View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF5866-Insertion-3 (Length: 694)
Name: NF5866-Insertion-3
Description: NF5866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF5866-Insertion-3 |
 | |
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| [»] chr4 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 557; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 557; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 694
Target Start/End: Original strand, 31813841 - 31814541
Alignment:
| Q |
9 |
taatgctcgtttccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtctggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcacc |
108 |
Q |
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| T |
31813841 |
taatgctcgtctccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcacc |
31813940 |
T |
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| Q |
109 |
aagcaacaaatagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
208 |
Q |
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| T |
31813941 |
aagcaacaaacagtagtttcaggaaggacacacagagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
31814040 |
T |
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| Q |
209 |
gttgcaccaatttaatttnnnnnnnnnnnnnnnn-tacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaactccttataggtgcctgattcacat |
307 |
Q |
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| T |
31814041 |
gttgcaccaatttaatttaaaaaagaaaaaaaaaatacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaacaccttataggtgcctgattcacat |
31814140 |
T |
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| Q |
308 |
gattcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaatttttagaaaccaaactt |
407 |
Q |
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| T |
31814141 |
gattcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaatttttagaaaccaaactt |
31814240 |
T |
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| Q |
408 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcga-ttttttgactcaaacaga |
506 |
Q |
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| T |
31814241 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcgatttttttgactcaaacaga |
31814340 |
T |
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| Q |
507 |
agcttgtgattgcacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataa-------------caaatttttcttgttcttattttattcctataaa |
593 |
Q |
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| T |
31814341 |
accttgtgattgcacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataacaggtgttgaatccaaatttttcttgttcttattttattcctataaa |
31814440 |
T |
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| Q |
594 |
ttcattttcgcatttacatgctaatattatactcaacaattgtttaattatttgctaaagttaagtgtcactaatgcacttgatttctcattacatgcta |
693 |
Q |
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| T |
31814441 |
ttcattttcgcatttacatgctaatattatactcaacaattgtttaattagttgctaaagataagtgtcactaatgcacttgatttatcattacatgcta |
31814540 |
T |
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| Q |
694 |
a |
694 |
Q |
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| T |
31814541 |
a |
31814541 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 504; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 504; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 24280532 - 24279945
Alignment:
| Q |
9 |
taatgctcgtttccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtctggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcacc |
108 |
Q |
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| T |
24280532 |
taatgctcgtttccgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtttggaaagtcagtcatgtatgaattgccacatctcgatgtattattacttcccc |
24280433 |
T |
|
| Q |
109 |
aagcaacaaatagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
208 |
Q |
| |
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|
| T |
24280432 |
aagcaacaaacagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcaccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgata |
24280333 |
T |
|
| Q |
209 |
gttgcaccaatttaatttnnnnnnnnnnnnnnnntacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaactccttataggtgcctgattcacatg |
308 |
Q |
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|
|
| T |
24280332 |
gttgcaccaatttaatttaaaaaagaaaaaaaaatacgtctgcatgattatgataaaatttcactttttgttaactccttataggtgcctgattcacatg |
24280233 |
T |
|
| Q |
309 |
attcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaattttt-agaaaccaaactt |
407 |
Q |
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| T |
24280232 |
attcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggactttttcataaggtataatatgcaaatcaattttttagaaaccaaactt |
24280133 |
T |
|
| Q |
408 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcgattttttgactcaaacagaa |
507 |
Q |
| |
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|
| T |
24280132 |
agaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctcaacccacggtttaattattcaaaccggtagtttggttcgattttttgactcaaacagaa |
24280033 |
T |
|
| Q |
508 |
gcttgtgattgcacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataacaaatttttcttgttcttattttattcctataaatt |
595 |
Q |
| |
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| T |
24280032 |
ccttgtaattacacaaatttggatacatgtctggcaattttttccttcataacaaatttttcttgttcttattttattcctataaatt |
24279945 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 119; Significance: 2e-60; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 284 - 448
Target Start/End: Original strand, 36929930 - 36930096
Alignment:
| Q |
284 |
tccttataggtgcctgattcacatgattcattatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttggggac-tttttcataaggtataatatgc |
382 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
36929930 |
tccttataggtgcctggttcacatgattcatcatagcttatttattgtcatataatgtgctttgattagttgggcacttttttcataaggtgtaatatgc |
36930029 |
T |
|
| Q |
383 |
aaatcaat-ttttagaaaccaaacttagaagatctctatgttatgattcaattgcttttaacttctc |
448 |
Q |
| |
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| T |
36930030 |
aaatcaatgttttagaaactaaacttggaagatctctaggttatggttcaattgcttttaacttctc |
36930096 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 226
Target Start/End: Original strand, 36929549 - 36929761
Alignment:
| Q |
22 |
cgaatcggtaatatgattttctagtttgtatgtctggaaagtcagtcatgtat-gaattgccacatctcgatgtattattac------ttcaccaa-gca |
113 |
Q |
| |
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||||| || |||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||| ||| |
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| T |
36929549 |
cgaattggaaatatggtttcctagtttgtatgtttggaaagtcagttatgtattgaattgccacgtctcgatatattattaccgcgatttcagcaaagca |
36929648 |
T |
|
| Q |
114 |
acaaatagtagtttcaggaaggacacacaaagaattttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgatagttgc |
213 |
Q |
| |
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||||| |||| ||||||| ||||| ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
36929649 |
acaaactgtagcttcaggatggacaaacaccaaattttaaatcgccgttaaaacaaacaggctattaaattacaaaatctcctgtgttaatgatagttgt |
36929748 |
T |
|
| Q |
214 |
accaatttaattt |
226 |
Q |
| |
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|||||||| |||| |
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|
| T |
36929749 |
accaatttgattt |
36929761 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 148 - 214
Target Start/End: Original strand, 36927502 - 36927568
Alignment:
| Q |
148 |
ttttatatcgccgtgaaaacaaacaggcttgtaaattgcaaaatctcctgtgttaatgatagttgca |
214 |
Q |
| |
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||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| | || |||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
36927502 |
ttttatatcaccgtgaaaacataaaggctattaaattactaagtctcatgtgttaatgatagttgca |
36927568 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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