View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5865-Insertion-1 (Length: 935)

Name: NF5865-Insertion-1
Description: NF5865
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5865-Insertion-1
NF5865-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-935)||(1885702-1886629)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (300-351)||(36256769-36256820)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 921; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 921; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 935
Target Start/End: Original strand, 1885702 - 1886629
Alignment:
Q  7 caaatttggcgcaacaaaatacttccacgggattaagaactttctttggcgagttactcgcgaatttcttccaacaaagggttcgactgcaggctaacgg 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1885702 caaatttggcgcaacaaaatacttccacgggattaagaactttctttggcgagttactcgcgaatttcttccaacaaagggttcgactgcaggctaacgg 1885801  T
Q  107 agtcaattgaacccaacagtgtccgttctataatgaccacgaagacaacatgcacacattatttctatgtggcaaaatcgcccaatgttggcagctgctg 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1885802 agtcaattgaacccaacagtgtccgttctataatgaccacgaagacaacatgcacacattatttctatgtggcaaaatcgcccaatgttggcagctgctg 1885901  T
Q  207 ggtctttgttaagacataactgttgcgattttgaatccaggtgatatctcctctattatttttgcaattctgcatcgtttagagccctcacaacagccaa 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1885902 ggtctttgttaagacataactgttgcgattttgaatccaggtgatatctcctctat-atttttgcaattctgcatcgtttagagccctcacaacagccaa 1886000  T
Q  307 tctttagcacgctgatgtggatcatttgaaaaaatagaaataatatggaatgatacctcagacaagtgtcaggttatctgtgatagagccacgatgttgt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886001 tctttagcacgctgatgtggatcatttgaaaaaatagaaataatatggaatgatacctcagacaagtgtcaggttatctgtgatagagccacgatgttgt 1886100  T
Q  407 tttcaagttggaagaatgctcaggaggtaaaacaaacatcaagtgtatctcatgcggtcaggcacgttgagaaatgggttaaacaatctcaggcaggtac 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886101 tttcaagttggaagaatgctcaggaggtaaaacaaacatcaagtgtatctcatgcggtcaggcacgttgagaaatgggttaaacaatctcaggcaggtac 1886200  T
Q  507 aagtgtaatgttgacgcttcctgtctgaagctctggatagagtgggcataagaatctatatcagagatgaagaagaagcttttgtgttggccggaccgaa 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886201 aagtgtaatgttgacgcttcctgtctgaagctctggatagagtgggcataagaatctatatcagagatgaagaagaagcttttgtgttggccggaccgaa 1886300  T
Q  607 tggatattgatattgatgttgatctcctcttcttgatattgatgttggagtggcgcttaagttgttaaaggctatggaataggcaagagagttacaattg 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886301 tggatattgatattgatgttgatctcctcttcttgatattgatgttggagtggcgcttaagttgttaaaggctatggaataggcaagagagttacaattg 1886400  T
Q  707 tagaacatgtatttcgaggtagacgccaagacaattgtagacaacatatatgggaagcagatcggtgtatcggaatataatgaaataattagtaaatgtg 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886401 tagaacatgtatttcgaggtagacgccaagacaattgtagacaacatatatgggaagcagatcggtgtatcggaatataatgaaataattagtaaatgtg 1886500  T
Q  807 cttatatgtcaaattcattaggagacaatcaaaccaaactgcttatgggttagctagggtggctcctacggaaactagtttccatgtttattctcacatc 906  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886501 cttatatgtcaaattcattaggagacaatcaaaccaaactgcttatgggttagctagggtggctcctacggaaactagtttccatgtttattctcacatc 1886600  T
Q  907 ccaacatgtattgaatctatttattctgc 935  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1886601 ccaacatgtattgaatctatttattctgc 1886629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 300 - 351
Target Start/End: Original strand, 36256769 - 36256820
Alignment:
Q  300 cagccaatctttagcacgctgatgtggatcatttgaaaaaatagaaataata 351  Q
    ||||||||||||||||| || |||| || |||||| ||||||||||||||||    
T  36256769 cagccaatctttagcacacttatgttgagcatttggaaaaatagaaataata 36256820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University