View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5866-Insertion-1 (Length: 932)

Name: NF5866-Insertion-1
Description: NF5866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5866-Insertion-1
NF5866-Insertion-1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-873)||(4174152-4175018)
chr5 (27-844)||(4170187-4171005)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 799; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 799; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 873
Target Start/End: Complemental strand, 4175018 - 4174152
Alignment:
Q  9 aaaaggatcttacaaacataatggccaatcatgaagctctggtcctaaaaactattaacaaattgatttcatgtctcaacagattgtaatagggtgcgac 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4175018 aaaaggatcttacaaacataatggccaatcatgaagctctggtcctaaaaactattaacaaattgatttcatgtctcaacagattgtaatagggtgcgac 4174919  T
Q  109 ggcattcgatccccgatagctgagtggatgggattttctgagccaaagtacgttggttattgtgctttccgtggacttgcctcctattcagatggacaac 208  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174918 ggcattcgatccccgatagctaagtggatgggattttctgagccaaattacgttggttattgtgctttccgtggacttgcctcctattcagatggacaac 4174819  T
Q  209 cttttgagccgcgggtgaattacatctttggaaaagggttacgtgcagcatatgttcctgtttctcctaccaaagtgtattggtttgtcaccttcaatag 308  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174818 cttttgagctacgggtgaattacatctatggaaaagggttacgtgcaggatatgttcctgtttctcctaccaaagtgtattggtttgtcaccttcaatag 4174719  T
Q  309 ttcatctccaggttcttacttctaactacatgcatatacagttaaattacttagtttattgttcaaatgaaaaatagttgagttcaatggtaggtcctaa 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174718 ttcatctccaggttcttacttctaactacatgcatatacagttaaattacttagtttattgttcaaatgaaaaatagttgagttcaatggtaggtcctaa 4174619  T
Q  409 aacaaccgagccatcggtgctaaagaagcaagctaaggatctagtagaaaactggcctccagagctactaaacataatggattctacgccggatgagact 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  4174618 aacaaccgagccatcggtgctaaagaagcaagctaaggatcttgtagaaaactggcttccagagctactaaacataatggattctacgccggatgacact 4174519  T
Q  509 atagtcttgactccgttgatggatcgatggctttggccatggataagtccacctgtttctagaggtagagttgtactcgttggagacgcttggcacccaa 608  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4174518 atagtcttgactccgttgatggatcgatggctttggccatggataagtccacctgtttctagaggtagagttgtactcgttggagacgcttggcacccaa 4174419  T
Q  609 tgactccaaatattgggcaaggagcatgttgtgctctagaggatgcagtcgttcttgctaaaaagcttgctgcaaccatcaactctgatgacgacacttc 708  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  4174418 tgactccaaatattgggcaaggagcatgttgtgctctagaggatgcagtcgttcttgctaaaaagcttgctgcagccattaactctgatgacgacacttc 4174319  T
Q  709 tatcgaagacgcttttagatcatatggcaatgaaagatggttgcgcatatttccactaaccatactggcaaaccttgtgggttcgatttcgcagtcggag 808  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4174318 tatcgaagacgcttttagatcatatggcaatgaaagatggttgcgcatatttccactaaccatactggcaaaccttgtgggttcgatttcgcagtcggac 4174219  T
Q  809 aacccactggtgtgttatgtta-aaacaatattgtcaaggacagagtcagg-aaaatagttaagggt 873  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4174218 aacccactggtgtgttatgttagaaacaatattgtcagggacagagtcaggaaaaatagttaagggt 4174152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 478; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 844
Target Start/End: Complemental strand, 4171005 - 4170187
Alignment:
Q  27 taatggccaatcatgaagctctggtcctaaaaactattaacaaattgatttcatgtctcaacagattgtaatagggtgcgacggcattcgatccccgata 126  Q
    |||| ||||||  ||||||| | |||||||||| | |||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  4171005 taatagccaattctgaagctttagtcctaaaaagtcttaacaaattgattccatgtataaacagattgtaatagggtgcgacggaattcgatcaccgata 4170906  T
Q  127 gctgagtggatgggattttctgagccaaagtacgttggttattgtgctttccgtggacttgcctcctattcagatggacaaccttttgagccgcgggtga 226  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||    
T  4170905 gctaagtggatgggattttctgagccaaagttcgttggtcattgtgctttccgtggacttgcctcctattcagacggacaaccttttcaaccacgggtga 4170806  T
Q  227 attacatctttggaaaagggttacgtgcagcatatgttcctgtttctcctaccaaagtgtattggtttgtcaccttcaatagttcatctccaggttctta 326  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||| |||    
T  4170805 attacatctatggaaaagggttacgcgcaggatatgttcctgtttctccaaccaaagtctattggtttatctgcttcaacagttcatctccaggttgtta 4170706  T
Q  327 cttctaactaca---tgcatatacagttaaattacttagtttattgttcaaatgaaaaatagttgagttcaatggtaggtcctaaaacaaccgagccatc 423  Q
    ||| | ||||     | ||| ||   |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  4170705 cttgttactaataagtccatgtatgattaaattactgagtttattgttcaaatgaaaaatagttgagttcaatggcaggtcctaaaacaactgagccatc 4170606  T
Q  424 ggtgctaaagaagcaagctaaggatctagtagaaaactggcctccagagctactaaacataatggattctacgccggatgagactatagtcttgactccg 523  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||  |||||||    
T  4170605 ggtgctaaagaagcaagctaaggatctagtggaaaactggcctccagagctactaaacataatggattctacaccggatgacactataatcaggactccg 4170506  T
Q  524 ttgatggatcgatggctttggccatggataagtccacctgtttctagaggtagagttgtactcgttggagacgcttggcacccaatgactccaaatattg 623  Q
    ||| |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||    
T  4170505 ttggtggatcgatggctttggccatcaacaagtccacctgtttctgcaggtagagttgtactcgttggtgatgcttggcacccaatgactccaaatcttg 4170406  T
Q  624 ggcaaggagcatgttgtgctctagaggatgcagtcgttcttgctaaaaagcttgctgcaaccatcaactctgatgacgacacttctatcgaagacgcttt 723  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||  | ||||||   ||| |||||||||||||||||||    
T  4170405 ggcaaggagcttgttgtgctcttgaggatgcagtggttcttgctaaaaagcttgctgcagcaattgattctgat---gactcttctatcgaagacgcttt 4170309  T
Q  724 tagatcatatggcaatgaaagatggttgcgcatatttccactaaccatactggcaaaccttgtgggttcgatttcgcagtcggagaacccactggtgtgt 823  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  || ||||| ||| ||||| |||||||||    
T  4170308 tagatcatatggcaatgaaagatggccgcgcatatttccactaaccatacgggcaaatcttgtgggttcggctttgcagtgggataacccgctggtgtgt 4170209  T
Q  824 tatgtta-aaacaatattgtca 844  Q
    | |||||  |||||||||||||    
T  4170208 tctgttaggaacaatattgtca 4170187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University