 - 632
Target Start/End: Original strand, 17468276 - 17468339
Alignment:
Q  570 aatgcgggactatgttcaatattctatacaattcatctggat-tttacattgcaaatttctaca 632  Q
    |||| ||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17468276 aatgtgggcctatgttcaatcttcttgacaattcatctggatgtttacattgcaaatttctaca 17468339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000006; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 192 - 236
Target Start/End: Original strand, 21123312 - 21123356
Alignment:
Q  192 tttggactatgaaaatgcattagagagcaagaacaatgtcatttt 236  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  21123312 tttggactatgaaaatgcattagagaacaagaccgatgtcatttt 21123356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University