View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF5866_low_25 (Length: 441)

Name: NF5866_low_25
Description: NF5866
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF5866_low_25
NF5866_low_25
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (10-423)||(33884563-33884976)
chr6 (10-423)||(33896296-33896709)
chr6 (10-307)||(33908907-33909207)
chr6 (351-391)||(33908823-33908863)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 406; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 406; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 33884976 - 33884563
Alignment:
Q  10 aagaatatactccaattggaattccaccataaaattgattgtaacttatatcaaaaactgaaatacttgaagacaaattttgaggaatttcaccattgaa 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33884976 aagaagatactccaattggaattccaccataaaattgattgtaacttatatcaaaaactgaaatacttgaagacaaattttgaggaatttcaccattgaa 33884877  T
Q  110 cttattatgacttatcatgaaaatcaccaaattcatattccaaagtccactgggaattttaccagaaaattcattcttgtaaatttccagcacaagcaag 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33884876 cttattatgacttatcatgaaaatcaccaaattcatattccaaagtccactaggaattttaccagaaaattcattcttgtaaatttccagcacaagcaag 33884777  T
Q  210 ttactacaatttccaattgattttggcaactcaccacttaaatgattttcatatgcagtgaaaacttgtaagttaccatgataacagaagttctctggta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33884776 ttactacaatttccaattgattttggcaactcaccacttaaatgattttcatatgcagtgaaaacttgtaagttaccatgataacagaagttctctggta 33884677  T
Q  310 actttcccttaaaattgttgacttcaattcgaaaatattcaagctttgagtgaagaccaaaatcagaaggaagtgtacctgaaaacttgtttataaaagc 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33884676 actttcccttaaaattgttgacttcaattcgaaaatattcaagctttgagtgaagaccaaaatcagaaggaagtgtacctgaaaacttgtttataaaagc 33884577  T
Q  410 atagaaacctttta 423  Q
    ||||||||||||||    
T  33884576 atagaaacctttta 33884563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 10 - 423
Target Start/End: Original strand, 33896296 - 33896709
Alignment:
Q  10 aagaatatactccaattggaattccaccataaaattgattgtaacttatatcaaaaactgaaatacttgaagacaaattttgaggaatttcaccattgaa 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||    
T  33896296 aagaagatactccaattggaattccaccataaaattgattgtaacttatatcaaaaagtgaaatacttgaagaaaagttttgaggcatttcaccagtgaa 33896395  T
Q  110 cttattatgacttatcatgaaaatcaccaaattcatattccaaagtccactgggaattttaccagaaaattcattcttgtaaatttccagcacaagcaag 209  Q
    ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| |||  | |    
T  33896396 cttattatgacttataatgaaagtcaccaaattcatattccaaagtccactaggaattttaccagaaaattcattccggtcaatttccagcgcaaagagg 33896495  T
Q  210 ttactacaatttccaattgattttggcaactcaccacttaaatgattttcatatgcagtgaaaacttgtaagttaccatgataacagaagttctctggta 309  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||   |||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  33896496 ttactacaatttccaattgattttggcaactcaccacttaaattattttcataagcacctaaaatttgtaacttaccatgataacacaagttctctggta 33896595  T
Q  310 actttcccttaaaattgttgacttcaattcgaaaatattcaagctttgagtgaagaccaaaatcagaaggaagtgtacctgaaaacttgtttataaaagc 409  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |    
T  33896596 actttctcttaaaattattgatttcaattcgaaaatattcaagctttgagtgaagaccaaaatcagaaggaagtgtacctgaaaacttgttcttaaaaac 33896695  T
Q  410 atagaaacctttta 423  Q
    || |||||||||||    
T  33896696 atggaaacctttta 33896709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 5e-60
Query Start/End: Original strand, 10 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 33909207 - 33908907
Alignment:
Q  10 aagaatatactccaattggaattccaccataaaattgattgtaacttatatcaaaaactgaaatacttgaagacaaattttgaggaatttcaccattgaa 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  33909207 aagaagatactccaattggaattccaccagaaaattgattataacttatatccaaaagtgaaatacttgatgacaaattttgaggaagctcaccattgaa 33909108  T
Q  110 cttattatgacttatcatgaaaatcaccaaa--ttcatat-tccaaagtccactgggaattttaccagaaaattcattcttgtaaatttccagcacaagc 206  Q
    |||||||||||||||||| |||  | ||| |  |||| || |||| |||||||| ||||| |||||  |||| || ||||||||||||| || | | | |    
T  33909107 cttattatgacttatcataaaataccccagattttcagatctccagagtccactaggaatgttaccgtaaaaatcgttcttgtaaattttcatctccaac 33909008  T
Q  207 aagttactacaatttccaattgattttggcaactcaccacttaaatgattttcatatgcagtgaaaacttgtaagttaccatgataacagaagttctctg 306  Q
    ||| ||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||  |||||| |  |||||||| || || |||||||    
T  33909007 aagctactacaatttccaagtgattctggtaactcaccacttagatgattttcataggcagttaaattttgtaactctccatgatagcacaaattctctg 33908908  T
Q  307 g 307  Q
    |    
T  33908907 g 33908907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 351 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33908863 - 33908823
Alignment:
Q  351 agctttgagtgaagaccaaaatcagaaggaagtgtacctga 391  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  33908863 agctttgagtgaagtccaaaatcaggaggaagtgtacctga 33908823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University