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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5866_high_2 (Length: 948)

Name: NF5866_high_2
Description: NF5866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5866_high_2
NF5866_high_2
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (96-932)||(42900836-42901669)
chr2 (1-104)||(42899809-42899912)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 706; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 706; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 96 - 932
Target Start/End: Original strand, 42900836 - 42901669
Alignment:
Q  96 ttcttatatatatcttgttattttacaaaacatgcatgaccataatatttctaaggtgtgtgtgatgtaatacaaatatgcaagtaagagtaattaatgt 195  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42900836 ttcttatatatatcttgttattttacaaaacatgcatgaccataatatttctaaggtgtgtgtgatgtaatacaaatatgcaagtaagagtaattaatgt 42900935  T
Q  196 gtacatagaaacctagctggttggtattaaacacattctctgatattgattatacatttatactatcctattcatcatactccttaaaaatatattttgt 295  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  42900936 gtacatagaaacctacctagttggtattaaacacattctctgatattgattatacatttatactatcctattcatcatactccttcaaaatatattttgt 42901035  T
Q  296 ttaatgttgtcattcaccaaaaataagtaactaatctaattatttttaattattctaattaatatattttgtacactaacaattacggtcattcaaataa 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42901036 ttaatgttgtcattcaccaaaaataagtaactaatctaattatttttaattattctaattaatatattttgtacactaacaattacggtcattcaaataa 42901135  T
Q  396 cacactcttggataaatattttttcaatgacaagtatgtatttctagagttatgttagtaattaactttaaggagaatgttatcattctatgannnnnnn 495  Q
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T  42901136 cacactcttggataaatattttttcaatgacaagtatgtatttctagagttatgttagtaattaactttaaggagaatgttatcattctatgattttatt 42901235  T
Q  496 nnnnnnnnnnnctaatacattcaatgatttgatagaaagtaaaaaggttataaaatgttggtgtatacaannnnnnnnnnnaacaaatcaaattaaatct 595  Q
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T  42901236 ttattttatttctaatacattcaatgatttgatagaacgtaaaaaggttataaaatgttggtatatacaa-ttttttttttaacaaatcaaattaaatct 42901334  T
Q  596 tttcaaaacatattcttttttatcattttgttattggcattgacacctgtcaaacaattttatatagaaaaactgttaattctctggtatgggtaacaat 695  Q
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T  42901335 tttcaaaacatattattttttatcattttgttattggcattgacacctgtcaaacaattttatatagaaaaactgttaattctctggtatgggtaacaat 42901434  T
Q  696 gaaacaggaatctatgacaataccagagtagtgcatataccttattcagctttcaactttgtagtaattcttaattttcttataaaatatatacaataat 795  Q
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T  42901435 gaaacaggaatctatgacaataccagagtagtgcatataccttattcagctttcaactttgtagtaattcttaattttcttataaa--atatacaataat 42901532  T
Q  796 ttttcccatatttggaatggagtgttactttcttttaaattataaataataatttgggctttggcttaatattcttttctgacaatagtttgtctctttg 895  Q
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T  42901533 ttttcccatatttggaatggagtgttactttcttttaaattataaataataatttgggctttggcttaatattcttttctgacaatagtttgtctttttg 42901632  T
Q  896 taatttcttgacattggaatcaaagttgtaggtcatg 932  Q
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T  42901633 taatttcttgacattggaatcaaagttgtaggtcatg 42901669  T

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Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 104
Target Start/End: Original strand, 42899809 - 42899912
Alignment:
Q  1 tttaaactttattttatcctttttgtatgtgaaatactgtcactattcttcccaaagggaagggaccattcggaatcaaatatttttcttttcatttctt 100  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42899809 tttaaaatttattttatcctttttgtacgtgaaatactgtcactattcttcccaaagggaagggaccattcggaatcaaatatttttcttttcatttctt 42899908  T
Q  101 atat 104  Q
    ||||    
T  42899909 atat 42899912  T

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