View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5863-Insertion-3 (Length: 960)

Name: NF5863-Insertion-3
Description: NF5863
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5863-Insertion-3
NF5863-Insertion-3
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (267-960)||(38666047-38666735)
chr1 (29-217)||(38666787-38666973)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 494; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 494; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 267 - 960
Target Start/End: Complemental strand, 38666735 - 38666047
Alignment:
Q  267 acaaatatttcatatcaacatgtttgctagctagtaactaagcacgccttgcattgatatgaactaacgttaacacaccgatttttattacaacttgctt 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38666735 acaaatatttcatatcaacatgtttgctagctagtaactaagcacgccttgcattgatatgaacttacgttaacacaccgatttttattacaacttgctt 38666636  T
Q  367 cccggtacccacatttaactttatgttcatttcatttcatttcaagagttgtagattgtcaaagaaattattaaaatggtatagtaataaaattgtacat 466  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                      |||||||||||||||||||||||||    
T  38666635 cccggtacccacatttaactttatgttcatttcatttcatttcaagagttgta----------------------atggtatagtaataaaattgtacat 38666558  T
Q  467 gtgtgaaacatttactttatcttgtcgtgcatcacaatggatagaaaaagtagtatttgttttcnnnnnnnagatgtttttattcatgagaaataaagta 566  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38666557 gtgtgaaacatttactttatcttgtcgtgcatcacaatggatagaaaaagtagtatttgttttctttttttagatgtttttattcatgagaaataaagta 38666458  T
Q  567 tattag--------ggcagggacaaacatggtagtgggtagatgagaatcaagatgccctttggagtggcctagattccttctgcttccttttcatgtta 658  Q
    ||||||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38666457 tattagtatattagggcaggggcaaacatggtagtgggtagatgagaatcaagatgccctttggggtggcctagattccttctgcttccttttaatgtta 38666358  T
Q  659 gctttgctatggacaaccttccacaccccatattcatgcgacactctccccttccctcctcaatatatattgtagcaataggtgctacatatatgccctt 758  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38666357 gctttgctatggacaaccttccacaccccatattcatgcgacactctccccttccctcctcaatatatattgtagcaataggagctacatatatgccctt 38666258  T
Q  759 tcactttatcctaaactgcc-aaaatttaacataagtgctataccacgtatatcgtcaccaaattgatcc-tgtgaaatatcaccaacctaatattttgg 856  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  38666257 tcactttatcctaaactgccaaaaatttaacataagtgctataccacgtatatcgtcaccaaattgatccttgtgaaatatcaccaacctaatattttgg 38666158  T
Q  857 ct-aagatcctaactgatcattgtgaaac-aatttacaactt-cttataccataagact-attaaagattc-aattaatccttgtg-aaaatcacaaac- 949  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||     
T  38666157 ctaaagatcctaactgatcattgttaaacaaatttacaacttccttataccataagactaattaaagattcaaattaatccttgtgaaaaatcacaaaca 38666058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 29 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 38666973 - 38666787
Alignment:
Q  29 aatgacaacgattaatatgttaattgtcatgtagtannnnnnnnctccttaccataacttaaatattgcacatttaactttatcaacgctttannnnnnn 128  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||           
T  38666973 aatgacaacgattaatatgttaattgtcatgtagtatttttttcttccttaccataactta--tattgtacatttaactttatcaacgctttattttctt 38666876  T
Q  129 aactcaaatcagatgaactacttaaccccataaactttaaaccatgtttgcttgttagtaattaagcacactttgcaaacaaatgcgtt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38666875 aactcaaatcagatgaactacttaaccccataaactttaaacgatgtttgcttgttagtaattaagcacactttgcaaacaaatgcgtt 38666787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University